【課題】食道ガンの存在を検出、判定又は予測するためのプローブを提供する。
【解決手段】食道ガンの存在を検出、判定又は予測するためのプローブとしてのポリヌクレオチドを含む組成物、キット及びＤＮＡチップ、並びに、これらを使用して食道ガンの存在を検出、判定又は予測する方法。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記のＩＩ群：
ＩＩ群：
（ｆ）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（ｇ）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
（ｈ）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（ｉ）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
（ｊ）前記（ｆ）〜（ｉ）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片、
からなるポリヌクレオチド、
から選択される１又は２以上のプローブを含んでなる、被験者における食道ガンの存在をインビトロで検出、判定又は予測するための組成物。
【請求項２】
前記ポリヌクレオチドがＤＮＡ又はＲＮＡである、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記ＩＩ群における断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項４】
前記ＩＩ群における断片が、配列番号１４２〜１６１のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項５】
前記ＩＩ群における断片が、配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項６】
請求項１に定義されるＩＩ群から選択される１又は２以上のプローブを含む、被験者における食道ガンの存在をインビトロで検出、判定又は予測するためのキット。
【請求項７】
前記ＩＩ群における断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項６に記載のキット。
【請求項８】
前記ＩＩ群における断片が、配列番号１４２〜１６１のいずれかで表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項６に記載のキット。
【請求項９】
前記ＩＩ群における断片が、配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項６に記載のキット。
【請求項１０】
前記ＩＩ群における断片が、配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである、請求項６に記載のキット。
【請求項１１】
請求項１に定義されるＩＩ群から選択される１又は２以上のプローブを含む、被験者における食道ガンの存在をインビトロで検出、判定又は予測するためのＤＮＡチップ。
【請求項１２】
前記ＩＩ群における断片が、配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの１又は２以上〜全部を含む、請求項１１に記載のＤＮＡチップ。
【請求項１３】
被験者由来の生体試料中の複数の食道ガン関連標的核酸の存在又は存在量若しくは発現量を、請求項１に定義されるＩＩ群から選択されるプローブを用いてインビトロで測定することを含む、食道ガンの存在をインビトロで検出、判定又は予測する方法。
【請求項１４】
前記測定をＤＮＡチップを用いて行う、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記食道ガンの存在の検出、判定又は予測を、対照試料からの変化を指標にして決定する、請求項１３又は１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記生体試料が食道由来の組織又は細胞、血液、血漿、血清、或いは尿である、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
被験者由来の生体試料中の複数の食道ガン関連標的核酸の存在又は量若しくは発現量を、請求項１〜５のいずれか１項に記載の組成物、請求項６〜１０のいずれか１項に記載のキット、又は請求項１１もしくは１２に記載のＤＮＡチップを用いてインビトロで測定することを含む、食道ガンの存在をインビトロで検出、判定又は予測する方法。
【請求項１８】
請求項１に定義されるＩＩ群から選択されるプローブ、或いは、該プローブを含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の組成物、請求項６〜１０のいずれか１項に記載のキット、又は請求項１１もしくは１２に記載のＤＮＡチップを用いて、食道ガン細胞を含む組織又は正常組織であることが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をインビトロで測定する第１の工程、該第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の生体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にインビトロで測定する第３の工程、該第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、生体試料中にガン細胞が含まれること又はガン細胞が含まれないことを判定する第４の工程を含む、食道ガンを検出する方法。
【請求項１９】
請求項１に定義されるＩＩ群から選択されるプローブ、或いは、該プローブを含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の組成物、請求項６〜１０のいずれか１項に記載のキット、又は請求項１１もしくは１２に記載のＤＮＡチップの、被験者由来の生体試料中の食道ガンの存在をインビトロで検出、判定又は予測するための使用方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【公開番号】特開２０１２−１９６２１８（Ｐ２０１２−１９６２１８Ａ）
【公開日】平成２４年１０月１８日（２０１２．１０．１８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−１１６０４０（Ｐ２０１２−１１６０４０）
【出願日】平成２４年５月２１日（２０１２．５．２１）
【分割の表示】特願２００７−５１４８６５（Ｐ２００７−５１４８６５）の分割
【原出願日】平成１８年５月２日（２００６．５．２）
【出願人】（０００００３１５９）東レ株式会社 (7,677)
【出願人】（５０４１３２２７２）国立大学法人京都大学 (1,269)
【Ｆターム（参考）】