大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーおよびその利用
オオムギの詳細な連鎖地図を作成し、ＱＴＬ解析を行なうことにより、オオムギ１Ｈ染色体上に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する５つの遺伝マーカーと、オオムギ２Ｈ染色体上に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する２つの遺伝マーカーと、オオムギ３Ｈ染色体上に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する５つの遺伝マーカーと、オオムギ４Ｈ染色体上に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する４つの遺伝マーカーと、オオムギ５Ｈ染色体上に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する２つの遺伝マーカーとを見出した。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、新規遺伝マーカーおよびその利用法に関するものであり、特に、オオムギにおける大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーと、その利用に関するものである。
【背景技術】
【０００２】
大麦縞萎縮病は、オオムギ縞萎縮ウイルス（ｂａｒｌｅｙ ｙｅｌｌｏｗ ｍｏｓａｉｃ ｖｉｒｕｓ；以下ＢａＹＭＶと略す）またはオオムギマイルドモザイクウイルス（ｂａｒｌｅｙ ｍｉｌｄ ｍｏｓａｉｃ ｖｉｒｕｓ；以下ＢａＭＭＶと略す）を原因ウイルスとし、藻菌類のポリミキサ・グラミニス（Ｐｏｌｙｍｙｘａ ｇｒａｍｉｎｉｓ）によって媒介される土壌伝染性のウイルス病である。発病すると葉の壊死斑点や黄変、分げつの減少、生育不良、枯死等を招き、しかも、一度発生するとその土壌は４〜５年休作しても無病化しないため、深刻な問題となっている。特にビール用オオムギで発生しやすく、ビール用オオムギの栽培が多くなるにつれ、わが国のみならず、中国やドイツでも発生が問題となっており、発生のない国においても、発病に備えて抵抗性の付与が積極的に考えられている。そのため、大麦縞萎縮病抵抗性は極めて重要な育種目標となっている。
【０００３】
現在、大麦縞萎縮病の最良の防除法は抵抗性品種の栽培であり、汚染圃場では耐病性の強い品種が栽培される。従来、作物の育種は目標形質を有する栽培品種や野生種等を交配し、多数の個体を実際に栽培して目標形質を有する個体を選抜し、当該目標形質を遺伝的に固定化しなければならず、広大な圃場や多大な入力、相当の年月が必要であった。例えば、ＢａＹＭＶに対する大麦縞萎縮病抵抗性を目標形質とした場合には、ＢａＹＭＶの人工接種が困難であるために、育成系統に大麦縞萎縮病抵抗性遺伝子が導入されているか否かを土壌にＢａＹＭＶを感染させた圃場で検定し、抵抗性を有する個体を選抜しなければならず、時間と手間が必要とされていた。
【０００４】
そこで、近年は育種期間の短縮、労働力および圃場面積の縮減、有用遺伝子の確実な選抜を図るため、遺伝マーカーを指標とした選抜による育種法が用いられるようになってきた。このような遺伝マーカーによる育種では、マーカーの遺伝子型により幼苗段階で選抜が可能となり、実際に土壌に大麦縞萎縮病ウイルスを感染させた圃場で栽培する必要がなく、目標形質の有無の確認も容易となる。したがって、遺伝マーカーを利用すれば効率的な育種が実現可能である。そして、遺伝マーカーを利用した育種を実現するためには、目標形質に強く連鎖した遺伝マーカーの開発が必須となる。
【０００５】
ところで、大麦縞萎縮病抵抗性などの農業上重要な形質の多くは、雑種後代で連続的な変異を示すものが多い。このような形質は、時間や長さなどの量的な尺度で測定されるので量的形質と呼ばれている。量的形質は一般に、単一主働遺伝子支配の形質ではなく、複数の遺伝子の作用によって決定されている場合が多い。作物の育種において改良対象とされる形質の多く、例えば収量や品質・食味等はこの量的形質であることが多い。
【０００６】
このような量的形質を司る遺伝子が染色体上に占める遺伝的な位置をＱＴＬ（Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｔｒａｉｔ Ｌｏｃｉ、量的形質遺伝子座）と称する。ＱＴＬを推定する方法として、ＱＴＬの近傍に存在する遺伝マーカーを利用するＱＴＬ解析が用いられる。かかるＱＴＬ解析は、染色体上のどの領域が目的とする量的形質に影響しているかを統計的に解析し、その領域の近傍にあるＤＮＡマーカーを見出すことにより行われる。見出されたＤＮＡマーカーにより作成された遺伝地図（連鎖地図）情報を元に、目標形質に影響を与えている領域を絞り込んでいき、最終的にその遺伝子を特定・単離することができる。１９８０年代後半にＤＮＡマーカーが登場すると、ＤＮＡマーカー利用による詳細な連鎖地図作成が大きく進み、その地図に基づいて多くの生物でＱＴＬ解析が行われるようになった。
【０００７】
以上のように、目標形質に連鎖する遺伝マーカーの開発は、染色体全体をカバーできる詳細な連鎖地図に基づいた精度の高いＱＴＬ解析により可能となり、得られた遺伝マーカーを利用することにより、効率的な育種が実現できるといえる。大麦縞萎縮病抵抗性に関与するＱＴＬとしては、例えば本発明者らによって中国在来種の六条オオムギ木石港３の３Ｈ染色体長腕、４Ｈ染色体動原体付近および７Ｈ染色体短腕上に見出されている（Ｃｈｉｋａｒａ Ｍｉｙａｚａｋｉ，Ｅｉｉｃｈｉ Ｏｓａｎａｉ，Ｋａｚｕｔｏｓｈｉ Ｉｔｏ，Ｔａｋｅｏ Ｋｏｎｉｓｈｉ，Ｋａｚｕｈｉｒｏ Ｓａｔｏ ａｎｄ Ａｋｉｒａ Ｓａｉｔｏ．２００１．“Ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｔｒａｉｔ ｌｏｃｉ ｃｏｎｆｅｒｒｉｎｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ ｂａｒｌｅｙ ｙｅｌｌｏｗ ｍｏｓａｉｃ ｖｉｒｕｓ ｉｎ ａ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｂａｒｌｅｙ ｌａｎｄｒａｃｅ Ｍｏｋｕｓｅｋｋｏ ３．”Ｂｒｅｅｄｉｎｇ Ｓｃｉｅｎｃｅ ５１：１７１−１７７．参照）。
【０００８】
上述のように、大麦縞萎縮病抵抗性はきわめて重要な育種目標の１つである。しかし、大麦縞萎縮病抵抗性には、複数の遺伝子座が関与する場合が多いため、交配等による方法では、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子（遺伝子座）を確実に選抜しているか否かを確認することが困難である。そこで、大麦縞萎縮病抵抗性を導入したオオムギの育種には遺伝マーカーを利用することが非常に有効である。大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーが開発され、利用可能となれば、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの育種の大幅な効率化を実現することが可能となる。
【０００９】
本発明は、上記課題に鑑みなされたものであって、その目的は、オオムギにおける大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーと、その代表的な利用法とを提供することにある。
【発明の開示】
【００１０】
本発明者らは、上記課題を解決すべく、発明者らが有するオオムギＥＳＴ配列に基づいてプライマーセットを設計し、当該プライマーセットにより増幅されるオオムギゲノム断片の多型の有無により遺伝マーカー（ＤＮＡマーカー）を開発した。さらに、醸造用オオムギ「はるな二条」と野生オオムギ「Ｈ６０２」との交雑Ｆ１から作出した倍加半数体集団（以下、倍加半数体系統の略称をＤＨ、当該系統をＤＨＨＳ集団という）を材料として、上記遺伝マーカー間の連鎖を検出して、当該ＤＨＨＳ集団の連鎖地図を作成し、この連鎖地図に基づいて大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座のＱＴＬ解析を行なった。その結果、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を１Ｈ染色体上に１つ、３Ｈ染色体上に１つ検出した。本発明者らはさらに解析を進め、これら大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座にそれぞれ連鎖する新規遺伝マーカーを見いだした。
【００１１】
また、本発明者らは、大麦縞萎縮病に対する抵抗性が大きく異なるオオムギ品種Ｒｕｓｓｉａ６（二条、抵抗性）とＨ．Ｅ．Ｓ．４（六条、罹病性）の交配から育成したＲＩ系統（以下、ＲＩ１集団という）に加え、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ（抵抗性）とＴｕｒｋｅｙ６（羅病性）の交配から育成したＲＩ系統（以下、ＲＩ２集団という）およびはるな二条（抵抗性）とＨ６０２（羅病性）の交配から育成したＤＨＨＳ集団を材料として、大麦縞萎縮病抵抗性にかかわるＱＴＬ解析をさらに行なった。その結果、新たにＲＩ１集団では４Ｈ染色体に２つ、ＲＩ２集団では２Ｈ、３Ｈ、５Ｈ染色体にそれぞれ１つずつ、ＤＨＨＳ集団では１Ｈ染色体に１つのＱＴＬを検出した。さらに当該ＱＴＬに連鎖する遺伝マーカーを見出した。
【００１２】
本発明は、上記新規知見により完成されたものであり、以下の発明を包含する。
【００１３】
すなわち本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１５】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号１９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１６】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１７】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１８】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの２Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１９】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの２Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２１】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２３】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２５】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２６】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十四プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２７】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２８】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２９】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの５Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００３０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの５Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００３１】
一方、本発明にかかるＤＮＡ断片の単離方法は、上記本発明にかかる遺伝マーカーのいずれかを用いて大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することを特徴としている。
【００３２】
一方、本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法は、上記本発明にかかるＤＮＡ断片の単離方法により得られた上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を、オオムギのゲノムＤＮＡに導入することを特徴としている。
【００３３】
一方、本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギは、上記本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法によって得られたものである。
【００３４】
一方、本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを選抜する方法は、上記本発明にかかる遺伝マーカーのいずれかを指標として、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを選抜する方法である。
【００３５】
また本発明は、以下の態様であってもよい。すなわち本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギのゲノムＤＮＡ中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から０ないし１８センチモルガンの範囲内の距離に位置することを特徴としている。上記遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に強連鎖するため、当該遺伝マーカーと大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座間で分離して組み換えが起こる確率は低い。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、例えば大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００３６】
また、本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギのゲノムＤＮＡ中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から０ないし１４センチモルガンの範囲内の距離に位置することを特徴としている。上記遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に強連鎖するため、当該遺伝マーカーと大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座間で分離して組み換えが起こる確率は低い。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、例えば大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００３７】
さらに本発明にかかる遺伝マーカーは、上記ゲノムＤＮＡが１Ｈ染色体であることを特徴としている。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、オオムギの１Ｈ染色体上に存在する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００３８】
さらに本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第一プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００３９】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第二プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号１９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第五プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４１】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第六プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第七プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４３】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記ゲノムＤＮＡが２Ｈ染色体であることを特徴としている。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、オオムギの２Ｈ染色体上に存在する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００４４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００４５】
上記第八プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４６】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第九プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４７】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記ゲノムＤＮＡが３Ｈ染色体であることを特徴としている。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、オオムギの３Ｈ染色体上に存在する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００４８】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第三プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４９】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第四プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００５０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００５１】
上記第十プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００５２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００５３】
上記第十一プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００５４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第十二プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００５５】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記ゲノムＤＮＡが４Ｈ染色体であることを特徴としている。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、オオムギの４Ｈ染色体上に存在する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００５６】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００５７】
上記第十三プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００５８】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十四プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００５９】
上記第十四プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００６０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００６１】
上記第十五プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００６２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００６３】
上記第十六プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００６４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記ゲノムＤＮＡが５Ｈ染色体であることを特徴としている。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、オオムギの５Ｈ染色体上に存在する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００６５】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００６６】
上記第十七プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００６７】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００６８】
上記第十八プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００６９】
一方、本発明にかかるＤＮＡ断片の単離方法は、上記本発明にかかる遺伝マーカーを用いて大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することを特徴としている。本発明にかかる遺伝マーカーは大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に強連鎖するものであり、上記遺伝マーカーを目標にクローニングを行なえば、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を容易に単離することが可能となる。
【００７０】
また本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法は、上記本発明にかかるＤＮＡ断片の単離方法により得られた上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を、オオムギのゲノムＤＮＡに導入することを特徴としている。当該生産方法により、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを生産することが可能となる。
【００７１】
また本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギは、上記本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法によって得られることを特徴としている。当該大麦縞萎縮病抵抗性オオムギによれば、大麦縞萎縮病に対する抵抗性を有する個体の選抜が容易かつ確実となるため、大麦縞萎縮病によるオオムギの収量減少を防ぐことができる。
【００７２】
また本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを選抜する方法は、上記本発明にかかる遺伝マーカーを指標として、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを選抜する方法である。上記本発明にかかる遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に強連鎖するため、当該遺伝マーカーと大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座間で分離して組み換えが起こる確率が非常に低い。それゆえ上記遺伝マーカーを検出することによって、試験対象オオムギにおける大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の遺伝子型を容易に判別することができ、選抜すべき個体を容易に見出すことが可能となる。
【００７３】
本発明にかかる遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と連鎖するため、当該遺伝マーカーを指標として大麦縞萎縮病抵抗性を導入したオオムギの育種を可能とする。したがって、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの効率的な育種を実現できるという効果を奏する。より具体的には、幼苗段階で目的個体を選抜できるため、実際に土壌に大麦縞萎縮病ウイルスを感染させた圃場でオオムギを栽培し、各個体の大麦縞萎縮病抵抗性を観察した後に目的の個体を選抜する必要がなくなり、育種期間を短縮できるという効果を奏する。また、複数の遺伝子座を同時に選抜できるために、観察によって選抜するよりも、確実に目的とする遺伝子型を得ることができる。さらに、労働力および圃場面積を縮減できるという効果を奏する。
【００７４】
さらに、上記遺伝マーカーを指標として選択的に育種された大麦縞萎縮病抵抗性オオムギは、大麦縞萎縮病ウイルスに汚染されている土壌においても栽培が可能であるため、安定した収量を確保できるという効果を奏する。
【００７５】
本発明のさらに他の目的、特徴、および優れた点は、以下に示す記載によって十分わかるであろう。また、本発明の利益は、次の説明で明白になるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００７６】
【図１】オオムギＥＳＴクローン：ｂａａｋ１ｊ１４の塩基配列、および当該配列に基づいて設計されたプライマー配列の位置を示す図である。
【図２】遺伝マーカーｋ００２５６における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図３】オオムギＥＳＴクローン：ｂａｇｓ３２ｍ１６の塩基配列、および当該配列に基づいて設計されたプライマー配列の位置を示す図である。
【図４】実施例１３において、遺伝マーカーｋ０２９４８における、Ｈ６０２とはるな二条との間の断片長多型を示す電気泳動画像である。
【図５】オオムギＥＳＴクローン：ｂａｈ４１ｌ０３の塩基配列、および当該配列に基づいて設計されたプライマー配列の位置を示す図である。
【図６】遺伝マーカーｋ０４１４３における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図７】オオムギＥＳＴクローン：ｂａａｋ１４ｉ０２の塩基配列、および当該配列に基づいて設計されたプライマー配列の位置を示す図である。
【図８】遺伝マーカーｋ００１６９における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図９】遺伝マーカーｋ０３６１６における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図１０】遺伝マーカーｋ０２３２５における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図１１】遺伝マーカーｋ０７９６６における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図１２】実施例２において、遺伝マーカー「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１３】実施例３において、遺伝マーカー「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１４】実施例４において、遺伝マーカー「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１５】実施例５において、遺伝マーカー「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１６】実施例６において、遺伝マーカー「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１７】実施例７において、遺伝マーカー「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１８】実施例８において、遺伝マーカー「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１９】実施例９において、遺伝マーカー「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２０】実施例１０において、遺伝マーカー「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２１】実施例１１において、遺伝マーカー「ＨＶＭ３６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２２】実施例１２において、遺伝マーカー「ｋ００２５６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２３】実施例１４において、遺伝マーカー「ｋ０３８６１」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２４】実施例１５において、遺伝マーカー「ｋ０３６１６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２５】実施例１６において、遺伝マーカー「ｋ０２３２５」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２６】実施例１７において、遺伝マーカー「ｋ００１６９」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２７】実施例１８において、遺伝マーカー「ｋ０７９６６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２８】実施例１９において、遺伝マーカー「ｋ０４１４３」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【発明を実施するための最良の形態】
【００７７】
本発明の実施の一形態について説明すれば、以下のとおりである。なお、本発明はこれに限定されるものではない。
【００７８】
本発明は、オオムギにおける大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーとその利用の一例とに関するものである。以下、本発明にかかる遺伝マーカー、本発明の利用の一例について説明する。
【００７９】
（１）本発明にかかる遺伝マーカー
本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギのゲノムＤＮＡ中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖しているものであればよい。
【００８０】
大麦縞萎縮病は、前述のように、ＢａＹＭＶまたはＢａＭＭＶを原因ウイルスとし、藻菌類のポリミキサ・グラミニス（Ｐｏｌｙｍｙｘａ ｇｒａｍｉｎｉｓ）によって媒介される土壌伝染性のウイルス病である。大麦縞萎縮病は、葉の壊死斑点や黄変、分げつの減少、生育不良、枯死等を招き、しかも、一度発生するとその土壌は４〜５年休作しても無病化せず、収量に甚大な影響を与えるため、深刻な病害の１つである。したがって、大麦縞萎縮病抵抗性はきわめて重要な育種目標である。
【００８１】
大麦縞萎縮病抵抗性には量的形質による場合と質的形質による場合があり、抵抗性は複数の遺伝子座により決定される。量的形質はＱＴＬ解析により、当該量的形質に関与している遺伝子座の染色体上の位置を推定することができる。以下、本発明者らがオオムギにおいて開発した大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と連鎖する遺伝マーカーについて詳細に説明する。なお、本発明にかかる遺伝マーカーはこれらに限定されるものではない。
【００８２】
本発明者らは、醸造用オオムギ「はるな二条」と野生オオムギ「Ｈ６０２」との交雑Ｆ１から作出したＤＨＨＳ集団を用いて、高密度連鎖地図を作成した。すなわち、本発明者らが有するオオムギＥＳＴ（ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｔａｇ）配列に基づいて設計されたプライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを増幅し、「はるな二条」と「Ｈ６０２」との間に増幅断片長の多型を有するものや、増幅断片長の制限酵素による消化のパターンが異なる多型を有するものを特定し、これらのＤＮＡマーカーを含む約４９０遺伝子座からなる連鎖地図を構築した。この連鎖地図および本発明者らが観察した上記ＤＨＨＳ集団９３個体についての大麦縞萎縮病抵抗性のデータに基づいて、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座のＱＴＬ解析を行なった。その結果、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を１Ｈ染色体上に１つ、３Ｈ染色体上に１つ検出した。本発明にかかる遺伝マーカーは１Ｈ染色体上に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を挟み、最も近傍に位置する２つの遺伝マーカーと、３Ｈ染色体上に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を挟み、最も近傍に位置する２つの遺伝マーカーである。発明者らは１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーを「ｋ００２５６」および「ｋ０２９４８」、３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーを「ｋ０４１４３」、「ｋ００１６９」と命名した。
【００８３】
ｋ００２５６は、
ＣＴＴＧＧＣＣＴＴＧＡＴＣＴＴＣＴＧＣＴ（配列番号１）に示される塩基配列を有するプライマー、および
ＧＡＣＣＧＴＧＴＣＡＧＧＡＡＡＧＣＡＡＴ（配列番号２）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅されるＤＮＡマーカーであり、上記１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側に約７．８センチモルガン（以下ｃＭと表示する）の距離に座乗している。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａａｋ１ｊ１４、配列番号１５）に基づいて設計されている。図１に当該ＥＳＴの塩基配列を示した。下線を付した部分が上記プライマー配列（配列番号１）および上記プライマー配列（配列番号２）の相補配列である。はるな二条の増幅産物とＨ６０２の増幅産物との間にＳＮＰ（ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ；一塩基多型）がある。図２に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が抵抗性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号９）であり、下が罹病性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号１０）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＰｓｔＩの認識配列（ＣＴＧＣＡＧ）を示す。図２から明らかなように、抵抗性型（Ｈ６０２型）の増幅産物は制限酵素ＰｓｔＩの認識配列（ＣＴＧＣＡＧ）を有しているためＰｓｔＩで切断されるが、罹病性型（はるな二条型）の増幅産物は上記認識配列部分のＧがＡに変異しているため（ＣＴＧＣＡＡ）制限酵素ＰｓｔＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ００２５６は、ＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）マーカーであり、上記第一プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＰｓｔＩ切断により、対象個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００８４】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【００８５】
ｋ０２９４８は、
ＴＣＴＴＴＣＣＴＧＧＧＴＴＧＧＴＧＡＡＣ（配列番号３）に示される塩基配列を有するプライマー、および
ＧＣＡＧＣＴＴＴＴＧＡＧＴＴＣＧＴＴＣＣ（配列番号４）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約０．０ｃＭの距離に座乗している。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａｇｓ３２ｍ１６、配列番号１６）に基づいて設計されている。図３に当該ＥＳＴの塩基配列を示した。下線を付した部分が上記プライマー配列（配列番号３）および上記プライマー配列（配列番号４）の相補配列である。はるな二条の増幅産物とＨ６０２の増幅産物との間に断片長多型があり、罹病性型（はるな二条型）のゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される断片のサイズは約３８９ｂｐ、抵抗性型（Ｈ６０２型）のゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される断片のサイズは約３５８ｂｐと異なる。図４に第二プライマーセットを用いてＰＣＲにより増幅した断片の電気泳動像を示した。図４の上段、下段とも両端は分子量マーカーである。図４上段は、左端（分子量マーカーを除く）から順に、罹病性型（はるな二条型）、抵抗性型（Ｈ６０２型）、はるな二条とＨ６０２の交雑Ｆ１、ＤＨＨＳ集団の１〜４５の増幅断片である。図４下段は、左端（分子量マーカーを除く）から順に、ＤＨＨＳ集団の４６〜９３の増幅断片である。図４から明らかなように、増幅産物のサイズを確認することにより、対象個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、罹病性型（はるな二条型）の遺伝子型を有するか、抵抗性型（Ｈ６０２型）の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００８６】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【００８７】
ｋ０４１４３は、
ＣＴＧＴＴＴＧＧＡＴＧＡＣＴＧＣＧＡＧＡ（配列番号５）に示される塩基配列を有するプライマー、および
ＡＴＴＡＣＧＣＡＡＣＣＴＧＡＴＧＧＡＧＣ（配列番号６）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側に約０．０ないし１３．１ｃＭの距離に座乗している。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａｈ４１ｌ０３、配列番号１７）に基づいて設計されている。図５に当該ＥＳＴの塩基配列を示した。下線を付した部分が上記プライマー配列（配列番号５）および上記プライマー配列（配列番号６）の相補配列である。はるな二条の増幅産物とＨ６０２の増幅産物との間にＳＮＰがある。図６に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が罹病性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号１１）であり、下が抵抗性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号１２）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＡｐａＬＩの認識配列（ＧＴＧＣＡＣ）を示す。図６から明らかなように、Ｈ６０２の増幅産物は制限酵素ＡｐａＬＩの認識配列（ＧＴＧＣＡＣ）を有しているためＡｐａＬＩで切断されるが、はるな二条の増幅産物は上記認識配列部分のＧがＡに変異しているため（ＡＴＧＣＡＣ）制限酵素ＡｐａＬＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ０４１４３は、ＣＡＰＳマーカーであり、上記第三プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＡｐａＬＩ切断により、対象個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性型（はるな二条型）の遺伝子型を有するか、罹病性型（Ｈ６０２型）の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００８８】
ｋ００１６９は、
ＡＣＣＣＣＧＧＡＡＧＣＴＡＡＧＡＴＧＡＴ（配列番号７）に示される塩基配列を有するプライマー、および
ＡＧＴＣＧＧＡＡＣＡＴＧＣＧＧＴＡＣＡＣ（配列番号８）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約０．３ないし１３．４ｃＭの距離に座乗している。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａａｋ１４ｉ０２、配列番号１８）に基づいて設計されている。図７に当該ＥＳＴの塩基配列を示した。下線を付した部分が上記プライマー配列（配列番号７）および上記プライマー配列（配列番号８）の相補配列である。はるな二条の増幅産物とＨ６０２の増幅産物との間にＳＮＰがある。図８に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が罹病性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号１３）であり、下が抵抗性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号１４）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＡｌｕＩの認識配列（ＡＧＣＴ）を示す。図８から明らかなように、Ｈ６０２の増幅産物は制限酵素ＡｌｕＩの認識配列（ＡＧＣＴ）を有しているためＡｌｕＩで切断されるが、はるな二条の増幅産物は上記認識配列部分のＴがＣに変異しているため（ＡＧＣＣ）制限酵素ＡｌｕＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ００１６９は、ＣＡＰＳマーカーであり、上記第四プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＡｌｕＩ切断により、対象個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性型（はるな二条型）の遺伝子型を有するか、罹病性型（Ｈ６０２型）の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００８９】
さらに、本発明者らは、材料としてＲｕｓｓｉａ６（二条、抵抗性）とＨ．Ｅ．Ｓ．４（六条、罹病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＩ１集団）、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ（抵抗性）とＴｕｒｋｅｙ６（羅病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＩ２集団）、およびはるな二条（抵抗性）とＨ６０２（羅病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＤＨＨＳ集団）を用いて、オオムギの大麦縞萎縮病抵抗性に関するＱＴＬ解析を行なった。
【００９０】
かかるＱＴＬ解析の結果、ＲＩ１集団では４Ｈ染色体に２つ、ＲＩ２集団では２Ｈ、３Ｈ、５Ｈ染色体にそれぞれ１つずつ、ＤＨＨＳ集団では１Ｈ染色体に１つのＱＴＬを検出した。また、当該ＱＴＬに連鎖する新規な遺伝マーカーを見出した。
【００９１】
ＲＩ１集団から検出された４Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」、「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」、「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」、「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」が挙げられる。
【００９２】
「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＴＧＧ（配列番号３５）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＧＧＡ（配列番号３６）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側（５’末端側）に約４．０センチモルガン（以下ｃＭと表示する）の位置に座乗している。
【００９３】
なお上記ＡＦＬＰ、および以下の説明におけるＡＦＬＰの検出の手順は特に限定されるものではなく、例えば文献（Ｐｉｅｔｅｒ Ｖｏｓ，Ｒｅｎｅ Ｈｏｇｅｒｓ，Ｍａｒｊｏ Ｂｌｅｅｋｅｒ，Ｍａｒｔｉｎ Ｒｅｉｊａｎｓ，Ｔｈｅｏ ｖａｎ ｄｅ Ｌｅｅ，Ｍｉｒａｎｄａ Ｈｏｒｎｅｓ，Ａｄｒｉｅ Ｆｒｉｊｔｅｒｓ，Ｊｅｒｉｎａ Ｐｏｔ，Ｊｏｈａｎ Ｐｅｌｅｍａｎ，Ｍａｒｔｉｎ Ｋｕｉｐｅｒ ａｎｄ Ｍａｒｃ Ｚａｂｅａｕ．（１９９５）ＡＦＬＰ：ａ ｎｅｗ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ ｆｏｒ ＤＮＡ ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｉｎｇ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｓｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．２３：２１：４４０７−４４１４．）の方法またはその改変法に従って行なえばよい。またＰＣＲ等の増幅反応の諸条件は、通常の条件で行なうか、あるいは最適な条件を検討の上、適宜採用すればよい。
【００９４】
上記第十三プライマーセットを用いて最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは約１１６ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は、約１１６ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約１１６ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００９５】
また「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＣＡＡ（配列番号３７）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＧＧＧ（配列番号３８）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十四プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側（３’末端側）に約１３．９ｃＭの位置に座乗している。
【００９６】
上記第十四プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは約５８５ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は約５８５ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約５８５ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００９７】
また「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＣＧ（配列番号３９）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＣＡＴ（配列番号４０）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側（５’末端側）に約７．４ｃＭの位置に座乗している。
【００９８】
上記第十五プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが約４６７ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は約４６７ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約４６７ｂｐの増幅断片が得られないということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００９９】
また「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＴＧ（配列番号４１）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＡＴＡ（配列番号４２）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側（３’末端側）に約０．６ｃＭの位置に座乗している。
【０１００】
上記第十六プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが約３９６ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は約３９６ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約３９６ｂｐの増幅断片が得られないということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１０１】
また、ＲＩ２集団から検出された２Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」、「ＨＶＭ３６」が挙げられる。
【０１０２】
「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＣＣ（配列番号２５）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＡＣＧ（配列番号２６）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記２Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側（５’末端側）に約２．３ｃＭの位置に座乗している。
【０１０３】
上記第八プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが０ｂｐであり、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約４０２ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は約４０２ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約４０２ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該２Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１０４】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＴｕｒｋｅｙ６が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型が罹病性型となり、Ｔｕｒｋｅｙ６型が抵抗性型となる。
【０１０５】
また、「ＨＶＭ３６」は、ＴＣＣＡＧＣＣＧＡＡＣＡＡＴＴＴＣＴＴＧ（配列番号２７）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＡＧＴＡＣＴＣＣＧＡＣＡＣＣＡＣＧＴＣＣ（配列番号２８）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記２Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約６．０ｃＭの距離に座乗するものである。当該遺伝マーカーは、いわゆるＳＳＲ（Ｓｉｍｐｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｒｅｐｅａｔ）マーカーである。
【０１０６】
「ＨＶＭ３６」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０１０７】
上記第九プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約６０〜３０ｂｐであり、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約９０〜６０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は約６０〜３０ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約９０〜６０ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該２Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１０８】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＴｕｒｋｅｙ６が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型が罹病性型となり、Ｔｕｒｋｅｙ６型が抵抗性型となる。
【０１０９】
また、ＲＩ２集団から検出された３Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」、「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」が挙げられる。
【０１１０】
「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＴＴ（配列番号２９）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＡＣＧ（配列番号３０）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側（５’末端側）に約０．６ｃＭの位置に座乗している。
【０１１１】
上記第十プライマーセットを用いて最終的に増幅される増幅断片には、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約１６２ｂｐであり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約１７０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は約１６２ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約１７０ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１１２】
また、「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＴＡ（配列番号３１）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＧＧＡ（配列番号３２）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側（３’末端側）に約６．２ｃＭの位置に座乗している。
【０１１３】
上記第十一プライマーセットを用いて最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約３３１ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約３３１ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約３３１ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１１４】
また、ＲＩ２集団から検出された５Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」、「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」が挙げられる。
【０１１５】
「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＣＧ（配列番号４３）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＧＡＴ（配列番号４４）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記５Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側（５’末端側）に約３．８ｃＭの位置に座乗している。
【０１１６】
上記第十七プライマーセットを用いて最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約８８ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約８８ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約８８ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該５Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１１７】
また、「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＣＧ（配列番号４５）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＧＧＡ（配列番号４６）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記５Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側（３’末端側）に約１７．１ｃＭの位置に座乗している。
【０１１８】
上記第十八プライマーセットを用いて最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約７４ｂｐであり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約７４ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約７４ｂｐの増幅断片が得られないということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該５Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１１９】
また、ＤＨＨＳ集団から検出された１Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「ｋ０３８６１」、「ｋ０３６１６」、「ｋ０２３２５」が挙げられる。
【０１２０】
「ｋ０３８６１」は、ＡＣＧＡＴＣＧＡＴＣＡＡＡＡＧＧＡＣＣＡ（配列番号１９）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＡＡＴＣＣＧＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＧＡＧ（配列番号２０）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約１５．５ｃＭの距離に座上するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａｈ２７ｋ２３、配列番号５３）に基づいて設計されている。
【０１２１】
「ｋ０３８６１」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０１２２】
上記第五プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（はるな二条型）と抵抗性型（Ｈ６０２型）が存在し、罹病性型（はるな二条型）の増幅断片の断片長が約３７９ｂｐであるのに対し、抵抗性型（Ｈ６０２型）のものは約３５３ｂｐに増幅断片が見られる。よって、上記検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１２３】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【０１２４】
「ｋ０３６１６」は、ＣＴＣＧＡＴＣＡＴＣＡＧＣＧＡＣＴＴＣＡ（配列番号２１）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＧＡＡＧＡＧＧＣＡＣＣＴＴＣＴＧＣＡＡＣ（配列番号２２）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側に約１．４ｃＭの距離に座上するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａｈ１３ｅ１５、配列番号５４）に基づいて設計されている。
【０１２５】
「ｋ０３６１６」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０１２６】
上記第六プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、両者間にＳＮＰ（ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ；一塩基多型）がある。図９に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が罹病性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号５５）であり、下が抵抗性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号５６）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＭｂｏＩの認識配列（ＧＡＴＣ）を示す。図９から明らかなように、罹病性型の増幅産物は制限酵素ＭｂｏＩの認識配列（ＧＡＴＣ）を有しているためＭｂｏＩで切断されるが、抵抗性型の増幅産物は上記認識配列部分のＣがＡに変異しているため（ＧＡＴＡ）、制限酵素ＭｂｏＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ０３６１６は、ＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）マーカーであり、上記第六プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＭｂｏＩ切断により、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１２７】
また、「ｋ０２３２５」は、ＡＡＴＧＴＧＣＡＣＡＣＣＡＡＧＧＴＴＧＡ（配列番号２３）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＡＧＡＣＡＡＣＡＡＣＣＧＣＣＴＧＴＡＣＣ（配列番号２４）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約４．３ｃＭの距離に座上するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａｇｓ１ｆ２２、配列番号５７）に基づいて設計されている。
【０１２８】
「ｋ０２３２５」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０１２９】
上記第七プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、両者間にＳＮＰ（ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ；一塩基多型）がある。図１０に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が罹病性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号５８）であり、下が抵抗性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号５９）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＨａｐＩＩの認識配列（ＣＣＧＧ）を示す。図１０から明らかなように、抵抗性型の増幅産物は制限酵素ＨａｐＩＩの認識配列（ＣＣＧＧ）を有しているためＨａｐＩＩで切断されるが、罹病性型の増幅産物は上記認識配列部分のＣがＴに変異しているため（ＣＴＧＧ）、制限酵素ＨａｐＩＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ０２３２５は、ＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）マーカーであり、上記第七プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＨａｐＩＩ切断により、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１３０】
また、「ｋ０７９６６」は、ＡＴＧＧＡＣＣＣＡＡＣＡＡＧＴＧＧＡＡＧ（配列番号３３）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＡＧＧＡＡＧＡＣＴＴＴＧＧＡＧＧＣＣＡＴ（配列番号３４）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約４．８ｃＭの距離に座上するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ＢａＧＳ７Ｇ１４、配列番号６０）に基づいて設計されている。
【０１３１】
「ｋ０７９６６」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０１３２】
上記第十二プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、両者間にＳＮＰ（ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ；一塩基多型）がある。図１１に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が罹病性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号６１）であり、下が抵抗性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号６２）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＨａｐＩＩの認識配列（ＣＣＧＧを示す。図１１から明らかなように、抵抗性型の増幅産物は制限酵素ＨａｐＩＩの認識配列（ＣＣＧＧ）を有しているためＨａｐＩＩで切断されるが、罹病性型の増幅産物は上記認識配列部分のＧがＴに変異しているため（ＣＣＴＧ）、制限酵素ＨａｐＩＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ０７９６６は、ＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）マーカーであり、上記第十二プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＨａｐＩＩ切断により、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１３３】
ここで、１センチモルガン（１ｃＭ）とは、２つの遺伝子座の間に１％の頻度で交叉が起きるときの、両遺伝子座間の距離を表す単位である。例えば、１．４ｃＭは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と遺伝マーカーとの間で染色分体あたり平均して１０００分の１４回乗換えが起こることを示している。すなわち、このときは約１．４％の組み換え率であることを示している。
【０１３４】
ところで、増幅に際して鋳型として用いられるゲノムＤＮＡは、植物体より従来公知の方法で抽出可能である。具体的には、植物体からゲノムＤＮＡを抽出するための一般法（Ｍｕｒｒａｙ，Ｍ．Ｇ．ａｎｄ Ｗ．Ｆ．Ｔｈｏｍｐｓｏｎ（１９８０）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．８：４３２１−４３２５．など参照）が好適な例として挙げられる。また、上記のゲノムＤＮＡは、根、茎、葉、生殖器官など、オオムギの植物体を構成するいずれの組織を用いても抽出可能である。また、場合によってはオオムギのカルスから抽出してもよい。なお、上記生殖器官には、花器官（雄性・雌性生殖器官を含む）や種子も含まれる。ゲノムＤＮＡの抽出は、例えば、オオムギの幼苗期の葉を用いて行われる。この理由としては、組織の摩砕が比較的容易であり、多糖類などの不純物の混合割合が比較的少なく、また、種子から短期間で育成可能である点が挙げられる。さらに、幼苗段階で個体の選抜が可能となり、育種期間を大幅に短縮できる点が挙げられる。
【０１３５】
またオオムギのゲノムＤＮＡを鋳型とし、上記プライマーの組み合わせを用いて増幅する方法は、従来公知のＤＮＡ増幅法を採用することができる。一般には、ＰＣＲ法（ポリメラーゼ連鎖反応法）や、その改変法が用いられる。ＰＣＲ法や、その改変法を用いる際の反応条件は特に限定されるものではなく、通常と同様の条件下で増幅することができる。
【０１３６】
本発明にかかる遺伝マーカーを用いることによって、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することが可能となり、上記ＤＮＡ断片を用いることによって、オオムギの大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子、および大麦縞萎縮病抵抗性のメカニズムの解明に利用が可能である。また上記ＤＮＡ断片をオオムギのゲノムＤＮＡに導入することによって、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを生産（育種）することが可能となる。
【０１３７】
また上記遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖しているため、試験対象であるオオムギのゲノムＤＮＡ中における該遺伝マーカーの多型を検出することによって、オオムギが大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を有するか否かを判定することが可能となる。また、同様に大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖しているため、試験対象であるオオムギのゲノムＤＮＡ中における該遺伝マーカーの多型を検出することによって、オオムギが、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギであるか否かを判別することができる。また、上記遺伝マーカーを増幅することができるプライマーまたは、上記遺伝マーカーを固定したＤＮＡマイクロアレイをキット化すれば、オオムギの大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の有無判定キット、および大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定キットを提供することが可能となる。
【０１３８】
上述のごとく、本発明にかかる遺伝マーカーは、様々な用途に利用が可能であることは明らかである。上述した本発明にかかる遺伝マーカーの用途の一例については、後に詳細に説示する。
【０１３９】
（２）本発明の利用
〔大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の単離方法〕
上述のとおり本発明にかかる遺伝マーカー（ｋ００２５６、Ｋ０２９４８、ｋ０３８６１、ｋ０３６１６、ｋ０２３２５）は、オオムギ１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖するものであり、本発明にかかる遺伝マーカー（ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２、ＨＶＭ３６）はオオムギ２Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖するものであり、本発明にかかる遺伝マーカー（ｋ０４１４３、ｋ００１６９、ｋ０７９６６、ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２、ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１）はオオムギ３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖するものであり、本発明にかかる遺伝マーカー（ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６、ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５、ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７、ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６）は、オオムギ４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖するものであり、本発明にかかる遺伝マーカー（ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８、ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４）は、オオムギ５Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖するものである。
【０１４０】
よって、ｋ００２５６、ｋ０２９４８、ｋ０３８６１、ｋ０３６１６、ｋ０２３２５の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することができ、ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２、ＨＶＭ３６の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ２Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することができ、ｋ０４１４３、ｋ００１６９、ｋ０７９６６、ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２、ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することができ、ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６、ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５、ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７、ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することができ、ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８、ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ５Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することができる。
【０１４１】
単離とは、目的のＤＮＡ断片、すなわち大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片をクローニングすることを意味することはいうまでもないが、広義には交雑Ｆ１集団から戻し交配等により、両親のうち一方の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遣伝子座を含むＤＮＡ断片を有する個体を選抜し、その遺伝子座領域のみを目的品種に導入する同質遺伝子系統の作製も単離に含まれる。
【０１４２】
本発明にかかる遺伝マーカーを用いて大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離する方法としては特に限定されるものではないが、例えば次のような方法を挙げることができる。
【０１４３】
オオムギでは本発明者らが開発を進めている「はるな二条」を含めて、ゲノムＤＮＡのＢＡＣライブラリーが２種類作成されており、現在複数のＢＡＣライブラリーが開発中である。そこで、このようなＢＡＣライブラリーを用いて、従来公知のマップベースクローニングの手法にしたがって、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と当該遺伝子座に連鎖する本発明の遺伝マーカーとで当該マーカーを含むＢＡＣクローンを同定し、そこからＢＡＣのコンティグを作成して塩基配列を確定することにより、最終的に大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に到達することができる。
【０１４４】
また、上述のように、交雑Ｆ１に一方の親を戻し交配することにより、他方の親の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を目的品種に導入して（広義の）単離をすることができる。
【０１４５】
なお、上記方法をはじめとする大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離する際には、目的とする大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に対してなるべく近傍に座乗する遺伝マーカーを選択して用いることが好ましい。目的とする大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と遺伝マーカーの間で組み換えが起こる確率がより低くなり、より確実に大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遣伝子座を含む断片を単離することができるからである。
【０１４６】
〔大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法、および当該生産方法によって得られた大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ〕
上記本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の単離方法によって得られた大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片をオオムギのゲノムＤＮＡに導入することによって、大麦縞萎縮病抵抗性改変オオムギを生産することが可能である。ただし、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを生産するためには、大麦縞萎縮病抵抗性の品種から上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離し、大麦縞萎縮病感受性の品種に導入することが必要である。
【０１４７】
上記ＤＮＡ断片を導入する方法は特に限定されるものではなく、公知の方法を適宜選択して用いることができる。より具体的には、例えばアグロバクテリウムまたはパーティクルガンを用いる方法を挙げることができる。例えば、雑誌Ｔｈｅ Ｐｌａｎｔ Ｊｏｕｒｎａｌ（１９９７）１１（６），１３６９−１３７６には、Ｓｏｎｉａ Ｔｉｎｇａｙ等により、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓを用いてオオムギを形質転換する方法が開示されており、この方法を利用して形質転換オオムギを生産可能である。
【０１４８】
また、オオムギに導入する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片は、１Ｈ染色体上のＤＮＡ断片、２Ｈ染色体上のＤＮＡ断片、３Ｈ染色体上のＤＮＡ断片、４Ｈ染色体上のＤＮＡ断片、５Ｈ染色体上のＤＮＡ断片のうち、いずれのＤＮＡ断片であっても大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを生産することは可能であるが、複数のＤＮＡ断片を同一のオオムギのゲノムＤＮＡに導入することによって、さらに大麦縞萎縮病抵抗性が向上したオオムギを生産することが可能である。
【０１４９】
さらに、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の遺伝子型が抵抗性であるオオムギ個体と、当該ＤＮＡ断片を導入しようとする大麦縞萎縮病感受性オオムギ個体との交雑により、抵抗性オオムギ個体の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を導入することも可能である。
【０１５０】
本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギは、上記本発明にかかる生産方法により得られるものである。上記本発明にかかる生産方法によれば、容易かつ確実に大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを作出することができるため、大麦縞萎縮病の発生を未然に防ぐことができ、収量の安定した増大に寄与することができる。
【０１５１】
〔大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定方法（選抜方法）〕
本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定方法（選抜方法）は、上記本発明にかかる遺伝マーカーを指標として大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを判定（選抜）する方法であればよく、その他の工程、条件、材料等は特に限定されるものではない。例えば、従来公知の作物育種法を利用することができる。
【０１５２】
より具体的には、例えば、交配等により作出したオオムギのゲノムＤＮＡを抽出し、本発明にかかる遺伝マーカーの遺伝子型を指標としてオオムギを判定（選抜）する方法が挙げられる。遺伝マーカーを検出する手段としては、例えば、対象とするオオムギから抽出したゲノムＤＮＡを鋳型として上記第一ないし第十八プライマーセットのいずれかを用いて増幅したＤＮＡ断片について、断片長または断片の制限酵素消化パターンの観察を挙げることができる。増幅断片から試験対象オオムギ個体が、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを、各遺伝マーカーを指標として判定する方法については、上記本発明にかかる遺伝マーカーの項で説明したとおりである。
【０１５３】
ここで本判定方法の判定の精度（確率）については、以下のとおりである。大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から１．４ｃＭの距離に位置する遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と遺伝マーカーとの間で染色分体あたり平均して１０００分の１４回乗換えが起こる。すなわち約１．４％の確率で組み換えが起こる。よってこの遺伝マーカーのうち大麦縞萎縮病抵抗性型のものを検出すれば、９８．６％の確率で大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を有しているということがいえる。よって大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と遺伝マーカーとの距離が近いほど、高確率をもって大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の有無を判定することができる、すなわち大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを判定（選抜）することができるといえる。
【０１５４】
上記理由により、多型を検出する遺伝マーカーは、上記遺伝マーカーのいずれであっても大麦縞萎縮病抵抗性の有無を判定することが可能であるが、各大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に対してなるべく近傍に座乗する遺伝マーカーを検出することが好ましい。例えば、本判定方法において１Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーを検出する場合は、「ｋ０３６１６」（大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座からの距離：約１．４ｃＭ）の方が「ｋ０２３２５」（大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座からの距離：約４．３ｃＭ）より好適であるといえる。
【０１５５】
また本検出方法においては、複数の遺伝マーカーの多型を検出してもよい。特に判定の精度（確率）を向上させるためには、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を挟む関係にある遺伝マーカーを選択して多型を検出すればよい。例えば、「ｋ０３６１６」（大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側に約１．４ｃＭ）と「ｋ０２３２５」（大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座からの距離：約４．３ｃＭ）との組み合わせが有る。かかる組み合わせを例にして、該遺伝マーカーをそれぞれ単独で多型を検出した場合と、両方の多型を検出した場合とにおける本判定方法の精度（確率）についてより具体的に説明する。
【０１５６】
「ｋ０３６１６」は大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側に約１．４ｃＭの位置に座乗しており、該遺伝マーカーの多型を単独で検出したときの本判定方法の精度（確率）は、（１−１４÷１０００）×１００＝約９８．６％である。一方「ｋ０２３２５」は大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座からの距離：約４．３ｃＭの位置に座乗しており、該遺伝マーカーの多型を単独で多型を検出したときの本判定方法の精度（確率）を同様に計算すると９５．７％である。当該２つの遺伝マーカーの多型を両方検出すると、（１−（１４÷１０００）×（４３÷１０００））×１００＝９９．９４０％となり高確率を持って１Ｈ上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の有無を判定することができる。
【０１５７】
したがって大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を挟む関係にある遺伝マーカーを検出して判定することは好ましい。上記「ｋ０３６１６」と「ｋ０２３２５」以外の組み合わせとしては、「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」と「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」との組み合わせ、「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」と「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」との組み合わせ、「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」と「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」との組み合わせ、「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」と「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」との組み合わせ、「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」と「ＨＶＭ３６」との組み合わせ、「ｋ０２９４８」と「ｋ０３８６１」の組み合わせ、「ｋ００１６９」と「ｋ０７９６６」の組み合わせ、「ｋ０４１４３」と「ｋ００１６９」の組み合わせ、「ｋ００２５６」と「ｋ０２９４８」の組み合わせ等が挙げられる。
【０１５８】
なお本判別方法は、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの育種の際の有効なスクリーニング手段として利用することができる。例えば、上記本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法を行なった際に、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片が導入された形質転換体オオムギを多数の形質転換体候補から容易にスクリーニングすることができる。その他薬剤等の変異処理、交配などの育種処理を行なったオオムギのスクリーニング手段としても利用可能である。
【０１５９】
＜大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定キット＞
また上記「大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定方法」を行なうために必要な試薬、酵素類をキット化することによって、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定キット（以下適宜「判定キット」と称する）を構成することが可能である。上記「大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定方法」の項で説示したごとく、本発明にかかる遺伝マーカーを利用することによって、試験対象オオムギ個体が、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定することができる。すなわち、試験対象のオオムギ個体が大麦縞萎縮病抵抗性か罹病性であるかを判断することができるということである。よって、当該判定キットによれば、より簡便に大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを判別できるという効果を奏する。
【０１６０】
なお当該判定キットには、少なくとも本発明にかかる遺伝マーカーを検出することができる、プライマーセット（第一から第十八プライマーセット）が少なくとも一つ以上含まれていることが好ましい。さらに好ましくは、上記プライマーセット（第一から第十八プライマーセット）全てが含まれていることが好ましい。この他、公知の大麦縞萎縮病抵抗性に連鎖するマーカーを検出するために必要なプライマーが含まれていてもよい。
【０１６１】
さらには当該判定キットには、ＰＣＲを行なうための酵素、試薬類が含まれていてもよいし、鋳型となるゲノムＤＮＡの調製するために必要な試薬、バッファー類、遠心チューブが含まれていてもよいし、目的のＤＮＡサイズバンドの検出に必要となる遺伝マーカー（ｋ００２５６、Ｋ０２９４８、ｋ０４１４３、ｋ００１６９、ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６、ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５、ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７、ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６、ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２、ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１、ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８、ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４、ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２、ＨＶＭ３６、ｋ０３８６１、ｋ０３６１６、ｋ０２３２５、ｋ０７９６６）または適当なＤＮＡサイズマーカーが含まれていてもよい。
【０１６２】
＜遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）＞
本発明にかかる遺伝マーカー（ｋ００２５６、Ｋ０２９４８、ｋ０４１４３、ｋ００１６９、ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６、ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５、ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７、ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６、ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２、ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１、ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８、ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４、ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２、ＨＶＭ３６、ｋ０３８６１、ｋ０３６１６、ｋ０２３２５、ｋ０７９６６）を適当な基板（ガラス、シリコンウエハ、ナイロンメンブレン等）上に固定することによって、ＤＮＡマイクロアレイを始めとする遺伝子検出器具を構成することができる。当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）に対して、試験対象のオオムギから調製したプローブを反応させ、その時に発するシグナルを検出することで、複数の本発明にかかる遺伝マーカーを容易かつ同時に検出することが可能である。したがって当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）は、本発明にかかる遺伝マーカーの多型を検出する手段として用いることができる。よって、上記大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定方法における検出手段として利用可能である。また、当該ＤＮＡマイクロアレイを上記大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定キットに加えることもできる。この場合、当該キットには遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）からのシグナルを検出するために用いる試薬・器具・装置等が含まれていてもよい。
【０１６３】
本遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）の基板上には、本発明にかかる遺伝マーカー（ｋ００２５６、Ｋ０２９４８、ｋ０４１４３、ｋ００１６９、ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６、ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５、ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７、ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６、ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２、ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１、ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８、ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４、ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２、ＨＶＭ３６、ｋ０３８６１、ｋ０３６１６、ｋ０２３２５、ｋ０７９６６）のうち少なくとも１つ以上の遺伝マーカーが固定されていればよい。また抵抗性型の遺伝マーカー、罹病性型の遺伝マーカーのいずれか一方もしくは両方が固定されてもよい。さらにより高精度（確率）をもって大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の有無を判断するためには、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を挟む関係にある複数の遺伝マーカーの組み合わせが固定されていることが好ましい。かかる遺伝マーカーの組み合わせとしては、「ｋ００２５６」と「Ｋ０２９４８」の組み合わせ、「ｋ０４１４３」と「ｋ００１６９」との組み合わせ、「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」と「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」との組み合わせ、「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」と「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」との組み合わせ、「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」と「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」との組み合わせ、「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」と「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」との組み合わせ、「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」と「ＨＶＭ３６」の組み合わせ、「Ｋ０２９４８」と「ｋ０３８６１」との組み合わせ、「ｋ０３６１６」と「ｋ０２３２５」の組み合わせ、「ｋ００１６９」と「ｋ０７９６６」の組み合わせ、等が挙げられる。全ての遺伝マーカー（抵抗性型および罹病性型）が固定されていることが最も好ましいことはいうまでもない。
【０１６４】
上記複数の遺伝マーカーが固定された遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）を用いることによって、一度の試行で複数の遺伝マーカーを簡便に検出することができる。さらに大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の有無の判断を高い精度（確率）をもって行なうことができる。
【０１６５】
なお、上記遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）には、本発明にかかる遺伝マーカーのみならずその近傍に位置するその他の遺伝マーカーが固定されていてもよい。
【０１６６】
さらに上記遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）には、本発明にかかる遺伝マーカーがオオムギの染色体上に並んでいる順序で固定されているか、あるいはオオムギの染色体上に並んでいる順序に対応する配列位置情報が付与されて固定されていることが好ましい。検出の精度をさらに向上させることが可能となるからである。つまり、従来のＤＮＡマイクロアレイを用いた解析において、あるスポットに対するシグナルが得られなかった場合、本当に検出しようとする遺伝マーカーが存在しないのか、または解析の実験上のミスによりシグナルが得られていないのかについては、改めて確認しなければ正確には判定することはできなかった。これに対して、上記のごとく遺伝マーカーがオオムギの染色体上に並んでいる順序で固定されているか、あるいはオオムギの染色体上に並んでいる順序に対応する配列位置情報が付与されて固定されている遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）を用いる場合においては、固定化されている遺伝マーカーの染色体上の順序が確認できるように配列されているため、上記のような実験上でのミスか否かを容易に判定することが可能となる。
【０１６７】
具体的には、例えば、シグナルが得られなかったスポットの前後のスポットでシグナルが得られたとする。当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）では、各スポットは、染色体上に並んでいる順序が確認できるように配列されている。通常、染色体上に直線上に近接して並んでいる遺伝子のうち一つの遺伝子のみが組み換わるためには２つの組み換えがごく近傍で起こらなくてはならない。このような現象が起こる確率が極めて低いため、シグナルを得られなかったという結果は、実験上のミスによるものであると判断される。このように、当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）では、あるスポットに対するシグナルが得られなかった場合でも、実験上でのミスか否かを容易に判定することが可能となるため、解析の精度を向上することができる。
【０１６８】
なお本発明は上述した各実施形態に限定されるものではなく、請求項に示した範囲で種々の変更が可能であり、異なる実施形態にそれぞれ開示された技術的手段を適宜組み合わせて得られる実施形態についても本発明の技術的範囲に含まれる。
【０１６９】
また本発明の説明において使用したプライマー等の塩基配列は、本発明にかかる遺伝マーカーを増幅することができるものであれば、１または数個の塩基が置換、欠失、付加がされた塩基配列を有するプライマーを用いてもよい。
【０１７０】
以下実施例を用いて本発明をより具体的に説明するが、本発明はこれに限定されるものではない。
【０１７１】
〔使用植物〕
醸造用オオムギ「はるな二条」（Ｈｏｒｄｅｕｍ ｖｕｌｇａｒｅｓｓｐ．ｖｕｌｇａｒｅ ｖａｒｉｅｔｙ Ｈａｒｕｎａｎｉｊｏ、抵抗性）と野生オオムギ「Ｈ６０２」（Ｈｏｒｄｅｕｍ ｖｕｌｇａｒｅ ｓｓｐ．ｓｐｏｎｔａｎｅｕｍ Ｈ６０２、罹病性）との交配から得られたＦ１の花粉を培養して半数体（ｈａｐｌｏｉｄ）を育成し、自然倍加した倍加半数体（ｄｏｕｂｌｅｄ ｈａｐｌｏｉｄ）９３個体からなる集団（ＤＨＨＳ集団）を使用した。
【０１７２】
さらに、大麦縞萎縮病に対する抵抗性が異なるオオムギ品種Ｒｕｓｓｉａ６（二条、抵抗性）とＨ．Ｅ．Ｓ．４（六条、罹病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＩ１集団）、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ（抵抗性）とＴｕｒｋｅｙ６（羅病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＩ２集団）を使用した。
【０１７３】
〔連鎖地図の作成〕
本発明者らが有するオオムギＥＳＴ配列約１２万をｐｈｒｅｄによって再度ベースコールした後、ｑｕａｌｉｔｙ ｓｃｏｒｅ ２０でトリミングし、ベクターマスキングを行って３’端約６万配列を得た。これらの配列からｐｈｒａｐによってｃｏｎｔｉｇ ８，７５３、ｓｉｎｇｌｅｔ ６，６８６からなるＵｎｉｇｅｎｅを作成した。プライマー作成ソフトＰｒｉｍｅｒ３によって、４００ｂｐを中心として１４９−４９０ｂｐのｃＤＮＡ配列を増幅するプライマーセット約１１，０００を作成した。このうち約５，１００のプライマーセットについて、はるな二条とＨ６０２との間に増幅されるゲノム断片の多型の有無を検出するために、それぞれのゲノムＤＮＡをＰＣＲ増幅し、アガロースゲル電気泳動によってバンドの有無、バンド数、バンドサイズを調査し、マーカーとなり得るものを選択した。さらに、バンドサイズに多型のない場合は、増幅断片をダイレクトシークエンスすることにより塩基配列の差異を検出し、３９種類の制限酵素に対してＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）化が可能なものをマーカーとして選択した。
【０１７４】
以上により、上記はるな二条とＨ６０２との交雑Ｆ１由来のＤＨＨＳ集団について、合計４９９遺伝子座のマーカーからなる連鎖地図を構築した。この連鎖地図の平均マーカー密度は３．０ｃＭ／ｌｏｃｕｓ、全長は１，４７０ｃＭである。
【０１７５】
〔遺伝子型の判定〕
ＤＨＨＳ集団各個体の遺伝子型の判定は、上記ＤＨＨＳ集団の連鎖地図にマッピングされたマーカーを用いて行なった。すなわち、各個体の新鮮な葉の組織から分離したＤＮＡを鋳型として、ＥＳＴ配列に基づいて設計したプライマーセットを用いてＰＣＲを行なった。断片長多型マーカーについてはＰＣＲ産物の電気泳動により遺伝子型を判定した。ＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）マーカーについては、ＰＣＲ産物を制限酵素で消化し、電気泳動により遺伝子型を判定した。
【０１７６】
〔大麦縞萎縮病抵抗性の検定〕
大麦縞萎縮病の発病が顕著に認められる岡山大学資源生物科学研究所の圃場において、Ｒｕｓｓｉａ６、Ｈ．Ｅ．Ｓ．４およびＲＩ１集団の各系統、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ、Ｔｕｒｋｅｙ６およびＲＩ２集団の各系統、Ｈ６０２、はるな二条およびＤＨＨＳ集団の各系統を栽培した。その後、３月初旬に各系統のモザイク病斑を肉眼で確認してスコア化し、大麦縞萎縮病抵抗性の程度とした。スコアは、モザイク病斑の程度で以下のように分類した。
スコア１（高度抵抗性）：モザイクを全く認めない。
スコア２（抵抗性）：部分的にわずかなモザイクが認められる。
スコア３（抵抗性中位）：モザイクが容易に認められる。
スコア４（罹病性）：強いモザイクが認められる。
スコア５（高度罹病性）：顕著なモザイクが認められる。
【０１７７】
なお、大麦縞萎縮病に対し高度抵抗性を有する中国在来種の六条オオムギ木石港３および大麦縞萎縮病に対し高度罹病性を有する醸造用二条オオムギあまぎ二条を対照として用いた。
【実施例１】
【０１７８】
オオムギの縞萎縮病抵抗性に関するＱＴＬ解析
ＱＴＬ解析のアルゴリズムには、シンプルインターバルマッピング（ｓｉｍｐｌｅ ｉｎｔｅｒｖａｌｍａｐｐｉｎｇ、以下「ＳＩＭ」と略記する。）とコンポジットインターバルマッピング（ｃｏｍｐｏｓｉｔｅｉｎｔｅｒｖａｌ ｍａｐｐｉｎｇ以下「ＣＩＭ」と略記する。）を用い、解析ソフトウエアにはそれぞれ、ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＱＴＬとＱＴＬ Ｃａｒｔｏｇｒａｐｈｅｒを用いた。ＬＯＤスコアの閾値を２に設定し、ＬＯＤスコアが２を超えた場合に当該２つのマーカー区間内の最もＬＯＤの大きな位置にＱＴＬの存在を推定した。
【０１７９】
〔結果〕
ＤＨＨＳ集団の結果を表１に、ＲＩ１集団の結果を表２に、ＲＩ２集団の結果を表３に示した。なお上記表１〜３中の「Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ」は「ＱＴＬ解析を行なった集団名」を意味し、「Ｔｒａｉｔ」は「形質」を意味し、「Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ」は「遺伝マーカーが座上する染色体」を意味し、「Ｍａｒｋｅｒ ｉｎｔｅｒｖａｌ（Ｍ１−Ａ−ＱＴＬ−Ｂ−Ｍ２）」は「ＱＴＬの近傍に座上し、該ＱＴＬを挟む２つの遺伝マーカー（Ｍ１、Ｍ２）」を意味し、「Ｄｉｓｔａｎｃｅ（ｃＭ）Ａ＋Ｂ」は「ＱＴＬを挟む２つの遺伝マーカー間の距離」を意味し、「Ｐｏｓｉｔｉｏｎａ」（ｃＭ）Ａ」は「遺伝マーカーＭ１とＱＴＬ間の距離」を意味し、「Ｐｏｓｉｔｉｏｎ（ｃＭ）Ｂ」は「遺伝マーカーＭ２とＱＴＬ間の距離」を意味し、「ＬＯＤｂ」Ｓｃｏｒｅ」は「ＬＯＤスコアのピーク値」を意味し、「Ｖａｒ．（％）ｃ」」は「ＱＴＬの存在により表現型の分散の何（％）を説明することができるかを示す値」を意味し、「Ｗｅｉｇｈｔｄ」」は「ＱＴＬの存在により上記『切り穂検定法』のスコアがどれだけ上がるかを示す値」を意味している。
【０１８０】
【表１】
【０１８１】
表１から明らかなように、ＳＩＭにより１Ｈ染色体上に、ｋ００２５６とｋ０２９４８に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出され、ｋ０２９４８とｋ０３８６１に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出された。ただし、連鎖地図上には短腕側からｋ００２５６、ｋ０２９４８、ｋ０３８６１の順番でこれらのマーカーが並んでいるため、ｋ００２５６とｋ０２９４８によって検出されたＱＴＬと、ｋ０２９４８とｋ０３８６１によって検出されたＱＴＬは同じ位置を示している（ｋ０２９４８の位置にＱＴＬがある）ことになる。
【０１８２】
また、ＳＩＭにより３Ｈ染色体上に、ｋ０４１４３とｋ００１６９に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出され、ｋ００１６９とｋ０７９６６に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出された。さらに、ＣＩＭにより３Ｈ染色体上に、ｋ０４１４３とｋ００１６９に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出され、ＣＩＭにより１Ｈ染色体上に、ｋ０３６１６とｋ０２３２５に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出された。ただし、３Ｈ染色体の連鎖地図上には短腕側からｋ０４１４３、ｋ００１６９、ｋ０７９６６の順番でこれらのマーカーが並んでいることと、ＣＩＭによってｋ００１６９のごく近傍（ｋ００１６９から長腕側に約０．３ｃＭ）にＱＴＬの存在が示唆されていることから、ＳＩＭおよびＣＩＭにより３Ｈ染色体上に検出されたＱＴＬは、同一のＱＴＬであると考えられる。
【０１８３】
したがって、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座についてのＱＴＬ解析の結果、１Ｈ染色体上に２つのＱＴＬ、すなわちｋ００２５６、ｋ０２９４８およびｋ０３８６１に挟まれる位置に座乗するＱＴＬと、ｋ０３６１６およびｋ０２３２５に挟まれる位置に座乗するＱＴＬとが検出されたことになる。また、３Ｈ染色体上に１つのＱＴＬ、すなわちｋ０４１４３、ｋ００１６９およびｋ０７９６６に挟まれる位置に座乗するＱＴＬとが検出されたことになる。
【０１８４】
ＳＩＭにより１Ｈ染色体上に検出されたＱＴＬは、遺伝マーカーｋ００２５６から長腕側に 約７．８ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ０２９４８から０．０ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ０３８６１から短腕側に１５．５ｃＭの距離でこれらの遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは２．５である。このＱＴＬで表現型の分散の１２．５％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．４弱くなる。
【０１８５】
ＳＩＭにより３Ｈ染色体上に検出された一方のＱＴＬは、遺伝マーカーｋ０４１４３から０．０ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ００１６９から短腕側に１３．４ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは４．４である。このＱＴＬで表現型の分散の２．１％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．５強くなる。
【０１８６】
また、ＳＩＭにより３Ｈ染色体上に検出された他方のＱＴＬは、遺伝マーカーｋ００１６９から０．０ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ０７９６６から短腕側に４．８ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは４．４である。このＱＴＬで表現型の２．１％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．５強くなる。
【０１８７】
ＣＩＭにより１Ｈ染色体上に検出されたＱＴＬは、遺伝マーカーｋ０３６１６から長腕側に１．４ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ０２３２５から短腕側に４．３ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは２．６である。このＱＴＬで表現型の１６．３％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．６強くなる。
【０１８８】
ＣＩＭによる３Ｈ染色体上におけるＱＴＬの検出は、２回行なった。１回目の検出では、ＱＴＬは遺伝マーカーｋ０４１４３から長腕側に１３．１ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ００１６９から０．０ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは２．２である。このＱＴＬで表現型の分散の３４．７％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．９強くなる。２回目の検出では、ＱＴＬは遺伝マーカーｋ０４１４３から長腕側に１３．１ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ００１６９から０．０ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは３．５である。このＱＴＬで表現型の分散の３０．６％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．８強くなる。
【０１８９】
【表２】
【０１９０】
表２から明らかなように、ＲＩ１集団において、大麦縞萎縮病抵抗性に関与するＱＴＬを４Ｈ染色体上に２つ検出した。
【０１９１】
一方のＱＴＬは、ＳＩＭにより検出され、遺伝マーカーＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６から長腕側に４．０ｃＭの距離、遺伝マーカーＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５から短腕側に１３．９ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは２．９である。このＱＴＬで表現型の１５．０％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で、大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．４強くなる。
【０１９２】
他方のＱＴＬは、ＣＩＭにより検出され、遺伝マーカーＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７から長腕側に７．４ｃＭの距離、遺伝マーカーＭＥａｔａＭａｔｇ３９６から短腕側に０．６ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは４．２である。このＱＴＬで表現型の２１．９％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で、大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．６強くなる。
【０１９３】
【表３】
【０１９４】
表３から明らかなように、ＲＩ２集団において、大麦縞萎縮病抵抗性に関与するＱＴＬを２Ｈ染色体上に１つ、３Ｈ染色体上に１つ、５Ｈ染色体上に１つ検出した。
【０１９５】
２Ｈ染色体上のＱＴＬは、ＣＩＭにより検出され、遺伝マーカーＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２から長腕側に２．３ｃＭの距離、遺伝マーカーＨＶＭ３６から短腕側に６．０ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは３．４である。このＱＴＬで表現型の１８．７％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で、大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．６弱くなる。
【０１９６】
３Ｈ染色体上のＱＴＬは、ＳＩＭにより検出され、遺伝マーカーＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２から長腕側に０．６ｃＭの距離、遺伝マーカーＦＭａｔａＥｇｇａ３３１から短腕側に６．２ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは２．５である。このＱＴＬで表現型の１１．６％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で、大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．６強くなる。
【０１９７】
５Ｈ染色体上のＱＴＬは、ＣＩＭにより検出され、遺伝マーカーＦＭａｃｇＥｇａｔ８８から長腕側に３．８ｃＭの距離、遺伝マーカーＭＭａｃｇＥｇｇａ７４から短腕側に１７．１ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは２．８である。このＱＴＬで表現型の９．５％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で、大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．６強くなる。
【実施例２】
【０１９８】
遺伝マーカー「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」の検出
（方法）
５０ｎｇの試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを各１．５ＵのＥｃｏＲＩ（タカラバイオ社製）およびＭｓｅＩ（ＮＥＷ ＥＮＧＬＡＮＤ ＢｉｏＬａｂｓ社製）により、合計２５μｌの反応系において３７℃で１２時間ダブルダイジェストを行なった。制限酵素処理後のＤＮＡに５μＭ ＥｃｏＲＩアダプター（塩基配列は配列番号４９および配列番号５０に示す）と５０μＭ ＭｓｅＩアダプター（塩基配列は配列番号４７および配列番号４８に示す）を２５ＵのＴ４ ｌｉｇａｓｅ（タカラバイオ社製）によって３７℃、３時間ライゲーションを行なった。上記ライゲーション後のＤＮＡ断片をＥｃｏＲＩのユニバーサルプライマー（塩基配列は配列番号５２に示す）とＭｓｅＩのユニバーサルプライマー（塩基配列は配列番号５１に示す）を用いてプレアンプリフィケーション（予備増幅）を行なった。０．０７ｍｇ／ｍｌプレアンプリフィケーションの反応溶液について、配列番号３６に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号３５に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なった。なお増殖反応には、ＴａＫａＲａ Ｅｘ Ｔａｑ（タカラバイオ社製）を用いた。
【０１９９】
上記予備増幅の反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→５６℃１分間→７２℃１分間の工程を２０回行なった。
【０２００】
また本増幅の反応サイクルは、９４℃３０秒間→６８℃３０秒間→７２℃１分間の後、９４℃３０秒間→６８℃３０秒間→７２℃３０秒間→９４℃３０秒間→６７．３℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６６．６℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６５．９℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６５．２℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６４．５℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６３．８℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６３．１℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６２．４℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６１．７℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６１．０℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６０．３℃３０秒→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５９．６℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５８．９℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５８．２℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５７．５℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５６．８℃３０秒間→７２℃１分間の後、９４℃３０秒間→５６℃３０秒間→７２℃１分間の工程を２３回行なった。
【０２０１】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１２に示す。図１２中の左端のレーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＲｕｓｓｉａ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ．Ｅ．Ｓ．４について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｒｕｓｓｉａ６とＨ．Ｅ．Ｓ．４の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ１集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２０２】
図１２の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは約１１６ｂｐである（図中矢印で示す）。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は、約１１６ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約１１６ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２０３】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約１１６ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例３】
【０２０４】
遺伝マーカー「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」の検出
方法については、配列番号３８に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号３７に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２０５】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１３に示す。図１３中の左端レーンおよび右端レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＲｕｓｓｉａ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ．Ｅ．Ｓ．４について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｒｕｓｓｉａ６とＨ．Ｅ．Ｓ．４の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ１集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２０６】
図１３の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは約５８５ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は、約５８５ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約５８５ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２０７】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約５８５ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例４】
【０２０８】
遺伝マーカー「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」の検出
方法については、配列番号４０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号３９に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２０９】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１４に示す。図１４中の左端レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＲｕｓｓｉａ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ．Ｅ．Ｓ．４について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。ただし，これらの泳動像は図中では明瞭に確認できない。その他のレーンについては、
Ｒｕｓｓｉａ６とＨ．Ｅ．Ｓ．４の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ１集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２１０】
図１４の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものが０ｂｐであり、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものは約４６７ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は、約４６７ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は約４６７ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２１１】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約４６７ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例５】
【０２１２】
遺伝マーカー「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」の検出
方法については、配列番号４２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号４１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２１３】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１５に示す。図１５中の左端の２レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＲｕｓｓｉａ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから４レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ．Ｅ．Ｓ．４について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。ただし，これらの泳動像は図中では明瞭に確認できない。その他のレーンについては、Ｒｕｓｓｉａ６とＨ．Ｅ．Ｓ．４の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ１集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２１４】
図１５の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものが０ｂｐであり、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものは約３９６ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は、約３９６ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は約３９６ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２１５】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約３９６ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例６】
【０２１６】
遺伝マーカー「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」の検出
方法については、配列番号３０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号２９に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２１７】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１６に示す。図１６中の左端の１レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗについて上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗとＴｕｒｋｅｙ６の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２１８】
図１６の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約１６２ｂｐ（図中矢印Ｐ１で示す）であり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約１７０ｂｐ（図中矢印Ｐ２で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約１６２ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約１７０ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２１９】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約１６２ｂｐの増幅断片と約１７０ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例７】
【０２２０】
遺伝マーカー「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」の検出
方法については、配列番号３２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号３１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２２１】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１７に示す。図１７中の左端の１レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗについて上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗとＴｕｒｋｅｙ６の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２２２】
図１７の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものが約３３１ｂｐ（図中矢印で示す）であり、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものは０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は、約３３１ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は約３３１ｂｐの増幅断片が得られないということである。
【０２２３】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約３３１ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例８】
【０２２４】
遺伝マーカー「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」の検出
方法については、配列番号４４に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号４３に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２２５】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１８に示す。図１８中の左端の１レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗについて上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗとＴｕｒｋｅｙ６の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２２６】
図１８の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約８８ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約８８ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約８８ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２２７】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約８８ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該５Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例９】
【０２２８】
遺伝マーカー「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」の検出
方法については、配列番号４６に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号４５に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２２９】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１９に示す。図１９中の左端の１レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗについて上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗとＴｕｒｋｅｙ６の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２３０】
図１９の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約７４ｂｐであり（図中矢印で示す）、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約７４ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約７４ｂｐの増幅断片が得られないということである。
【０２３１】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約７４ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該５Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例１０】
【０２３２】
遺伝マーカー「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」の検出
方法については、配列番号２６に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号２５に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２３３】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２０に示す。図２０中の左端の１レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗについて上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗとＴｕｒｋｅｙ６の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２３４】
図２０の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが０ｂｐであり、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約４０２ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は、約４０２ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は４０２ｂｐの増幅断片が得られないということである。
【０２３５】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約４０２ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該２Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２３６】
なお、既述のとおり、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＴｕｒｋｅｙ６が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、
Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型が罹病性型となり、Ｔｕｒｋｅｙ６型が抵抗性型となる。
【実施例１１】
【０２３７】
遺伝マーカー「ＨＶＭ３６」の検出
（方法）
配列番号２７および２８に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃３分間の後、９４℃１分間→６４℃１分間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃１分間を１０回行なった後、９４℃１分間→５５℃１分間→７２℃１分間を３０回行なった後、７２℃５分間とした。
【０２３８】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２１に示す。図２１中左端レーンは大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６についての増幅断片の結果を示し、同図中左端から２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗの増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ（抵抗性）とＴｕｒｋｅｙ６（羅病性）の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２３９】
図２１の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約６０ｂｐ〜３０ｂｐ（左端から２レーン目、図中矢印Ｐ１で示す）であり、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約９０ｂｐ−６０ｂｐ（左端レーン、図中矢印Ｐ２で示す）に増幅断片が見られる。
【０２４０】
よって、試験対象オオムギについて上記検出操作を行ない、約６０ｂｐ〜３０ｂｐあるいは約９０ｂｐ−６０ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該２Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２４１】
なお、既述のとおり、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＴｕｒｋｅｙ６が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型が罹病性型となり、Ｔｕｒｋｅｙ６型が抵抗性型となる。
【実施例１２】
【０２４２】
遺伝マーカー「ｋ００２５６」の検出
（方法）
配列番号１および２に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２４３】
上記増幅産物を１．６ＵのＰｓｔＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２４４】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２２に示す。図２２上段は、左端から順に、はるな二条、Ｈ６０２、はるな二条とＨ６０２の交雑Ｆ１、ＤＨ集団の１〜４５の増幅断片である。図４下段は、左端（分子量マーカーを除く）から順に、ＤＨ集団の４６〜９３の増幅断片である。図２２上段中左端レーンは大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である、はるな二条についての増幅断片の結果を示し、同図上段中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示し、同図上段中左端レーンから３レーン目はこれらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２４５】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＰｓｔＩ）の消化パターンが異なる。図２２の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（はるな二条型）と抵抗性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約３６２ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約１５６ｂｐ、約２０６ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２４６】
ただし既述の通り、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【実施例１３】
【０２４７】
遺伝マーカー「ｋ０２９４８」の検出
（方法）
配列番号３および４に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２４８】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図４に示す。図４の上段、下段とも両端は分子量マーカーである。図４上段は、左端（分子量マーカーを除く）から順に、はるな二条、Ｈ６０２、はるな二条とＨ６０２の交雑Ｆ１、ＤＨ集団の１〜４５の増幅断片である。図４下段は、左端（分子量マーカーを除く）から順に、ＤＨ集団の４６〜９３の増幅断片である。図４から明らかなように、増幅産物のサイズを確認することにより、対象個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、はるな二条型の遺伝子型を有するか、Ｈ６０２型の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２４９】
図４の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（はるな二条型）と抵抗性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（はるな二条型）のものが約３８９ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、抵抗性型（Ｈ６０２型）のものは約３５８ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。
【０２５０】
よって、試験対象オオムギについて上記の検出操作を行ない、約３８９ｂｐあるいは約３５８ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２５１】
ただし既述の通り、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【実施例１４】
【０２５２】
遺伝マーカー「ｋ０３８６１」の検出
（方法）
配列番号１９および２０に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２５３】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２３に示す。図２３の左端および右端レーンは分子量マーカーである。同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種のはるな二条の増幅断片の結果を示し、４レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２５４】
図２３の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（はるな二条型）と抵抗性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（はるな二条型）のものが約３７９ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、抵抗性型（Ｈ６０２型）のものは約３５３ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。
【０２５５】
よって、試験対象オオムギについて上記の検出操作を行ない、約３７９ｂｐあるいは約３５３ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２５６】
ただし既述の通り、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【実施例１５】
【０２５７】
遺伝マーカー「ｋ０３６１６」の検出
（方法）
配列番号２１および２２に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２５８】
上記増幅産物を１．６ＵのＭｂｏＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２５９】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２４に示す。図２４中左端レーンはおよび右端レーンは、分子量マーカーである。図２４中左から２レーン目は、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である「はるな二条」についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２６０】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＭｂｏＩ）の消化パターンが異なる。図２４の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約３２３ｂｐ，約１５５ｂｐ，約１３５ｂｐ，約８５ｂｐ，約７９ｂｐ，約５０ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約１７２ｂｐ，約１５５ｂｐ，約１５１ｂｐ，約１３５ｂｐ，約８５ｂｐ，約７９ｂｐ，約５０ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。なお、Ｈ６０２型の約１７２ｂｐ，約１５５ｂｐ，約１５１ｂｐの増幅断片は電気泳動の解像度が低い場合重複して見える場合がある。
【０２６１】
よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例１６】
【０２６２】
遺伝マーカー「ｋ０２３２５」の検出
（方法）
配列番号２３および２４に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２６３】
上記増幅産物を１．６ＵのＨａｐＩＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２６４】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２５に示す。図２５中左端レーンは、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である「はるな二条」についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。また、同図中左端レーンから３レーン目は、これらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２６５】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＨａｐＩＩ）の消化パターンが異なる。図２５の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約１５３ｂｐ，約１４５ｂｐ，約５７ｂｐ，約５６ｂｐ，約３６ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約３５３ｂｐ、約９４ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。なお、はるな二条型の約１５３ｂｐと約１４５ｂｐの増幅断片，約５７ｂｐと約５６ｂｐと約３６ｂｐの増幅断片は電気泳動の解像度が低い場合重複して見える場合がある。よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例１７】
【０２６６】
遺伝マーカー「ｋ００１６９」の検出
（方法）
配列番号７および８に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２６７】
上記増幅産物を１．６ＵのＡｌｕＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２６８】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２６に示す。図２６中左端レーンは、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である「はるな二条」についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２６９】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＡｌｕＩ）の消化パターンが異なる。図２６の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約２４５ｂｐ，約２１５ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約２１５ｂｐ、約１６５ｂｐ，約８０ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。なお、はるな二条型の約２４５ｂｐと約２１５ｂｐの増幅断片は電気泳動の解像度が低い場合重複して見える場合がある。よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例１８】
【０２７０】
遺伝マーカー「ｋ０７９６６」の検出
（方法）
配列番号３３および３４に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２７１】
上記増幅産物を１．６ＵのＨａｐＩＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２７２】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２７に示す。図２７中左端レーンは、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である「はるな二条」についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。同図中左端レーンから３レーン目はこれらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２７３】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＡｌｕＩ）の消化パターンが異なる。図２７の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約３５０ｂｐ，約２０８ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約５５８ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例１９】
遺伝マーカー「ｋ０４１４３」の検出
（方法）
配列番号５および６に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２７４】
上記増幅産物を１．６ＵのＡｐａＬＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２７５】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２８に示す。図２８中左端レーンは、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である「はるな二条」についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。同図中左端レーンから３レーン目はこれらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２７６】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＡｐａＬＩ）の消化パターンが異なる。図２８の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約３７１ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約２２８ｂｐ、約１４３ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【産業上の利用可能性】
【０２７７】
本発明にかかる遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの育種、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子の単離等に用いることができ、育種の効率化に大きく貢献することが期待される。また、本発明にかかる遺伝マーカーの利用により作出される大麦縞萎縮病抵抗性オオムギにより、大麦縞萎縮病による病害を抑制すれば、収量や品質の低下を防止することができる。したがって、本発明は広く農業全般に利用可能であり、さらには、オオムギを原料とする食品産業においても有効である。
【技術分野】
【０００１】
本発明は、新規遺伝マーカーおよびその利用法に関するものであり、特に、オオムギにおける大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーと、その利用に関するものである。
【背景技術】
【０００２】
大麦縞萎縮病は、オオムギ縞萎縮ウイルス（ｂａｒｌｅｙ ｙｅｌｌｏｗ ｍｏｓａｉｃ ｖｉｒｕｓ；以下ＢａＹＭＶと略す）またはオオムギマイルドモザイクウイルス（ｂａｒｌｅｙ ｍｉｌｄ ｍｏｓａｉｃ ｖｉｒｕｓ；以下ＢａＭＭＶと略す）を原因ウイルスとし、藻菌類のポリミキサ・グラミニス（Ｐｏｌｙｍｙｘａ ｇｒａｍｉｎｉｓ）によって媒介される土壌伝染性のウイルス病である。発病すると葉の壊死斑点や黄変、分げつの減少、生育不良、枯死等を招き、しかも、一度発生するとその土壌は４〜５年休作しても無病化しないため、深刻な問題となっている。特にビール用オオムギで発生しやすく、ビール用オオムギの栽培が多くなるにつれ、わが国のみならず、中国やドイツでも発生が問題となっており、発生のない国においても、発病に備えて抵抗性の付与が積極的に考えられている。そのため、大麦縞萎縮病抵抗性は極めて重要な育種目標となっている。
【０００３】
現在、大麦縞萎縮病の最良の防除法は抵抗性品種の栽培であり、汚染圃場では耐病性の強い品種が栽培される。従来、作物の育種は目標形質を有する栽培品種や野生種等を交配し、多数の個体を実際に栽培して目標形質を有する個体を選抜し、当該目標形質を遺伝的に固定化しなければならず、広大な圃場や多大な入力、相当の年月が必要であった。例えば、ＢａＹＭＶに対する大麦縞萎縮病抵抗性を目標形質とした場合には、ＢａＹＭＶの人工接種が困難であるために、育成系統に大麦縞萎縮病抵抗性遺伝子が導入されているか否かを土壌にＢａＹＭＶを感染させた圃場で検定し、抵抗性を有する個体を選抜しなければならず、時間と手間が必要とされていた。
【０００４】
そこで、近年は育種期間の短縮、労働力および圃場面積の縮減、有用遺伝子の確実な選抜を図るため、遺伝マーカーを指標とした選抜による育種法が用いられるようになってきた。このような遺伝マーカーによる育種では、マーカーの遺伝子型により幼苗段階で選抜が可能となり、実際に土壌に大麦縞萎縮病ウイルスを感染させた圃場で栽培する必要がなく、目標形質の有無の確認も容易となる。したがって、遺伝マーカーを利用すれば効率的な育種が実現可能である。そして、遺伝マーカーを利用した育種を実現するためには、目標形質に強く連鎖した遺伝マーカーの開発が必須となる。
【０００５】
ところで、大麦縞萎縮病抵抗性などの農業上重要な形質の多くは、雑種後代で連続的な変異を示すものが多い。このような形質は、時間や長さなどの量的な尺度で測定されるので量的形質と呼ばれている。量的形質は一般に、単一主働遺伝子支配の形質ではなく、複数の遺伝子の作用によって決定されている場合が多い。作物の育種において改良対象とされる形質の多く、例えば収量や品質・食味等はこの量的形質であることが多い。
【０００６】
このような量的形質を司る遺伝子が染色体上に占める遺伝的な位置をＱＴＬ（Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｔｒａｉｔ Ｌｏｃｉ、量的形質遺伝子座）と称する。ＱＴＬを推定する方法として、ＱＴＬの近傍に存在する遺伝マーカーを利用するＱＴＬ解析が用いられる。かかるＱＴＬ解析は、染色体上のどの領域が目的とする量的形質に影響しているかを統計的に解析し、その領域の近傍にあるＤＮＡマーカーを見出すことにより行われる。見出されたＤＮＡマーカーにより作成された遺伝地図（連鎖地図）情報を元に、目標形質に影響を与えている領域を絞り込んでいき、最終的にその遺伝子を特定・単離することができる。１９８０年代後半にＤＮＡマーカーが登場すると、ＤＮＡマーカー利用による詳細な連鎖地図作成が大きく進み、その地図に基づいて多くの生物でＱＴＬ解析が行われるようになった。
【０００７】
以上のように、目標形質に連鎖する遺伝マーカーの開発は、染色体全体をカバーできる詳細な連鎖地図に基づいた精度の高いＱＴＬ解析により可能となり、得られた遺伝マーカーを利用することにより、効率的な育種が実現できるといえる。大麦縞萎縮病抵抗性に関与するＱＴＬとしては、例えば本発明者らによって中国在来種の六条オオムギ木石港３の３Ｈ染色体長腕、４Ｈ染色体動原体付近および７Ｈ染色体短腕上に見出されている（Ｃｈｉｋａｒａ Ｍｉｙａｚａｋｉ，Ｅｉｉｃｈｉ Ｏｓａｎａｉ，Ｋａｚｕｔｏｓｈｉ Ｉｔｏ，Ｔａｋｅｏ Ｋｏｎｉｓｈｉ，Ｋａｚｕｈｉｒｏ Ｓａｔｏ ａｎｄ Ａｋｉｒａ Ｓａｉｔｏ．２００１．“Ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｔｒａｉｔ ｌｏｃｉ ｃｏｎｆｅｒｒｉｎｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ ｂａｒｌｅｙ ｙｅｌｌｏｗ ｍｏｓａｉｃ ｖｉｒｕｓ ｉｎ ａ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｂａｒｌｅｙ ｌａｎｄｒａｃｅ Ｍｏｋｕｓｅｋｋｏ ３．”Ｂｒｅｅｄｉｎｇ Ｓｃｉｅｎｃｅ ５１：１７１−１７７．参照）。
【０００８】
上述のように、大麦縞萎縮病抵抗性はきわめて重要な育種目標の１つである。しかし、大麦縞萎縮病抵抗性には、複数の遺伝子座が関与する場合が多いため、交配等による方法では、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子（遺伝子座）を確実に選抜しているか否かを確認することが困難である。そこで、大麦縞萎縮病抵抗性を導入したオオムギの育種には遺伝マーカーを利用することが非常に有効である。大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーが開発され、利用可能となれば、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの育種の大幅な効率化を実現することが可能となる。
【０００９】
本発明は、上記課題に鑑みなされたものであって、その目的は、オオムギにおける大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーと、その代表的な利用法とを提供することにある。
【発明の開示】
【００１０】
本発明者らは、上記課題を解決すべく、発明者らが有するオオムギＥＳＴ配列に基づいてプライマーセットを設計し、当該プライマーセットにより増幅されるオオムギゲノム断片の多型の有無により遺伝マーカー（ＤＮＡマーカー）を開発した。さらに、醸造用オオムギ「はるな二条」と野生オオムギ「Ｈ６０２」との交雑Ｆ１から作出した倍加半数体集団（以下、倍加半数体系統の略称をＤＨ、当該系統をＤＨＨＳ集団という）を材料として、上記遺伝マーカー間の連鎖を検出して、当該ＤＨＨＳ集団の連鎖地図を作成し、この連鎖地図に基づいて大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座のＱＴＬ解析を行なった。その結果、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を１Ｈ染色体上に１つ、３Ｈ染色体上に１つ検出した。本発明者らはさらに解析を進め、これら大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座にそれぞれ連鎖する新規遺伝マーカーを見いだした。
【００１１】
また、本発明者らは、大麦縞萎縮病に対する抵抗性が大きく異なるオオムギ品種Ｒｕｓｓｉａ６（二条、抵抗性）とＨ．Ｅ．Ｓ．４（六条、罹病性）の交配から育成したＲＩ系統（以下、ＲＩ１集団という）に加え、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ（抵抗性）とＴｕｒｋｅｙ６（羅病性）の交配から育成したＲＩ系統（以下、ＲＩ２集団という）およびはるな二条（抵抗性）とＨ６０２（羅病性）の交配から育成したＤＨＨＳ集団を材料として、大麦縞萎縮病抵抗性にかかわるＱＴＬ解析をさらに行なった。その結果、新たにＲＩ１集団では４Ｈ染色体に２つ、ＲＩ２集団では２Ｈ、３Ｈ、５Ｈ染色体にそれぞれ１つずつ、ＤＨＨＳ集団では１Ｈ染色体に１つのＱＴＬを検出した。さらに当該ＱＴＬに連鎖する遺伝マーカーを見出した。
【００１２】
本発明は、上記新規知見により完成されたものであり、以下の発明を包含する。
【００１３】
すなわち本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１５】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号１９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１６】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１７】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１８】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの２Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００１９】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの２Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２１】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２３】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２５】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２６】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十四プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２７】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２８】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００２９】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの５Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００３０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギの５Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。
【００３１】
一方、本発明にかかるＤＮＡ断片の単離方法は、上記本発明にかかる遺伝マーカーのいずれかを用いて大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することを特徴としている。
【００３２】
一方、本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法は、上記本発明にかかるＤＮＡ断片の単離方法により得られた上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を、オオムギのゲノムＤＮＡに導入することを特徴としている。
【００３３】
一方、本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギは、上記本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法によって得られたものである。
【００３４】
一方、本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを選抜する方法は、上記本発明にかかる遺伝マーカーのいずれかを指標として、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを選抜する方法である。
【００３５】
また本発明は、以下の態様であってもよい。すなわち本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギのゲノムＤＮＡ中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から０ないし１８センチモルガンの範囲内の距離に位置することを特徴としている。上記遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に強連鎖するため、当該遺伝マーカーと大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座間で分離して組み換えが起こる確率は低い。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、例えば大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００３６】
また、本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギのゲノムＤＮＡ中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から０ないし１４センチモルガンの範囲内の距離に位置することを特徴としている。上記遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に強連鎖するため、当該遺伝マーカーと大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座間で分離して組み換えが起こる確率は低い。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、例えば大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００３７】
さらに本発明にかかる遺伝マーカーは、上記ゲノムＤＮＡが１Ｈ染色体であることを特徴としている。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、オオムギの１Ｈ染色体上に存在する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００３８】
さらに本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第一プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００３９】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第二プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号１９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第五プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４１】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第六プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第七プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４３】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記ゲノムＤＮＡが２Ｈ染色体であることを特徴としている。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、オオムギの２Ｈ染色体上に存在する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００４４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００４５】
上記第八プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４６】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第九プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４７】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記ゲノムＤＮＡが３Ｈ染色体であることを特徴としている。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、オオムギの３Ｈ染色体上に存在する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００４８】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第三プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００４９】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第四プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００５０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００５１】
上記第十プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００５２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００５３】
上記第十一プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００５４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴としている。上記第十二プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００５５】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記ゲノムＤＮＡが４Ｈ染色体であることを特徴としている。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、オオムギの４Ｈ染色体上に存在する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００５６】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００５７】
上記第十三プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００５８】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十四プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００５９】
上記第十四プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００６０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００６１】
上記第十五プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００６２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００６３】
上記第十六プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００６４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記ゲノムＤＮＡが５Ｈ染色体であることを特徴としている。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、オオムギの５Ｈ染色体上に存在する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の取得、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産（作出）・判別等を行なうことが可能となる。
【００６５】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００６６】
上記第十七プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００６７】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセットを用いて増幅されるものであることを特徴としている。
【００６８】
上記第十八プライマーセットを用いてＰＣＲ等の増幅反応を行なえば、当該遺伝マーカーを容易に増幅・検出することが可能となり、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判別を容易に行なうことができる。
【００６９】
一方、本発明にかかるＤＮＡ断片の単離方法は、上記本発明にかかる遺伝マーカーを用いて大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することを特徴としている。本発明にかかる遺伝マーカーは大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に強連鎖するものであり、上記遺伝マーカーを目標にクローニングを行なえば、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を容易に単離することが可能となる。
【００７０】
また本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法は、上記本発明にかかるＤＮＡ断片の単離方法により得られた上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を、オオムギのゲノムＤＮＡに導入することを特徴としている。当該生産方法により、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを生産することが可能となる。
【００７１】
また本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギは、上記本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法によって得られることを特徴としている。当該大麦縞萎縮病抵抗性オオムギによれば、大麦縞萎縮病に対する抵抗性を有する個体の選抜が容易かつ確実となるため、大麦縞萎縮病によるオオムギの収量減少を防ぐことができる。
【００７２】
また本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを選抜する方法は、上記本発明にかかる遺伝マーカーを指標として、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを選抜する方法である。上記本発明にかかる遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に強連鎖するため、当該遺伝マーカーと大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座間で分離して組み換えが起こる確率が非常に低い。それゆえ上記遺伝マーカーを検出することによって、試験対象オオムギにおける大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の遺伝子型を容易に判別することができ、選抜すべき個体を容易に見出すことが可能となる。
【００７３】
本発明にかかる遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と連鎖するため、当該遺伝マーカーを指標として大麦縞萎縮病抵抗性を導入したオオムギの育種を可能とする。したがって、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの効率的な育種を実現できるという効果を奏する。より具体的には、幼苗段階で目的個体を選抜できるため、実際に土壌に大麦縞萎縮病ウイルスを感染させた圃場でオオムギを栽培し、各個体の大麦縞萎縮病抵抗性を観察した後に目的の個体を選抜する必要がなくなり、育種期間を短縮できるという効果を奏する。また、複数の遺伝子座を同時に選抜できるために、観察によって選抜するよりも、確実に目的とする遺伝子型を得ることができる。さらに、労働力および圃場面積を縮減できるという効果を奏する。
【００７４】
さらに、上記遺伝マーカーを指標として選択的に育種された大麦縞萎縮病抵抗性オオムギは、大麦縞萎縮病ウイルスに汚染されている土壌においても栽培が可能であるため、安定した収量を確保できるという効果を奏する。
【００７５】
本発明のさらに他の目的、特徴、および優れた点は、以下に示す記載によって十分わかるであろう。また、本発明の利益は、次の説明で明白になるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００７６】
【図１】オオムギＥＳＴクローン：ｂａａｋ１ｊ１４の塩基配列、および当該配列に基づいて設計されたプライマー配列の位置を示す図である。
【図２】遺伝マーカーｋ００２５６における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図３】オオムギＥＳＴクローン：ｂａｇｓ３２ｍ１６の塩基配列、および当該配列に基づいて設計されたプライマー配列の位置を示す図である。
【図４】実施例１３において、遺伝マーカーｋ０２９４８における、Ｈ６０２とはるな二条との間の断片長多型を示す電気泳動画像である。
【図５】オオムギＥＳＴクローン：ｂａｈ４１ｌ０３の塩基配列、および当該配列に基づいて設計されたプライマー配列の位置を示す図である。
【図６】遺伝マーカーｋ０４１４３における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図７】オオムギＥＳＴクローン：ｂａａｋ１４ｉ０２の塩基配列、および当該配列に基づいて設計されたプライマー配列の位置を示す図である。
【図８】遺伝マーカーｋ００１６９における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図９】遺伝マーカーｋ０３６１６における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図１０】遺伝マーカーｋ０２３２５における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図１１】遺伝マーカーｋ０７９６６における、Ｈ６０２とはるな二条との間のＳＮＰおよびＳＮＰ周囲の塩基配列を示す図である。
【図１２】実施例２において、遺伝マーカー「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１３】実施例３において、遺伝マーカー「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１４】実施例４において、遺伝マーカー「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１５】実施例５において、遺伝マーカー「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１６】実施例６において、遺伝マーカー「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１７】実施例７において、遺伝マーカー「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１８】実施例８において、遺伝マーカー「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１９】実施例９において、遺伝マーカー「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２０】実施例１０において、遺伝マーカー「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２１】実施例１１において、遺伝マーカー「ＨＶＭ３６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２２】実施例１２において、遺伝マーカー「ｋ００２５６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２３】実施例１４において、遺伝マーカー「ｋ０３８６１」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２４】実施例１５において、遺伝マーカー「ｋ０３６１６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２５】実施例１６において、遺伝マーカー「ｋ０２３２５」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２６】実施例１７において、遺伝マーカー「ｋ００１６９」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２７】実施例１８において、遺伝マーカー「ｋ０７９６６」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２８】実施例１９において、遺伝マーカー「ｋ０４１４３」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【発明を実施するための最良の形態】
【００７７】
本発明の実施の一形態について説明すれば、以下のとおりである。なお、本発明はこれに限定されるものではない。
【００７８】
本発明は、オオムギにおける大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーとその利用の一例とに関するものである。以下、本発明にかかる遺伝マーカー、本発明の利用の一例について説明する。
【００７９】
（１）本発明にかかる遺伝マーカー
本発明にかかる遺伝マーカーは、オオムギのゲノムＤＮＡ中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖しているものであればよい。
【００８０】
大麦縞萎縮病は、前述のように、ＢａＹＭＶまたはＢａＭＭＶを原因ウイルスとし、藻菌類のポリミキサ・グラミニス（Ｐｏｌｙｍｙｘａ ｇｒａｍｉｎｉｓ）によって媒介される土壌伝染性のウイルス病である。大麦縞萎縮病は、葉の壊死斑点や黄変、分げつの減少、生育不良、枯死等を招き、しかも、一度発生するとその土壌は４〜５年休作しても無病化せず、収量に甚大な影響を与えるため、深刻な病害の１つである。したがって、大麦縞萎縮病抵抗性はきわめて重要な育種目標である。
【００８１】
大麦縞萎縮病抵抗性には量的形質による場合と質的形質による場合があり、抵抗性は複数の遺伝子座により決定される。量的形質はＱＴＬ解析により、当該量的形質に関与している遺伝子座の染色体上の位置を推定することができる。以下、本発明者らがオオムギにおいて開発した大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と連鎖する遺伝マーカーについて詳細に説明する。なお、本発明にかかる遺伝マーカーはこれらに限定されるものではない。
【００８２】
本発明者らは、醸造用オオムギ「はるな二条」と野生オオムギ「Ｈ６０２」との交雑Ｆ１から作出したＤＨＨＳ集団を用いて、高密度連鎖地図を作成した。すなわち、本発明者らが有するオオムギＥＳＴ（ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｔａｇ）配列に基づいて設計されたプライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを増幅し、「はるな二条」と「Ｈ６０２」との間に増幅断片長の多型を有するものや、増幅断片長の制限酵素による消化のパターンが異なる多型を有するものを特定し、これらのＤＮＡマーカーを含む約４９０遺伝子座からなる連鎖地図を構築した。この連鎖地図および本発明者らが観察した上記ＤＨＨＳ集団９３個体についての大麦縞萎縮病抵抗性のデータに基づいて、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座のＱＴＬ解析を行なった。その結果、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を１Ｈ染色体上に１つ、３Ｈ染色体上に１つ検出した。本発明にかかる遺伝マーカーは１Ｈ染色体上に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を挟み、最も近傍に位置する２つの遺伝マーカーと、３Ｈ染色体上に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を挟み、最も近傍に位置する２つの遺伝マーカーである。発明者らは１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーを「ｋ００２５６」および「ｋ０２９４８」、３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーを「ｋ０４１４３」、「ｋ００１６９」と命名した。
【００８３】
ｋ００２５６は、
ＣＴＴＧＧＣＣＴＴＧＡＴＣＴＴＣＴＧＣＴ（配列番号１）に示される塩基配列を有するプライマー、および
ＧＡＣＣＧＴＧＴＣＡＧＧＡＡＡＧＣＡＡＴ（配列番号２）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅されるＤＮＡマーカーであり、上記１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側に約７．８センチモルガン（以下ｃＭと表示する）の距離に座乗している。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａａｋ１ｊ１４、配列番号１５）に基づいて設計されている。図１に当該ＥＳＴの塩基配列を示した。下線を付した部分が上記プライマー配列（配列番号１）および上記プライマー配列（配列番号２）の相補配列である。はるな二条の増幅産物とＨ６０２の増幅産物との間にＳＮＰ（ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ；一塩基多型）がある。図２に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が抵抗性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号９）であり、下が罹病性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号１０）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＰｓｔＩの認識配列（ＣＴＧＣＡＧ）を示す。図２から明らかなように、抵抗性型（Ｈ６０２型）の増幅産物は制限酵素ＰｓｔＩの認識配列（ＣＴＧＣＡＧ）を有しているためＰｓｔＩで切断されるが、罹病性型（はるな二条型）の増幅産物は上記認識配列部分のＧがＡに変異しているため（ＣＴＧＣＡＡ）制限酵素ＰｓｔＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ００２５６は、ＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）マーカーであり、上記第一プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＰｓｔＩ切断により、対象個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００８４】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【００８５】
ｋ０２９４８は、
ＴＣＴＴＴＣＣＴＧＧＧＴＴＧＧＴＧＡＡＣ（配列番号３）に示される塩基配列を有するプライマー、および
ＧＣＡＧＣＴＴＴＴＧＡＧＴＴＣＧＴＴＣＣ（配列番号４）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約０．０ｃＭの距離に座乗している。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａｇｓ３２ｍ１６、配列番号１６）に基づいて設計されている。図３に当該ＥＳＴの塩基配列を示した。下線を付した部分が上記プライマー配列（配列番号３）および上記プライマー配列（配列番号４）の相補配列である。はるな二条の増幅産物とＨ６０２の増幅産物との間に断片長多型があり、罹病性型（はるな二条型）のゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される断片のサイズは約３８９ｂｐ、抵抗性型（Ｈ６０２型）のゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される断片のサイズは約３５８ｂｐと異なる。図４に第二プライマーセットを用いてＰＣＲにより増幅した断片の電気泳動像を示した。図４の上段、下段とも両端は分子量マーカーである。図４上段は、左端（分子量マーカーを除く）から順に、罹病性型（はるな二条型）、抵抗性型（Ｈ６０２型）、はるな二条とＨ６０２の交雑Ｆ１、ＤＨＨＳ集団の１〜４５の増幅断片である。図４下段は、左端（分子量マーカーを除く）から順に、ＤＨＨＳ集団の４６〜９３の増幅断片である。図４から明らかなように、増幅産物のサイズを確認することにより、対象個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、罹病性型（はるな二条型）の遺伝子型を有するか、抵抗性型（Ｈ６０２型）の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００８６】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【００８７】
ｋ０４１４３は、
ＣＴＧＴＴＴＧＧＡＴＧＡＣＴＧＣＧＡＧＡ（配列番号５）に示される塩基配列を有するプライマー、および
ＡＴＴＡＣＧＣＡＡＣＣＴＧＡＴＧＧＡＧＣ（配列番号６）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側に約０．０ないし１３．１ｃＭの距離に座乗している。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａｈ４１ｌ０３、配列番号１７）に基づいて設計されている。図５に当該ＥＳＴの塩基配列を示した。下線を付した部分が上記プライマー配列（配列番号５）および上記プライマー配列（配列番号６）の相補配列である。はるな二条の増幅産物とＨ６０２の増幅産物との間にＳＮＰがある。図６に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が罹病性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号１１）であり、下が抵抗性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号１２）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＡｐａＬＩの認識配列（ＧＴＧＣＡＣ）を示す。図６から明らかなように、Ｈ６０２の増幅産物は制限酵素ＡｐａＬＩの認識配列（ＧＴＧＣＡＣ）を有しているためＡｐａＬＩで切断されるが、はるな二条の増幅産物は上記認識配列部分のＧがＡに変異しているため（ＡＴＧＣＡＣ）制限酵素ＡｐａＬＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ０４１４３は、ＣＡＰＳマーカーであり、上記第三プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＡｐａＬＩ切断により、対象個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性型（はるな二条型）の遺伝子型を有するか、罹病性型（Ｈ６０２型）の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００８８】
ｋ００１６９は、
ＡＣＣＣＣＧＧＡＡＧＣＴＡＡＧＡＴＧＡＴ（配列番号７）に示される塩基配列を有するプライマー、および
ＡＧＴＣＧＧＡＡＣＡＴＧＣＧＧＴＡＣＡＣ（配列番号８）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約０．３ないし１３．４ｃＭの距離に座乗している。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａａｋ１４ｉ０２、配列番号１８）に基づいて設計されている。図７に当該ＥＳＴの塩基配列を示した。下線を付した部分が上記プライマー配列（配列番号７）および上記プライマー配列（配列番号８）の相補配列である。はるな二条の増幅産物とＨ６０２の増幅産物との間にＳＮＰがある。図８に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が罹病性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号１３）であり、下が抵抗性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号１４）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＡｌｕＩの認識配列（ＡＧＣＴ）を示す。図８から明らかなように、Ｈ６０２の増幅産物は制限酵素ＡｌｕＩの認識配列（ＡＧＣＴ）を有しているためＡｌｕＩで切断されるが、はるな二条の増幅産物は上記認識配列部分のＴがＣに変異しているため（ＡＧＣＣ）制限酵素ＡｌｕＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ００１６９は、ＣＡＰＳマーカーであり、上記第四プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＡｌｕＩ切断により、対象個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性型（はるな二条型）の遺伝子型を有するか、罹病性型（Ｈ６０２型）の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００８９】
さらに、本発明者らは、材料としてＲｕｓｓｉａ６（二条、抵抗性）とＨ．Ｅ．Ｓ．４（六条、罹病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＩ１集団）、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ（抵抗性）とＴｕｒｋｅｙ６（羅病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＩ２集団）、およびはるな二条（抵抗性）とＨ６０２（羅病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＤＨＨＳ集団）を用いて、オオムギの大麦縞萎縮病抵抗性に関するＱＴＬ解析を行なった。
【００９０】
かかるＱＴＬ解析の結果、ＲＩ１集団では４Ｈ染色体に２つ、ＲＩ２集団では２Ｈ、３Ｈ、５Ｈ染色体にそれぞれ１つずつ、ＤＨＨＳ集団では１Ｈ染色体に１つのＱＴＬを検出した。また、当該ＱＴＬに連鎖する新規な遺伝マーカーを見出した。
【００９１】
ＲＩ１集団から検出された４Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」、「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」、「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」、「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」が挙げられる。
【００９２】
「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＴＧＧ（配列番号３５）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＧＧＡ（配列番号３６）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側（５’末端側）に約４．０センチモルガン（以下ｃＭと表示する）の位置に座乗している。
【００９３】
なお上記ＡＦＬＰ、および以下の説明におけるＡＦＬＰの検出の手順は特に限定されるものではなく、例えば文献（Ｐｉｅｔｅｒ Ｖｏｓ，Ｒｅｎｅ Ｈｏｇｅｒｓ，Ｍａｒｊｏ Ｂｌｅｅｋｅｒ，Ｍａｒｔｉｎ Ｒｅｉｊａｎｓ，Ｔｈｅｏ ｖａｎ ｄｅ Ｌｅｅ，Ｍｉｒａｎｄａ Ｈｏｒｎｅｓ，Ａｄｒｉｅ Ｆｒｉｊｔｅｒｓ，Ｊｅｒｉｎａ Ｐｏｔ，Ｊｏｈａｎ Ｐｅｌｅｍａｎ，Ｍａｒｔｉｎ Ｋｕｉｐｅｒ ａｎｄ Ｍａｒｃ Ｚａｂｅａｕ．（１９９５）ＡＦＬＰ：ａ ｎｅｗ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ ｆｏｒ ＤＮＡ ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｉｎｇ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｓｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．２３：２１：４４０７−４４１４．）の方法またはその改変法に従って行なえばよい。またＰＣＲ等の増幅反応の諸条件は、通常の条件で行なうか、あるいは最適な条件を検討の上、適宜採用すればよい。
【００９４】
上記第十三プライマーセットを用いて最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは約１１６ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は、約１１６ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約１１６ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００９５】
また「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＣＡＡ（配列番号３７）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＧＧＧ（配列番号３８）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十四プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側（３’末端側）に約１３．９ｃＭの位置に座乗している。
【００９６】
上記第十四プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは約５８５ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は約５８５ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約５８５ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００９７】
また「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＣＧ（配列番号３９）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＣＡＴ（配列番号４０）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側（５’末端側）に約７．４ｃＭの位置に座乗している。
【００９８】
上記第十五プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが約４６７ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は約４６７ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約４６７ｂｐの増幅断片が得られないということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【００９９】
また「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＴＧ（配列番号４１）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＡＴＡ（配列番号４２）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側（３’末端側）に約０．６ｃＭの位置に座乗している。
【０１００】
上記第十六プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが約３９６ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は約３９６ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約３９６ｂｐの増幅断片が得られないということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１０１】
また、ＲＩ２集団から検出された２Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」、「ＨＶＭ３６」が挙げられる。
【０１０２】
「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＣＣ（配列番号２５）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＡＣＧ（配列番号２６）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記２Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側（５’末端側）に約２．３ｃＭの位置に座乗している。
【０１０３】
上記第八プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが０ｂｐであり、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約４０２ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は約４０２ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約４０２ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該２Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１０４】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＴｕｒｋｅｙ６が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型が罹病性型となり、Ｔｕｒｋｅｙ６型が抵抗性型となる。
【０１０５】
また、「ＨＶＭ３６」は、ＴＣＣＡＧＣＣＧＡＡＣＡＡＴＴＴＣＴＴＧ（配列番号２７）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＡＧＴＡＣＴＣＣＧＡＣＡＣＣＡＣＧＴＣＣ（配列番号２８）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記２Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約６．０ｃＭの距離に座乗するものである。当該遺伝マーカーは、いわゆるＳＳＲ（Ｓｉｍｐｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｒｅｐｅａｔ）マーカーである。
【０１０６】
「ＨＶＭ３６」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０１０７】
上記第九プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約６０〜３０ｂｐであり、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約９０〜６０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は約６０〜３０ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約９０〜６０ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該２Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１０８】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＴｕｒｋｅｙ６が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型が罹病性型となり、Ｔｕｒｋｅｙ６型が抵抗性型となる。
【０１０９】
また、ＲＩ２集団から検出された３Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」、「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」が挙げられる。
【０１１０】
「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＴＴ（配列番号２９）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＡＣＧ（配列番号３０）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側（５’末端側）に約０．６ｃＭの位置に座乗している。
【０１１１】
上記第十プライマーセットを用いて最終的に増幅される増幅断片には、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約１６２ｂｐであり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約１７０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は約１６２ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約１７０ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１１２】
また、「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＴＡ（配列番号３１）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＧＧＡ（配列番号３２）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側（３’末端側）に約６．２ｃＭの位置に座乗している。
【０１１３】
上記第十一プライマーセットを用いて最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約３３１ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約３３１ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約３３１ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１１４】
また、ＲＩ２集団から検出された５Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」、「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」が挙げられる。
【０１１５】
「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＣＧ（配列番号４３）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＧＡＴ（配列番号４４）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記５Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側（５’末端側）に約３．８ｃＭの位置に座乗している。
【０１１６】
上記第十七プライマーセットを用いて最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約８８ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約８８ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約８８ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該５Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１１７】
また、「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」は、オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、ＧＡＣＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧ（配列番号４７）および
ＴＡＣＴＣＡＧＧＡＣＴＣＡＴ（配列番号４８）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにＣＴＣＧＴＡＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣ（配列番号４９）および
ＡＡＴＴＧＧＴＡＣＧＣＡＧＴＣＴＡＣ（配列番号５０）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を
ＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡ（配列番号５１）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣ（配列番号５２）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をＧＡＴＧＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＡＡＡＣＧ（配列番号４５）に示される塩基配列を有するプライマーと、ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＣＡＡＴＴＣＧＧＡ（配列番号４６）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記５Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側（３’末端側）に約１７．１ｃＭの位置に座乗している。
【０１１８】
上記第十八プライマーセットを用いて最終的に増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約７４ｂｐであり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約７４ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約７４ｂｐの増幅断片が得られないということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該５Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１１９】
また、ＤＨＨＳ集団から検出された１Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「ｋ０３８６１」、「ｋ０３６１６」、「ｋ０２３２５」が挙げられる。
【０１２０】
「ｋ０３８６１」は、ＡＣＧＡＴＣＧＡＴＣＡＡＡＡＧＧＡＣＣＡ（配列番号１９）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＡＡＴＣＣＧＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＧＡＧ（配列番号２０）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約１５．５ｃＭの距離に座上するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａｈ２７ｋ２３、配列番号５３）に基づいて設計されている。
【０１２１】
「ｋ０３８６１」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０１２２】
上記第五プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（はるな二条型）と抵抗性型（Ｈ６０２型）が存在し、罹病性型（はるな二条型）の増幅断片の断片長が約３７９ｂｐであるのに対し、抵抗性型（Ｈ６０２型）のものは約３５３ｂｐに増幅断片が見られる。よって、上記検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１２３】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【０１２４】
「ｋ０３６１６」は、ＣＴＣＧＡＴＣＡＴＣＡＧＣＧＡＣＴＴＣＡ（配列番号２１）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＧＡＡＧＡＧＧＣＡＣＣＴＴＣＴＧＣＡＡＣ（配列番号２２）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側に約１．４ｃＭの距離に座上するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａｈ１３ｅ１５、配列番号５４）に基づいて設計されている。
【０１２５】
「ｋ０３６１６」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０１２６】
上記第六プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、両者間にＳＮＰ（ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ；一塩基多型）がある。図９に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が罹病性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号５５）であり、下が抵抗性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号５６）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＭｂｏＩの認識配列（ＧＡＴＣ）を示す。図９から明らかなように、罹病性型の増幅産物は制限酵素ＭｂｏＩの認識配列（ＧＡＴＣ）を有しているためＭｂｏＩで切断されるが、抵抗性型の増幅産物は上記認識配列部分のＣがＡに変異しているため（ＧＡＴＡ）、制限酵素ＭｂｏＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ０３６１６は、ＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）マーカーであり、上記第六プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＭｂｏＩ切断により、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１２７】
また、「ｋ０２３２５」は、ＡＡＴＧＴＧＣＡＣＡＣＣＡＡＧＧＴＴＧＡ（配列番号２３）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＡＧＡＣＡＡＣＡＡＣＣＧＣＣＴＧＴＡＣＣ（配列番号２４）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約４．３ｃＭの距離に座上するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ｂａｇｓ１ｆ２２、配列番号５７）に基づいて設計されている。
【０１２８】
「ｋ０２３２５」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０１２９】
上記第七プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、両者間にＳＮＰ（ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ；一塩基多型）がある。図１０に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が罹病性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号５８）であり、下が抵抗性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号５９）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＨａｐＩＩの認識配列（ＣＣＧＧ）を示す。図１０から明らかなように、抵抗性型の増幅産物は制限酵素ＨａｐＩＩの認識配列（ＣＣＧＧ）を有しているためＨａｐＩＩで切断されるが、罹病性型の増幅産物は上記認識配列部分のＣがＴに変異しているため（ＣＴＧＧ）、制限酵素ＨａｐＩＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ０２３２５は、ＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）マーカーであり、上記第七プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＨａｐＩＩ切断により、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１３０】
また、「ｋ０７９６６」は、ＡＴＧＧＡＣＣＣＡＡＣＡＡＧＴＧＧＡＡＧ（配列番号３３）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＡＧＧＡＡＧＡＣＴＴＴＧＧＡＧＧＣＣＡＴ（配列番号３４）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約４．８ｃＭの距離に座上するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：ＢａＧＳ７Ｇ１４、配列番号６０）に基づいて設計されている。
【０１３１】
「ｋ０７９６６」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０１３２】
上記第十二プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、両者間にＳＮＰ（ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ；一塩基多型）がある。図１１に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。上が罹病性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号６１）であり、下が抵抗性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号６２）である。□（四角）で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＨａｐＩＩの認識配列（ＣＣＧＧを示す。図１１から明らかなように、抵抗性型の増幅産物は制限酵素ＨａｐＩＩの認識配列（ＣＣＧＧ）を有しているためＨａｐＩＩで切断されるが、罹病性型の増幅産物は上記認識配列部分のＧがＴに変異しているため（ＣＣＴＧ）、制限酵素ＨａｐＩＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーｋ０７９６６は、ＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）マーカーであり、上記第十二プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＨａｐＩＩ切断により、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０１３３】
ここで、１センチモルガン（１ｃＭ）とは、２つの遺伝子座の間に１％の頻度で交叉が起きるときの、両遺伝子座間の距離を表す単位である。例えば、１．４ｃＭは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と遺伝マーカーとの間で染色分体あたり平均して１０００分の１４回乗換えが起こることを示している。すなわち、このときは約１．４％の組み換え率であることを示している。
【０１３４】
ところで、増幅に際して鋳型として用いられるゲノムＤＮＡは、植物体より従来公知の方法で抽出可能である。具体的には、植物体からゲノムＤＮＡを抽出するための一般法（Ｍｕｒｒａｙ，Ｍ．Ｇ．ａｎｄ Ｗ．Ｆ．Ｔｈｏｍｐｓｏｎ（１９８０）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．８：４３２１−４３２５．など参照）が好適な例として挙げられる。また、上記のゲノムＤＮＡは、根、茎、葉、生殖器官など、オオムギの植物体を構成するいずれの組織を用いても抽出可能である。また、場合によってはオオムギのカルスから抽出してもよい。なお、上記生殖器官には、花器官（雄性・雌性生殖器官を含む）や種子も含まれる。ゲノムＤＮＡの抽出は、例えば、オオムギの幼苗期の葉を用いて行われる。この理由としては、組織の摩砕が比較的容易であり、多糖類などの不純物の混合割合が比較的少なく、また、種子から短期間で育成可能である点が挙げられる。さらに、幼苗段階で個体の選抜が可能となり、育種期間を大幅に短縮できる点が挙げられる。
【０１３５】
またオオムギのゲノムＤＮＡを鋳型とし、上記プライマーの組み合わせを用いて増幅する方法は、従来公知のＤＮＡ増幅法を採用することができる。一般には、ＰＣＲ法（ポリメラーゼ連鎖反応法）や、その改変法が用いられる。ＰＣＲ法や、その改変法を用いる際の反応条件は特に限定されるものではなく、通常と同様の条件下で増幅することができる。
【０１３６】
本発明にかかる遺伝マーカーを用いることによって、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することが可能となり、上記ＤＮＡ断片を用いることによって、オオムギの大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子、および大麦縞萎縮病抵抗性のメカニズムの解明に利用が可能である。また上記ＤＮＡ断片をオオムギのゲノムＤＮＡに導入することによって、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを生産（育種）することが可能となる。
【０１３７】
また上記遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖しているため、試験対象であるオオムギのゲノムＤＮＡ中における該遺伝マーカーの多型を検出することによって、オオムギが大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を有するか否かを判定することが可能となる。また、同様に大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖しているため、試験対象であるオオムギのゲノムＤＮＡ中における該遺伝マーカーの多型を検出することによって、オオムギが、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギであるか否かを判別することができる。また、上記遺伝マーカーを増幅することができるプライマーまたは、上記遺伝マーカーを固定したＤＮＡマイクロアレイをキット化すれば、オオムギの大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の有無判定キット、および大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定キットを提供することが可能となる。
【０１３８】
上述のごとく、本発明にかかる遺伝マーカーは、様々な用途に利用が可能であることは明らかである。上述した本発明にかかる遺伝マーカーの用途の一例については、後に詳細に説示する。
【０１３９】
（２）本発明の利用
〔大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の単離方法〕
上述のとおり本発明にかかる遺伝マーカー（ｋ００２５６、Ｋ０２９４８、ｋ０３８６１、ｋ０３６１６、ｋ０２３２５）は、オオムギ１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖するものであり、本発明にかかる遺伝マーカー（ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２、ＨＶＭ３６）はオオムギ２Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖するものであり、本発明にかかる遺伝マーカー（ｋ０４１４３、ｋ００１６９、ｋ０７９６６、ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２、ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１）はオオムギ３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖するものであり、本発明にかかる遺伝マーカー（ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６、ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５、ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７、ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６）は、オオムギ４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖するものであり、本発明にかかる遺伝マーカー（ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８、ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４）は、オオムギ５Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖するものである。
【０１４０】
よって、ｋ００２５６、ｋ０２９４８、ｋ０３８６１、ｋ０３６１６、ｋ０２３２５の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ１Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することができ、ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２、ＨＶＭ３６の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ２Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することができ、ｋ０４１４３、ｋ００１６９、ｋ０７９６６、ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２、ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ３Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することができ、ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６、ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５、ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７、ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ４Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することができ、ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８、ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ５Ｈ染色体上に検出された大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することができる。
【０１４１】
単離とは、目的のＤＮＡ断片、すなわち大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片をクローニングすることを意味することはいうまでもないが、広義には交雑Ｆ１集団から戻し交配等により、両親のうち一方の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遣伝子座を含むＤＮＡ断片を有する個体を選抜し、その遺伝子座領域のみを目的品種に導入する同質遺伝子系統の作製も単離に含まれる。
【０１４２】
本発明にかかる遺伝マーカーを用いて大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離する方法としては特に限定されるものではないが、例えば次のような方法を挙げることができる。
【０１４３】
オオムギでは本発明者らが開発を進めている「はるな二条」を含めて、ゲノムＤＮＡのＢＡＣライブラリーが２種類作成されており、現在複数のＢＡＣライブラリーが開発中である。そこで、このようなＢＡＣライブラリーを用いて、従来公知のマップベースクローニングの手法にしたがって、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と当該遺伝子座に連鎖する本発明の遺伝マーカーとで当該マーカーを含むＢＡＣクローンを同定し、そこからＢＡＣのコンティグを作成して塩基配列を確定することにより、最終的に大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に到達することができる。
【０１４４】
また、上述のように、交雑Ｆ１に一方の親を戻し交配することにより、他方の親の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を目的品種に導入して（広義の）単離をすることができる。
【０１４５】
なお、上記方法をはじめとする大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離する際には、目的とする大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に対してなるべく近傍に座乗する遺伝マーカーを選択して用いることが好ましい。目的とする大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と遺伝マーカーの間で組み換えが起こる確率がより低くなり、より確実に大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遣伝子座を含む断片を単離することができるからである。
【０１４６】
〔大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法、および当該生産方法によって得られた大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ〕
上記本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片の単離方法によって得られた大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片をオオムギのゲノムＤＮＡに導入することによって、大麦縞萎縮病抵抗性改変オオムギを生産することが可能である。ただし、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを生産するためには、大麦縞萎縮病抵抗性の品種から上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離し、大麦縞萎縮病感受性の品種に導入することが必要である。
【０１４７】
上記ＤＮＡ断片を導入する方法は特に限定されるものではなく、公知の方法を適宜選択して用いることができる。より具体的には、例えばアグロバクテリウムまたはパーティクルガンを用いる方法を挙げることができる。例えば、雑誌Ｔｈｅ Ｐｌａｎｔ Ｊｏｕｒｎａｌ（１９９７）１１（６），１３６９−１３７６には、Ｓｏｎｉａ Ｔｉｎｇａｙ等により、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓを用いてオオムギを形質転換する方法が開示されており、この方法を利用して形質転換オオムギを生産可能である。
【０１４８】
また、オオムギに導入する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片は、１Ｈ染色体上のＤＮＡ断片、２Ｈ染色体上のＤＮＡ断片、３Ｈ染色体上のＤＮＡ断片、４Ｈ染色体上のＤＮＡ断片、５Ｈ染色体上のＤＮＡ断片のうち、いずれのＤＮＡ断片であっても大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを生産することは可能であるが、複数のＤＮＡ断片を同一のオオムギのゲノムＤＮＡに導入することによって、さらに大麦縞萎縮病抵抗性が向上したオオムギを生産することが可能である。
【０１４９】
さらに、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の遺伝子型が抵抗性であるオオムギ個体と、当該ＤＮＡ断片を導入しようとする大麦縞萎縮病感受性オオムギ個体との交雑により、抵抗性オオムギ個体の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を導入することも可能である。
【０１５０】
本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギは、上記本発明にかかる生産方法により得られるものである。上記本発明にかかる生産方法によれば、容易かつ確実に大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを作出することができるため、大麦縞萎縮病の発生を未然に防ぐことができ、収量の安定した増大に寄与することができる。
【０１５１】
〔大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定方法（選抜方法）〕
本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定方法（選抜方法）は、上記本発明にかかる遺伝マーカーを指標として大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを判定（選抜）する方法であればよく、その他の工程、条件、材料等は特に限定されるものではない。例えば、従来公知の作物育種法を利用することができる。
【０１５２】
より具体的には、例えば、交配等により作出したオオムギのゲノムＤＮＡを抽出し、本発明にかかる遺伝マーカーの遺伝子型を指標としてオオムギを判定（選抜）する方法が挙げられる。遺伝マーカーを検出する手段としては、例えば、対象とするオオムギから抽出したゲノムＤＮＡを鋳型として上記第一ないし第十八プライマーセットのいずれかを用いて増幅したＤＮＡ断片について、断片長または断片の制限酵素消化パターンの観察を挙げることができる。増幅断片から試験対象オオムギ個体が、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを、各遺伝マーカーを指標として判定する方法については、上記本発明にかかる遺伝マーカーの項で説明したとおりである。
【０１５３】
ここで本判定方法の判定の精度（確率）については、以下のとおりである。大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から１．４ｃＭの距離に位置する遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と遺伝マーカーとの間で染色分体あたり平均して１０００分の１４回乗換えが起こる。すなわち約１．４％の確率で組み換えが起こる。よってこの遺伝マーカーのうち大麦縞萎縮病抵抗性型のものを検出すれば、９８．６％の確率で大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を有しているということがいえる。よって大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座と遺伝マーカーとの距離が近いほど、高確率をもって大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の有無を判定することができる、すなわち大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを判定（選抜）することができるといえる。
【０１５４】
上記理由により、多型を検出する遺伝マーカーは、上記遺伝マーカーのいずれであっても大麦縞萎縮病抵抗性の有無を判定することが可能であるが、各大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に対してなるべく近傍に座乗する遺伝マーカーを検出することが好ましい。例えば、本判定方法において１Ｈ染色体上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーを検出する場合は、「ｋ０３６１６」（大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座からの距離：約１．４ｃＭ）の方が「ｋ０２３２５」（大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座からの距離：約４．３ｃＭ）より好適であるといえる。
【０１５５】
また本検出方法においては、複数の遺伝マーカーの多型を検出してもよい。特に判定の精度（確率）を向上させるためには、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を挟む関係にある遺伝マーカーを選択して多型を検出すればよい。例えば、「ｋ０３６１６」（大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側に約１．４ｃＭ）と「ｋ０２３２５」（大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座からの距離：約４．３ｃＭ）との組み合わせが有る。かかる組み合わせを例にして、該遺伝マーカーをそれぞれ単独で多型を検出した場合と、両方の多型を検出した場合とにおける本判定方法の精度（確率）についてより具体的に説明する。
【０１５６】
「ｋ０３６１６」は大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座から短腕側に約１．４ｃＭの位置に座乗しており、該遺伝マーカーの多型を単独で検出したときの本判定方法の精度（確率）は、（１−１４÷１０００）×１００＝約９８．６％である。一方「ｋ０２３２５」は大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座からの距離：約４．３ｃＭの位置に座乗しており、該遺伝マーカーの多型を単独で多型を検出したときの本判定方法の精度（確率）を同様に計算すると９５．７％である。当該２つの遺伝マーカーの多型を両方検出すると、（１−（１４÷１０００）×（４３÷１０００））×１００＝９９．９４０％となり高確率を持って１Ｈ上の大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の有無を判定することができる。
【０１５７】
したがって大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を挟む関係にある遺伝マーカーを検出して判定することは好ましい。上記「ｋ０３６１６」と「ｋ０２３２５」以外の組み合わせとしては、「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」と「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」との組み合わせ、「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」と「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」との組み合わせ、「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」と「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」との組み合わせ、「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」と「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」との組み合わせ、「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」と「ＨＶＭ３６」との組み合わせ、「ｋ０２９４８」と「ｋ０３８６１」の組み合わせ、「ｋ００１６９」と「ｋ０７９６６」の組み合わせ、「ｋ０４１４３」と「ｋ００１６９」の組み合わせ、「ｋ００２５６」と「ｋ０２９４８」の組み合わせ等が挙げられる。
【０１５８】
なお本判別方法は、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの育種の際の有効なスクリーニング手段として利用することができる。例えば、上記本発明にかかる大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法を行なった際に、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片が導入された形質転換体オオムギを多数の形質転換体候補から容易にスクリーニングすることができる。その他薬剤等の変異処理、交配などの育種処理を行なったオオムギのスクリーニング手段としても利用可能である。
【０１５９】
＜大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定キット＞
また上記「大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定方法」を行なうために必要な試薬、酵素類をキット化することによって、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定キット（以下適宜「判定キット」と称する）を構成することが可能である。上記「大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定方法」の項で説示したごとく、本発明にかかる遺伝マーカーを利用することによって、試験対象オオムギ個体が、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定することができる。すなわち、試験対象のオオムギ個体が大麦縞萎縮病抵抗性か罹病性であるかを判断することができるということである。よって、当該判定キットによれば、より簡便に大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを判別できるという効果を奏する。
【０１６０】
なお当該判定キットには、少なくとも本発明にかかる遺伝マーカーを検出することができる、プライマーセット（第一から第十八プライマーセット）が少なくとも一つ以上含まれていることが好ましい。さらに好ましくは、上記プライマーセット（第一から第十八プライマーセット）全てが含まれていることが好ましい。この他、公知の大麦縞萎縮病抵抗性に連鎖するマーカーを検出するために必要なプライマーが含まれていてもよい。
【０１６１】
さらには当該判定キットには、ＰＣＲを行なうための酵素、試薬類が含まれていてもよいし、鋳型となるゲノムＤＮＡの調製するために必要な試薬、バッファー類、遠心チューブが含まれていてもよいし、目的のＤＮＡサイズバンドの検出に必要となる遺伝マーカー（ｋ００２５６、Ｋ０２９４８、ｋ０４１４３、ｋ００１６９、ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６、ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５、ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７、ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６、ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２、ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１、ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８、ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４、ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２、ＨＶＭ３６、ｋ０３８６１、ｋ０３６１６、ｋ０２３２５、ｋ０７９６６）または適当なＤＮＡサイズマーカーが含まれていてもよい。
【０１６２】
＜遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）＞
本発明にかかる遺伝マーカー（ｋ００２５６、Ｋ０２９４８、ｋ０４１４３、ｋ００１６９、ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６、ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５、ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７、ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６、ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２、ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１、ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８、ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４、ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２、ＨＶＭ３６、ｋ０３８６１、ｋ０３６１６、ｋ０２３２５、ｋ０７９６６）を適当な基板（ガラス、シリコンウエハ、ナイロンメンブレン等）上に固定することによって、ＤＮＡマイクロアレイを始めとする遺伝子検出器具を構成することができる。当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）に対して、試験対象のオオムギから調製したプローブを反応させ、その時に発するシグナルを検出することで、複数の本発明にかかる遺伝マーカーを容易かつ同時に検出することが可能である。したがって当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）は、本発明にかかる遺伝マーカーの多型を検出する手段として用いることができる。よって、上記大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定方法における検出手段として利用可能である。また、当該ＤＮＡマイクロアレイを上記大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの判定キットに加えることもできる。この場合、当該キットには遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）からのシグナルを検出するために用いる試薬・器具・装置等が含まれていてもよい。
【０１６３】
本遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）の基板上には、本発明にかかる遺伝マーカー（ｋ００２５６、Ｋ０２９４８、ｋ０４１４３、ｋ００１６９、ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６、ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５、ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７、ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６、ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２、ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１、ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８、ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４、ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２、ＨＶＭ３６、ｋ０３８６１、ｋ０３６１６、ｋ０２３２５、ｋ０７９６６）のうち少なくとも１つ以上の遺伝マーカーが固定されていればよい。また抵抗性型の遺伝マーカー、罹病性型の遺伝マーカーのいずれか一方もしくは両方が固定されてもよい。さらにより高精度（確率）をもって大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の有無を判断するためには、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を挟む関係にある複数の遺伝マーカーの組み合わせが固定されていることが好ましい。かかる遺伝マーカーの組み合わせとしては、「ｋ００２５６」と「Ｋ０２９４８」の組み合わせ、「ｋ０４１４３」と「ｋ００１６９」との組み合わせ、「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」と「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」との組み合わせ、「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」と「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」との組み合わせ、「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」と「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」との組み合わせ、「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」と「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」との組み合わせ、「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」と「ＨＶＭ３６」の組み合わせ、「Ｋ０２９４８」と「ｋ０３８６１」との組み合わせ、「ｋ０３６１６」と「ｋ０２３２５」の組み合わせ、「ｋ００１６９」と「ｋ０７９６６」の組み合わせ、等が挙げられる。全ての遺伝マーカー（抵抗性型および罹病性型）が固定されていることが最も好ましいことはいうまでもない。
【０１６４】
上記複数の遺伝マーカーが固定された遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）を用いることによって、一度の試行で複数の遺伝マーカーを簡便に検出することができる。さらに大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の有無の判断を高い精度（確率）をもって行なうことができる。
【０１６５】
なお、上記遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）には、本発明にかかる遺伝マーカーのみならずその近傍に位置するその他の遺伝マーカーが固定されていてもよい。
【０１６６】
さらに上記遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）には、本発明にかかる遺伝マーカーがオオムギの染色体上に並んでいる順序で固定されているか、あるいはオオムギの染色体上に並んでいる順序に対応する配列位置情報が付与されて固定されていることが好ましい。検出の精度をさらに向上させることが可能となるからである。つまり、従来のＤＮＡマイクロアレイを用いた解析において、あるスポットに対するシグナルが得られなかった場合、本当に検出しようとする遺伝マーカーが存在しないのか、または解析の実験上のミスによりシグナルが得られていないのかについては、改めて確認しなければ正確には判定することはできなかった。これに対して、上記のごとく遺伝マーカーがオオムギの染色体上に並んでいる順序で固定されているか、あるいはオオムギの染色体上に並んでいる順序に対応する配列位置情報が付与されて固定されている遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）を用いる場合においては、固定化されている遺伝マーカーの染色体上の順序が確認できるように配列されているため、上記のような実験上でのミスか否かを容易に判定することが可能となる。
【０１６７】
具体的には、例えば、シグナルが得られなかったスポットの前後のスポットでシグナルが得られたとする。当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）では、各スポットは、染色体上に並んでいる順序が確認できるように配列されている。通常、染色体上に直線上に近接して並んでいる遺伝子のうち一つの遺伝子のみが組み換わるためには２つの組み換えがごく近傍で起こらなくてはならない。このような現象が起こる確率が極めて低いため、シグナルを得られなかったという結果は、実験上のミスによるものであると判断される。このように、当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）では、あるスポットに対するシグナルが得られなかった場合でも、実験上でのミスか否かを容易に判定することが可能となるため、解析の精度を向上することができる。
【０１６８】
なお本発明は上述した各実施形態に限定されるものではなく、請求項に示した範囲で種々の変更が可能であり、異なる実施形態にそれぞれ開示された技術的手段を適宜組み合わせて得られる実施形態についても本発明の技術的範囲に含まれる。
【０１６９】
また本発明の説明において使用したプライマー等の塩基配列は、本発明にかかる遺伝マーカーを増幅することができるものであれば、１または数個の塩基が置換、欠失、付加がされた塩基配列を有するプライマーを用いてもよい。
【０１７０】
以下実施例を用いて本発明をより具体的に説明するが、本発明はこれに限定されるものではない。
【０１７１】
〔使用植物〕
醸造用オオムギ「はるな二条」（Ｈｏｒｄｅｕｍ ｖｕｌｇａｒｅｓｓｐ．ｖｕｌｇａｒｅ ｖａｒｉｅｔｙ Ｈａｒｕｎａｎｉｊｏ、抵抗性）と野生オオムギ「Ｈ６０２」（Ｈｏｒｄｅｕｍ ｖｕｌｇａｒｅ ｓｓｐ．ｓｐｏｎｔａｎｅｕｍ Ｈ６０２、罹病性）との交配から得られたＦ１の花粉を培養して半数体（ｈａｐｌｏｉｄ）を育成し、自然倍加した倍加半数体（ｄｏｕｂｌｅｄ ｈａｐｌｏｉｄ）９３個体からなる集団（ＤＨＨＳ集団）を使用した。
【０１７２】
さらに、大麦縞萎縮病に対する抵抗性が異なるオオムギ品種Ｒｕｓｓｉａ６（二条、抵抗性）とＨ．Ｅ．Ｓ．４（六条、罹病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＩ１集団）、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ（抵抗性）とＴｕｒｋｅｙ６（羅病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＩ２集団）を使用した。
【０１７３】
〔連鎖地図の作成〕
本発明者らが有するオオムギＥＳＴ配列約１２万をｐｈｒｅｄによって再度ベースコールした後、ｑｕａｌｉｔｙ ｓｃｏｒｅ ２０でトリミングし、ベクターマスキングを行って３’端約６万配列を得た。これらの配列からｐｈｒａｐによってｃｏｎｔｉｇ ８，７５３、ｓｉｎｇｌｅｔ ６，６８６からなるＵｎｉｇｅｎｅを作成した。プライマー作成ソフトＰｒｉｍｅｒ３によって、４００ｂｐを中心として１４９−４９０ｂｐのｃＤＮＡ配列を増幅するプライマーセット約１１，０００を作成した。このうち約５，１００のプライマーセットについて、はるな二条とＨ６０２との間に増幅されるゲノム断片の多型の有無を検出するために、それぞれのゲノムＤＮＡをＰＣＲ増幅し、アガロースゲル電気泳動によってバンドの有無、バンド数、バンドサイズを調査し、マーカーとなり得るものを選択した。さらに、バンドサイズに多型のない場合は、増幅断片をダイレクトシークエンスすることにより塩基配列の差異を検出し、３９種類の制限酵素に対してＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）化が可能なものをマーカーとして選択した。
【０１７４】
以上により、上記はるな二条とＨ６０２との交雑Ｆ１由来のＤＨＨＳ集団について、合計４９９遺伝子座のマーカーからなる連鎖地図を構築した。この連鎖地図の平均マーカー密度は３．０ｃＭ／ｌｏｃｕｓ、全長は１，４７０ｃＭである。
【０１７５】
〔遺伝子型の判定〕
ＤＨＨＳ集団各個体の遺伝子型の判定は、上記ＤＨＨＳ集団の連鎖地図にマッピングされたマーカーを用いて行なった。すなわち、各個体の新鮮な葉の組織から分離したＤＮＡを鋳型として、ＥＳＴ配列に基づいて設計したプライマーセットを用いてＰＣＲを行なった。断片長多型マーカーについてはＰＣＲ産物の電気泳動により遺伝子型を判定した。ＣＡＰＳ（ｃｌｅａｖｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）マーカーについては、ＰＣＲ産物を制限酵素で消化し、電気泳動により遺伝子型を判定した。
【０１７６】
〔大麦縞萎縮病抵抗性の検定〕
大麦縞萎縮病の発病が顕著に認められる岡山大学資源生物科学研究所の圃場において、Ｒｕｓｓｉａ６、Ｈ．Ｅ．Ｓ．４およびＲＩ１集団の各系統、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ、Ｔｕｒｋｅｙ６およびＲＩ２集団の各系統、Ｈ６０２、はるな二条およびＤＨＨＳ集団の各系統を栽培した。その後、３月初旬に各系統のモザイク病斑を肉眼で確認してスコア化し、大麦縞萎縮病抵抗性の程度とした。スコアは、モザイク病斑の程度で以下のように分類した。
スコア１（高度抵抗性）：モザイクを全く認めない。
スコア２（抵抗性）：部分的にわずかなモザイクが認められる。
スコア３（抵抗性中位）：モザイクが容易に認められる。
スコア４（罹病性）：強いモザイクが認められる。
スコア５（高度罹病性）：顕著なモザイクが認められる。
【０１７７】
なお、大麦縞萎縮病に対し高度抵抗性を有する中国在来種の六条オオムギ木石港３および大麦縞萎縮病に対し高度罹病性を有する醸造用二条オオムギあまぎ二条を対照として用いた。
【実施例１】
【０１７８】
オオムギの縞萎縮病抵抗性に関するＱＴＬ解析
ＱＴＬ解析のアルゴリズムには、シンプルインターバルマッピング（ｓｉｍｐｌｅ ｉｎｔｅｒｖａｌｍａｐｐｉｎｇ、以下「ＳＩＭ」と略記する。）とコンポジットインターバルマッピング（ｃｏｍｐｏｓｉｔｅｉｎｔｅｒｖａｌ ｍａｐｐｉｎｇ以下「ＣＩＭ」と略記する。）を用い、解析ソフトウエアにはそれぞれ、ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＱＴＬとＱＴＬ Ｃａｒｔｏｇｒａｐｈｅｒを用いた。ＬＯＤスコアの閾値を２に設定し、ＬＯＤスコアが２を超えた場合に当該２つのマーカー区間内の最もＬＯＤの大きな位置にＱＴＬの存在を推定した。
【０１７９】
〔結果〕
ＤＨＨＳ集団の結果を表１に、ＲＩ１集団の結果を表２に、ＲＩ２集団の結果を表３に示した。なお上記表１〜３中の「Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ」は「ＱＴＬ解析を行なった集団名」を意味し、「Ｔｒａｉｔ」は「形質」を意味し、「Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ」は「遺伝マーカーが座上する染色体」を意味し、「Ｍａｒｋｅｒ ｉｎｔｅｒｖａｌ（Ｍ１−Ａ−ＱＴＬ−Ｂ−Ｍ２）」は「ＱＴＬの近傍に座上し、該ＱＴＬを挟む２つの遺伝マーカー（Ｍ１、Ｍ２）」を意味し、「Ｄｉｓｔａｎｃｅ（ｃＭ）Ａ＋Ｂ」は「ＱＴＬを挟む２つの遺伝マーカー間の距離」を意味し、「Ｐｏｓｉｔｉｏｎａ」（ｃＭ）Ａ」は「遺伝マーカーＭ１とＱＴＬ間の距離」を意味し、「Ｐｏｓｉｔｉｏｎ（ｃＭ）Ｂ」は「遺伝マーカーＭ２とＱＴＬ間の距離」を意味し、「ＬＯＤｂ」Ｓｃｏｒｅ」は「ＬＯＤスコアのピーク値」を意味し、「Ｖａｒ．（％）ｃ」」は「ＱＴＬの存在により表現型の分散の何（％）を説明することができるかを示す値」を意味し、「Ｗｅｉｇｈｔｄ」」は「ＱＴＬの存在により上記『切り穂検定法』のスコアがどれだけ上がるかを示す値」を意味している。
【０１８０】
【表１】
【０１８１】
表１から明らかなように、ＳＩＭにより１Ｈ染色体上に、ｋ００２５６とｋ０２９４８に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出され、ｋ０２９４８とｋ０３８６１に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出された。ただし、連鎖地図上には短腕側からｋ００２５６、ｋ０２９４８、ｋ０３８６１の順番でこれらのマーカーが並んでいるため、ｋ００２５６とｋ０２９４８によって検出されたＱＴＬと、ｋ０２９４８とｋ０３８６１によって検出されたＱＴＬは同じ位置を示している（ｋ０２９４８の位置にＱＴＬがある）ことになる。
【０１８２】
また、ＳＩＭにより３Ｈ染色体上に、ｋ０４１４３とｋ００１６９に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出され、ｋ００１６９とｋ０７９６６に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出された。さらに、ＣＩＭにより３Ｈ染色体上に、ｋ０４１４３とｋ００１６９に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出され、ＣＩＭにより１Ｈ染色体上に、ｋ０３６１６とｋ０２３２５に挟まれる位置に座乗するＱＴＬが検出された。ただし、３Ｈ染色体の連鎖地図上には短腕側からｋ０４１４３、ｋ００１６９、ｋ０７９６６の順番でこれらのマーカーが並んでいることと、ＣＩＭによってｋ００１６９のごく近傍（ｋ００１６９から長腕側に約０．３ｃＭ）にＱＴＬの存在が示唆されていることから、ＳＩＭおよびＣＩＭにより３Ｈ染色体上に検出されたＱＴＬは、同一のＱＴＬであると考えられる。
【０１８３】
したがって、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座についてのＱＴＬ解析の結果、１Ｈ染色体上に２つのＱＴＬ、すなわちｋ００２５６、ｋ０２９４８およびｋ０３８６１に挟まれる位置に座乗するＱＴＬと、ｋ０３６１６およびｋ０２３２５に挟まれる位置に座乗するＱＴＬとが検出されたことになる。また、３Ｈ染色体上に１つのＱＴＬ、すなわちｋ０４１４３、ｋ００１６９およびｋ０７９６６に挟まれる位置に座乗するＱＴＬとが検出されたことになる。
【０１８４】
ＳＩＭにより１Ｈ染色体上に検出されたＱＴＬは、遺伝マーカーｋ００２５６から長腕側に 約７．８ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ０２９４８から０．０ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ０３８６１から短腕側に１５．５ｃＭの距離でこれらの遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは２．５である。このＱＴＬで表現型の分散の１２．５％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．４弱くなる。
【０１８５】
ＳＩＭにより３Ｈ染色体上に検出された一方のＱＴＬは、遺伝マーカーｋ０４１４３から０．０ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ００１６９から短腕側に１３．４ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは４．４である。このＱＴＬで表現型の分散の２．１％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．５強くなる。
【０１８６】
また、ＳＩＭにより３Ｈ染色体上に検出された他方のＱＴＬは、遺伝マーカーｋ００１６９から０．０ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ０７９６６から短腕側に４．８ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは４．４である。このＱＴＬで表現型の２．１％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．５強くなる。
【０１８７】
ＣＩＭにより１Ｈ染色体上に検出されたＱＴＬは、遺伝マーカーｋ０３６１６から長腕側に１．４ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ０２３２５から短腕側に４．３ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは２．６である。このＱＴＬで表現型の１６．３％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．６強くなる。
【０１８８】
ＣＩＭによる３Ｈ染色体上におけるＱＴＬの検出は、２回行なった。１回目の検出では、ＱＴＬは遺伝マーカーｋ０４１４３から長腕側に１３．１ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ００１６９から０．０ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは２．２である。このＱＴＬで表現型の分散の３４．７％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．９強くなる。２回目の検出では、ＱＴＬは遺伝マーカーｋ０４１４３から長腕側に１３．１ｃＭの距離、遺伝マーカーｋ００１６９から０．０ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗し、ＬＯＤスコアは３．５である。このＱＴＬで表現型の分散の３０．６％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．８強くなる。
【０１８９】
【表２】
【０１９０】
表２から明らかなように、ＲＩ１集団において、大麦縞萎縮病抵抗性に関与するＱＴＬを４Ｈ染色体上に２つ検出した。
【０１９１】
一方のＱＴＬは、ＳＩＭにより検出され、遺伝マーカーＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６から長腕側に４．０ｃＭの距離、遺伝マーカーＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５から短腕側に１３．９ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは２．９である。このＱＴＬで表現型の１５．０％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で、大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．４強くなる。
【０１９２】
他方のＱＴＬは、ＣＩＭにより検出され、遺伝マーカーＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７から長腕側に７．４ｃＭの距離、遺伝マーカーＭＥａｔａＭａｔｇ３９６から短腕側に０．６ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは４．２である。このＱＴＬで表現型の２１．９％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で、大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．６強くなる。
【０１９３】
【表３】
【０１９４】
表３から明らかなように、ＲＩ２集団において、大麦縞萎縮病抵抗性に関与するＱＴＬを２Ｈ染色体上に１つ、３Ｈ染色体上に１つ、５Ｈ染色体上に１つ検出した。
【０１９５】
２Ｈ染色体上のＱＴＬは、ＣＩＭにより検出され、遺伝マーカーＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２から長腕側に２．３ｃＭの距離、遺伝マーカーＨＶＭ３６から短腕側に６．０ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは３．４である。このＱＴＬで表現型の１８．７％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で、大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．６弱くなる。
【０１９６】
３Ｈ染色体上のＱＴＬは、ＳＩＭにより検出され、遺伝マーカーＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２から長腕側に０．６ｃＭの距離、遺伝マーカーＦＭａｔａＥｇｇａ３３１から短腕側に６．２ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは２．５である。このＱＴＬで表現型の１１．６％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で、大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．６強くなる。
【０１９７】
５Ｈ染色体上のＱＴＬは、ＣＩＭにより検出され、遺伝マーカーＦＭａｃｇＥｇａｔ８８から長腕側に３．８ｃＭの距離、遺伝マーカーＭＭａｃｇＥｇｇａ７４から短腕側に１７．１ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは２．８である。このＱＴＬで表現型の９．５％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で、大麦縞萎縮病抵抗性がスコア０．６強くなる。
【実施例２】
【０１９８】
遺伝マーカー「ＦＥｇｇａＭｔｇｇ１１６」の検出
（方法）
５０ｎｇの試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを各１．５ＵのＥｃｏＲＩ（タカラバイオ社製）およびＭｓｅＩ（ＮＥＷ ＥＮＧＬＡＮＤ ＢｉｏＬａｂｓ社製）により、合計２５μｌの反応系において３７℃で１２時間ダブルダイジェストを行なった。制限酵素処理後のＤＮＡに５μＭ ＥｃｏＲＩアダプター（塩基配列は配列番号４９および配列番号５０に示す）と５０μＭ ＭｓｅＩアダプター（塩基配列は配列番号４７および配列番号４８に示す）を２５ＵのＴ４ ｌｉｇａｓｅ（タカラバイオ社製）によって３７℃、３時間ライゲーションを行なった。上記ライゲーション後のＤＮＡ断片をＥｃｏＲＩのユニバーサルプライマー（塩基配列は配列番号５２に示す）とＭｓｅＩのユニバーサルプライマー（塩基配列は配列番号５１に示す）を用いてプレアンプリフィケーション（予備増幅）を行なった。０．０７ｍｇ／ｍｌプレアンプリフィケーションの反応溶液について、配列番号３６に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号３５に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なった。なお増殖反応には、ＴａＫａＲａ Ｅｘ Ｔａｑ（タカラバイオ社製）を用いた。
【０１９９】
上記予備増幅の反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→５６℃１分間→７２℃１分間の工程を２０回行なった。
【０２００】
また本増幅の反応サイクルは、９４℃３０秒間→６８℃３０秒間→７２℃１分間の後、９４℃３０秒間→６８℃３０秒間→７２℃３０秒間→９４℃３０秒間→６７．３℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６６．６℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６５．９℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６５．２℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６４．５℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６３．８℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６３．１℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６２．４℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６１．７℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６１．０℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６０．３℃３０秒→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５９．６℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５８．９℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５８．２℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５７．５℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５６．８℃３０秒間→７２℃１分間の後、９４℃３０秒間→５６℃３０秒間→７２℃１分間の工程を２３回行なった。
【０２０１】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１２に示す。図１２中の左端のレーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＲｕｓｓｉａ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ．Ｅ．Ｓ．４について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｒｕｓｓｉａ６とＨ．Ｅ．Ｓ．４の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ１集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２０２】
図１２の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは約１１６ｂｐである（図中矢印で示す）。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は、約１１６ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約１１６ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２０３】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約１１６ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例３】
【０２０４】
遺伝マーカー「ＦＥｇｇｇＭｃａａ５８５」の検出
方法については、配列番号３８に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号３７に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２０５】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１３に示す。図１３中の左端レーンおよび右端レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＲｕｓｓｉａ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ．Ｅ．Ｓ．４について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｒｕｓｓｉａ６とＨ．Ｅ．Ｓ．４の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ１集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２０６】
図１３の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものは約５８５ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は、約５８５ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は約５８５ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２０７】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約５８５ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例４】
【０２０８】
遺伝マーカー「ＭＥｃａｔＭａｇｃ４６７」の検出
方法については、配列番号４０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号３９に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２０９】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１４に示す。図１４中の左端レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＲｕｓｓｉａ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ．Ｅ．Ｓ．４について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。ただし，これらの泳動像は図中では明瞭に確認できない。その他のレーンについては、
Ｒｕｓｓｉａ６とＨ．Ｅ．Ｓ．４の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ１集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２１０】
図１４の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものが０ｂｐであり、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものは約４６７ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は、約４６７ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は約４６７ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２１１】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約４６７ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例５】
【０２１２】
遺伝マーカー「ＭＥａｔａＭａｔｇ３９６」の検出
方法については、配列番号４２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号４１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２１３】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１５に示す。図１５中の左端の２レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＲｕｓｓｉａ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから４レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ．Ｅ．Ｓ．４について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。ただし，これらの泳動像は図中では明瞭に確認できない。その他のレーンについては、Ｒｕｓｓｉａ６とＨ．Ｅ．Ｓ．４の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ１集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２１４】
図１５の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）と罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）のものが０ｂｐであり、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）のものは約３９６ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈ．Ｅ．Ｓ．４型）は、約３９６ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、抵抗性型（Ｒｕｓｓｉａ６型）は約３９６ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２１５】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約３９６ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該４Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例６】
【０２１６】
遺伝マーカー「ＭＭａｔｔＥａｃｇ１６２」の検出
方法については、配列番号３０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号２９に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２１７】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１６に示す。図１６中の左端の１レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗについて上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗとＴｕｒｋｅｙ６の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２１８】
図１６の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約１６２ｂｐ（図中矢印Ｐ１で示す）であり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約１７０ｂｐ（図中矢印Ｐ２で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約１６２ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約１７０ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２１９】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約１６２ｂｐの増幅断片と約１７０ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例７】
【０２２０】
遺伝マーカー「ＦＭａｔａＥｇｇａ３３１」の検出
方法については、配列番号３２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号３１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２２１】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１７に示す。図１７中の左端の１レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗについて上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗとＴｕｒｋｅｙ６の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２２２】
図１７の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものが約３３１ｂｐ（図中矢印で示す）であり、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものは０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は、約３３１ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は約３３１ｂｐの増幅断片が得られないということである。
【０２２３】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約３３１ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例８】
【０２２４】
遺伝マーカー「ＦＭａｃｇＥｇａｔ８８」の検出
方法については、配列番号４４に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号４３に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２２５】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１８に示す。図１８中の左端の１レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗについて上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗとＴｕｒｋｅｙ６の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２２６】
図１８の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約８８ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約８８ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約８８ｂｐの増幅断片が得られるということである。
【０２２７】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約８８ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該５Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例９】
【０２２８】
遺伝マーカー「ＭＭａｃｇＥｇｇａ７４」の検出
方法については、配列番号４６に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号４５に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２２９】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１９に示す。図１９中の左端の１レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗについて上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗとＴｕｒｋｅｙ６の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２３０】
図１９の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約７４ｂｐであり（図中矢印で示す）、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは０ｂｐである。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は、約７４ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は約７４ｂｐの増幅断片が得られないということである。
【０２３１】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約７４ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該５Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例１０】
【０２３２】
遺伝マーカー「ＦＭａｃｃＥａｃｇ４０２」の検出
方法については、配列番号２６に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号２５に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例２に示した方法と同様にした。
【０２３３】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２０に示す。図２０中の左端の１レーンおよび右端の２レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗについて上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗとＴｕｒｋｅｙ６の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０２３４】
図２０の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが０ｂｐであり、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約４０２ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）は、約４０２ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）は４０２ｂｐの増幅断片が得られないということである。
【０２３５】
よって、試験対象オオムギについて上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約４０２ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該２Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２３６】
なお、既述のとおり、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＴｕｒｋｅｙ６が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、
Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型が罹病性型となり、Ｔｕｒｋｅｙ６型が抵抗性型となる。
【実施例１１】
【０２３７】
遺伝マーカー「ＨＶＭ３６」の検出
（方法）
配列番号２７および２８に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃３分間の後、９４℃１分間→６４℃１分間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃１分間を１０回行なった後、９４℃１分間→５５℃１分間→７２℃１分間を３０回行なった後、７２℃５分間とした。
【０２３８】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２１に示す。図２１中左端レーンは大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＴｕｒｋｅｙ６についての増幅断片の結果を示し、同図中左端から２レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種であるＨａｒｂｉｎ２−ｒｏｗの増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ（抵抗性）とＴｕｒｋｅｙ６（羅病性）の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２３９】
図２１の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）と抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型）のものが約６０ｂｐ〜３０ｂｐ（左端から２レーン目、図中矢印Ｐ１で示す）であり、抵抗性型（Ｔｕｒｋｅｙ６型）のものは約９０ｂｐ−６０ｂｐ（左端レーン、図中矢印Ｐ２で示す）に増幅断片が見られる。
【０２４０】
よって、試験対象オオムギについて上記検出操作を行ない、約６０ｂｐ〜３０ｂｐあるいは約９０ｂｐ−６０ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該２Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２４１】
なお、既述のとおり、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＴｕｒｋｅｙ６が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、Ｈａｒｂｉｎ２−ｒｏｗ型が罹病性型となり、Ｔｕｒｋｅｙ６型が抵抗性型となる。
【実施例１２】
【０２４２】
遺伝マーカー「ｋ００２５６」の検出
（方法）
配列番号１および２に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２４３】
上記増幅産物を１．６ＵのＰｓｔＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２４４】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２２に示す。図２２上段は、左端から順に、はるな二条、Ｈ６０２、はるな二条とＨ６０２の交雑Ｆ１、ＤＨ集団の１〜４５の増幅断片である。図４下段は、左端（分子量マーカーを除く）から順に、ＤＨ集団の４６〜９３の増幅断片である。図２２上段中左端レーンは大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である、はるな二条についての増幅断片の結果を示し、同図上段中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示し、同図上段中左端レーンから３レーン目はこれらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２４５】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＰｓｔＩ）の消化パターンが異なる。図２２の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（はるな二条型）と抵抗性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約３６２ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約１５６ｂｐ、約２０６ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２４６】
ただし既述の通り、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【実施例１３】
【０２４７】
遺伝マーカー「ｋ０２９４８」の検出
（方法）
配列番号３および４に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２４８】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図４に示す。図４の上段、下段とも両端は分子量マーカーである。図４上段は、左端（分子量マーカーを除く）から順に、はるな二条、Ｈ６０２、はるな二条とＨ６０２の交雑Ｆ１、ＤＨ集団の１〜４５の増幅断片である。図４下段は、左端（分子量マーカーを除く）から順に、ＤＨ集団の４６〜９３の増幅断片である。図４から明らかなように、増幅産物のサイズを確認することにより、対象個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、はるな二条型の遺伝子型を有するか、Ｈ６０２型の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２４９】
図４の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（はるな二条型）と抵抗性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（はるな二条型）のものが約３８９ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、抵抗性型（Ｈ６０２型）のものは約３５８ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。
【０２５０】
よって、試験対象オオムギについて上記の検出操作を行ない、約３８９ｂｐあるいは約３５８ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２５１】
ただし既述の通り、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【実施例１４】
【０２５２】
遺伝マーカー「ｋ０３８６１」の検出
（方法）
配列番号１９および２０に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２５３】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２３に示す。図２３の左端および右端レーンは分子量マーカーである。同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種のはるな二条の増幅断片の結果を示し、４レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２５４】
図２３の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、大麦縞萎縮病に対して罹病性型（はるな二条型）と抵抗性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、罹病性型（はるな二条型）のものが約３７９ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、抵抗性型（Ｈ６０２型）のものは約３５３ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。
【０２５５】
よって、試験対象オオムギについて上記の検出操作を行ない、約３７９ｂｐあるいは約３５３ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【０２５６】
ただし既述の通り、本遺伝マーカーが連鎖する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座は、大麦縞萎縮病罹病性型品種であるＨ６０２が有する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【実施例１５】
【０２５７】
遺伝マーカー「ｋ０３６１６」の検出
（方法）
配列番号２１および２２に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２５８】
上記増幅産物を１．６ＵのＭｂｏＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２５９】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２４に示す。図２４中左端レーンはおよび右端レーンは、分子量マーカーである。図２４中左から２レーン目は、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である「はるな二条」についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２６０】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＭｂｏＩ）の消化パターンが異なる。図２４の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約３２３ｂｐ，約１５５ｂｐ，約１３５ｂｐ，約８５ｂｐ，約７９ｂｐ，約５０ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約１７２ｂｐ，約１５５ｂｐ，約１５１ｂｐ，約１３５ｂｐ，約８５ｂｐ，約７９ｂｐ，約５０ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。なお、Ｈ６０２型の約１７２ｂｐ，約１５５ｂｐ，約１５１ｂｐの増幅断片は電気泳動の解像度が低い場合重複して見える場合がある。
【０２６１】
よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例１６】
【０２６２】
遺伝マーカー「ｋ０２３２５」の検出
（方法）
配列番号２３および２４に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２６３】
上記増幅産物を１．６ＵのＨａｐＩＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２６４】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２５に示す。図２５中左端レーンは、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である「はるな二条」についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。また、同図中左端レーンから３レーン目は、これらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２６５】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＨａｐＩＩ）の消化パターンが異なる。図２５の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約１５３ｂｐ，約１４５ｂｐ，約５７ｂｐ，約５６ｂｐ，約３６ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約３５３ｂｐ、約９４ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。なお、はるな二条型の約１５３ｂｐと約１４５ｂｐの増幅断片，約５７ｂｐと約５６ｂｐと約３６ｂｐの増幅断片は電気泳動の解像度が低い場合重複して見える場合がある。よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該１Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例１７】
【０２６６】
遺伝マーカー「ｋ００１６９」の検出
（方法）
配列番号７および８に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２６７】
上記増幅産物を１．６ＵのＡｌｕＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２６８】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２６に示す。図２６中左端レーンは、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である「はるな二条」についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２６９】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＡｌｕＩ）の消化パターンが異なる。図２６の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約２４５ｂｐ，約２１５ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約２１５ｂｐ、約１６５ｂｐ，約８０ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。なお、はるな二条型の約２４５ｂｐと約２１５ｂｐの増幅断片は電気泳動の解像度が低い場合重複して見える場合がある。よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例１８】
【０２７０】
遺伝マーカー「ｋ０７９６６」の検出
（方法）
配列番号３３および３４に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２７１】
上記増幅産物を１．６ＵのＨａｐＩＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２７２】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２７に示す。図２７中左端レーンは、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である「はるな二条」についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。同図中左端レーンから３レーン目はこれらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２７３】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＡｌｕＩ）の消化パターンが異なる。図２７の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約３５０ｂｐ，約２０８ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約５５８ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【実施例１９】
遺伝マーカー「ｋ０４１４３」の検出
（方法）
配列番号５および６に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０２７４】
上記増幅産物を１．６ＵのＡｐａＬＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０２７５】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２８に示す。図２８中左端レーンは、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ品種である「はるな二条」についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから２レーン目は大麦縞萎縮病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。同図中左端レーンから３レーン目はこれらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳ集団についての増幅断片の結果を示している。
【０２７６】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＡｐａＬＩ）の消化パターンが異なる。図２８の結果によれば、上記操作による消化断片には、大麦縞萎縮病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約３７１ｂｐであり（図中矢印Ｐ１で示す）、Ｈ６０２型のものは約２２８ｂｐ、約１４３ｂｐに増幅断片が見られる（図中矢印Ｐ２で示す）。よって、試験対象オオムギについて上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象オオムギ個体が当該３Ｈ染色体に座乗する大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判別できる。
【産業上の利用可能性】
【０２７７】
本発明にかかる遺伝マーカーは、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの育種、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子の単離等に用いることができ、育種の効率化に大きく貢献することが期待される。また、本発明にかかる遺伝マーカーの利用により作出される大麦縞萎縮病抵抗性オオムギにより、大麦縞萎縮病による病害を抑制すれば、収量や品質の低下を防止することができる。したがって、本発明は広く農業全般に利用可能であり、さらには、オオムギを原料とする食品産業においても有効である。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項２】
オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項３】
オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号１９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項４】
オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項５】
オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項６】
オオムギの２Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項７】
オオムギの２Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項８】
オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項９】
オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１０】
オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１１】
オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１２】
オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１３】
オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１４】
オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十四プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１５】
オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１６】
オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１７】
オオムギの５Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１８】
オオムギの５Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１９】
請求項１ないし１８のいずれか１項に記載の遺伝マーカーを用いて大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することを特徴とするＤＮＡ断片の単離方法。
【請求項２０】
請求項１９に記載のＤＮＡ断片の単離方法により得られた上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を、オオムギのゲノムＤＮＡに導入することを特徴とする大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法。
【請求項２１】
請求項２０に記載の大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法によって得られた大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ。
【請求項２２】
請求項１ないし１８のいずれか１項に記載の遺伝マーカーを指標として、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを選抜する方法。
【請求項１】
オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項２】
オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項３】
オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号１９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項４】
オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項５】
オオムギの１Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項６】
オオムギの２Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項７】
オオムギの２Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項８】
オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項９】
オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１０】
オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１１】
オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１２】
オオムギの３Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１３】
オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１４】
オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３８に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十四プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１５】
オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３９に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１６】
オオムギの４Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１７】
オオムギの５Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１８】
オオムギの５Ｈ染色体中に存在し、大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座に連鎖する遺伝マーカーであって、
オオムギのゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、
配列番号４７および４８に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号４９および５０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、
前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号５１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号５２に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、
さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする遺伝マーカー。
【請求項１９】
請求項１ないし１８のいずれか１項に記載の遺伝マーカーを用いて大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を単離することを特徴とするＤＮＡ断片の単離方法。
【請求項２０】
請求項１９に記載のＤＮＡ断片の単離方法により得られた上記大麦縞萎縮病抵抗性に関与する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を、オオムギのゲノムＤＮＡに導入することを特徴とする大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法。
【請求項２１】
請求項２０に記載の大麦縞萎縮病抵抗性オオムギの生産方法によって得られた大麦縞萎縮病抵抗性オオムギ。
【請求項２２】
請求項１ないし１８のいずれか１項に記載の遺伝マーカーを指標として、大麦縞萎縮病抵抗性オオムギを選抜する方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０９３０５８
【国際公開日】平成１７年１０月６日（２００５．１０．６）
【発行日】平成１９年９月６日（２００７．９．６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５１１４７９（Ｐ２００６−５１１４７９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＪＰ２００５／００５２８５
【国際出願日】平成１７年３月２３日（２００５．３．２３）
【出願人】（５０３３６０１１５）独立行政法人科学技術振興機構 (1,734)
【Ｆターム（参考）】
【国際公開日】平成１７年１０月６日（２００５．１０．６）
【発行日】平成１９年９月６日（２００７．９．６）
【国際特許分類】
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＪＰ２００５／００５２８５
【国際出願日】平成１７年３月２３日（２００５．３．２３）
【出願人】（５０３３６０１１５）独立行政法人科学技術振興機構 (1,734)
【Ｆターム（参考）】
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