突然変異株ＩＮＤＥＨＩＳＣＥＮＴアレルを有するアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物
本発明は、果実裂開特性が調節された作物植物に関する。特に、本発明は、脱粒を低減または脱粒を収穫後まで遅延させると同時に、莢の農学的に妥当な脱穀性を維持し、収量を高めるための改善された方法および手段に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
自らのゲノムに少なくとも２つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含むことを特徴とする、少なくとも２つのＩＮＤ遺伝子を含むアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項２】
前記ＩＮＤ遺伝子が、ＩＮＤ−Ａ１またはＩＮＤ−Ｃ１遺伝子である、請求項１に記載の植物。
【請求項３】
前記ＩＮＤ遺伝子が、
（ａ）配列番号１、配列番号３の４６位のヌクレオチドから６３３位のヌクレオチドまで、配列番号３、配列番号５または配列番号７との配列同一性が少なくとも９０％である核酸分子と、
（ｂ）配列番号２、配列番号４の１６位のアミノ酸から２１位のアミノ酸までまたは配列番号４に対する配列同一性が少なくとも９０％であるアミノ酸配列をコードする核酸分子と、からなる群から選択される核酸分子を含む、請求項１または２に記載の植物。
【請求項４】
前記部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、前記ＩＮＤ−Ｃ１遺伝子の突然変異株ＩＮＤアレルである、請求項２または３に記載の植物。
【請求項５】
前記部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９からなる群から選択される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の植物。
【請求項６】
少なくとも１つの完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを自らのゲノムにさらに含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７】
前記完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、前記ＩＮＤ−Ｃ１遺伝子の突然変異株ＩＮＤアレルである、請求項６に記載の植物。
【請求項８】
前記完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０１、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０５、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０１、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０３からなる群から選択される、請求項６または７に記載の植物。
【請求項９】
前記部分および／または完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルにとってホモ接合である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１０】
突然変異株ＩＮＤアレルを含まない対応する植物によって産生される機能的ＩＮＤタンパク質の量と比較して有意に低減された量の機能的ＩＮＤタンパク質を産生する、請求項１〜９のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１１】
前記植物の前記脱粒が、突然変異株ＩＮＤアレルを含まない対応する植物の脱粒と比較して有意に低減または遅延される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１２】
莢の農学的に妥当な脱穀性を維持する、請求項１１に記載の植物。
【請求項１３】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）作物種、好ましくはセイヨウアブラナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ）、カラシナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｊｕｎｃｅａ）、アビシニアカラシ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｃａｒｉｎａｔａ）、カブ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａ）またはキャベツ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｏｌｅｒａｃｅａ）由来の植物である、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１４】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）油糧種子種、好ましくはセイヨウアブラナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ）、カラシナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｊｕｎｃｅａ）またはカブ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａ）由来の植物である、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１５】
ＩＮＤ遺伝子が、
（ａ）配列番号１、配列番号３の４６位のヌクレオチドから６３３位のヌクレオチドまで、配列番号３、配列番号５または配列番号７との配列同一性が少なくとも９０％である核酸分子と、
（ｂ）配列番号２、配列番号４の１６位のアミノ酸から２１位のアミノ酸までまたは配列番号４に対する配列同一性が少なくとも９０％であるアミノ酸配列をコードする核酸分子と、からなる群から選択される核酸分子を含む、自らのゲノムにＩＮＤ遺伝子の少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株アレルを含む植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項１６】
前記部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９からなる群から選択される、請求項１５に記載の植物。
【請求項１７】
前記突然変異株ＩＮＤアレルが、アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）種の植物由来である、請求項１５または１６に記載の植物。
【請求項１８】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）種由来の植物である、請求項１５〜１７のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１９】
請求項１〜１８のいずれか１項に記載の植物から入手可能な種子莢。
【請求項２０】
ＩＮＤ遺伝子が、
（ａ）配列番号１、配列番号３の４６位のヌクレオチドから６３３位のヌクレオチドまで、配列番号３、配列番号５または配列番号７との配列同一性が少なくとも９０％である核酸分子と、
（ｂ）配列番号２、配列番号４の１６位のアミノ酸から２１位のアミノ酸までまたは配列番号４に対する配列同一性が少なくとも９０％であるアミノ酸配列をコードする核酸分子と、からなる群から選択される核酸分子を含む、ＩＮＤ遺伝子の部分ノックアウト突然変異株アレル。
【請求項２１】
ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９からなる群から選択される、請求項２０に記載の突然変異株アレル。
【請求項２２】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）種の植物、好ましくはアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）作物種またはアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）油糧種子種由来である、請求項２０〜２１のいずれか１項に記載の突然変異株アレル。
【請求項２３】
請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株アレルによってコードされる突然変異株ＩＮＤタンパク質。
【請求項２４】
生体試料において、前記生体試料に存在する核酸における突然変異株ＩＮＤ特異的領域の存在を判断することを含む、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株ＩＮＤアレルを同定するための方法。
【請求項２５】
一組の少なくとも２つのプライマーを用いて前記生体試料でポリメラーゼ連鎖反応アッセイを実施することをさらに含み、前記組が、
− 一組のプライマーであって、前記プライマーの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’フランキング領域を特異的に認識する、一組のプライマーと、
− 一組のプライマーであって、前記プライマーの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する、一組のプライマーと、
− 一組のプライマーであって、前記プライマーの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域をそれぞれ特異的に認識する、一組のプライマーと、
からなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるものであり、前記１７〜２００の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記３’に位置する１７の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
少なくとも１つの特異的プローブを含む一組の特異的プローブを用いて生体試料でハイブリダイゼーションアッセイを実施することをさらに含み、前記組が、
− 一組の特異的プローブであって、前記プローブの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’フランキング領域を特異的に認識し、前記プローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’フランキング領域を特異的に認識する、一組の特異的プローブと、
− 一組の特異的プローブであって、前記プローブの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する、一組の特異的プローブと、
− 一組の特異的プローブであって、前記プローブの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する、一組の特異的プローブと、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する特異的プローブと、
からなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるものであり、前記１３〜１０００の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方、あるいはそれとの配列同一性が少なくとも８０％である配列だけから誘導されるものではない、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記少なくとも１３の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９または９３１〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９３０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９３０または９３０〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５または９９７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９９６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９６または９９６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５または１０３７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド１０３６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３６または１０３６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２または９０４〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９０３またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０３または９０３〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１０または９１２〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９１１またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１１または９１１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９または９２１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９２０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９２０または９２０〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含む、請求項２５〜３０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】
前記一組のプローブが、
− 配列番号１１の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１２の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１４の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１５の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１７の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１８の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２０の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２１の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２３の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２４の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２６の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２７の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、からなる群から選択される、請求項２８〜３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代において請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株ＩＮＤアレルの接合状態を判断するための方法であって、前記植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代のゲノムＤＮＡにおける突然変異株および／または対応する野生型ＩＮＤ特異的領域の存在を判断することを含む、方法。
【請求項３４】
一組の少なくとも２つまたは少なくとも３つのプライマーを用いて前記植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代のゲノムＤＮＡで、ポリメラーゼ連鎖反応アッセイを実施することを含む方法であって、前記プライマーの少なくとも２つが野生型ＩＮＤアレルを特異的に認識し、前記少なくとも２つのプライマーが、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプライマーと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する第２のプライマーと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプライマーと、からなる群から選択され、
前記プライマーの少なくとも２つが、前記突然変異株ＩＮＤアレルを特異的に認識し、前記少なくとも２つのプライマーが、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプライマーと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する第３のプライマーと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域をそれぞれ特異的に認識する第３のプライマーと、からなる群から選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１７〜２００の連続したヌクレオチドが、変異領域またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域にある配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記３’に位置する１７の連続したヌクレオチドが、変異部位あるいは変異領域またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
一組の少なくとも２つの特異的プローブを用いて前記植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代のゲノムＤＮＡでハイブリダイゼーションアッセイを実施することをさらに含み、前記特異的プローブの少なくとも１つが野生型ＩＮＤアレルを特異的に認識し、前記少なくとも１つのプローブが、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの３’および５’フランキング領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプローブと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する第２のプローブと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプローブと、
− 野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識するプローブと、からなる群から選択され、
前記特異的プローブの少なくとも１つが、前記突然変異株ＩＮＤアレルを特異的に認識し、前記少なくとも１つのプローブが、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプローブと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する第３のプローブと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する第３のプローブと、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識するプローブと、からなる群から選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域の配列それぞれ、あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列それぞれ、あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１３〜１０００の連続したヌクレオチドが、変異部位あるいは変異領域またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記少なくとも１３の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９または９３１〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が配列番号５のヌクレオチド９３０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９３０または９３０〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９にａが続くヌクレオチド配列またはａに配列番号５のヌクレオチド９３１〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５または９９７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９９６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９６または９９６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５にａが続くヌクレオチド配列またはａに配列番号５のヌクレオチド９９７〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５または１０３７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド１０３６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３６または１０３６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号５のヌクレオチド１０３７〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２または９０４〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９０３またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０３または９０３〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号７のヌクレオチド９０４〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１０または９１２〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９１１またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１１または９１１〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が配列番号７のヌクレオチド１〜９１０にａが続くヌクレオチド配列またはａに配列番号７のヌクレオチド９１２〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９または９２１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が配列番号７のヌクレオチド９２０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９２０または９２０〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号７のヌクレオチド９２１〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含む、請求項３４〜３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
少なくとも３つの特異的プローブの前記組が、
− 配列番号１１の配列を含む１つのプローブ、配列番号１２の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１３の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１４の配列を含む１つのプローブ、配列番号１５の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１６の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１７の配列を含む１つのプローブ、配列番号１８の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１９の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２０の配列を含む１つのプローブ、配列番号２１の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２２の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２３の配列を含む１つのプローブ、配列番号２４の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２５の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２６の配列を含む１つのプローブ、配列番号２７の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２８の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、からなる群から選択される、請求項３７〜４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
生体試料において、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株ＩＮＤアレルを同定するための、一組のプライマーまたはプローブを含むキットであって、前記組が、
− 一組のプライマーまたはプローブであって、前記プライマーまたはプローブの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーまたはプローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’フランキング領域を特異的に認識する、一組のプライマーまたはプローブと、
− 一組のプライマーまたはプローブであって、前記プライマーまたはプローブの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーまたはプローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する、一組のプライマーまたはプローブと、
− 一組のプライマーまたはプローブであって、前記プライマーの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーまたはプローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域をそれぞれ特異的に認識する、一組のプライマーまたはプローブと、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識するプローブと、からなる群から選択される、キット。
【請求項４３】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１７〜２００の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではなく、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１３〜１０００の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方、あるいはそれとの配列同一性が少なくとも８０％である配列だけから誘導されるものではない、請求項４２に記載のキット。
【請求項４４】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記３’に位置する１７の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではなく、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記少なくとも１３の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項４２に記載のキット。
【請求項４５】
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９または９３１〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９３０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、および前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９３０または９３０〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５または９９７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９９６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、および前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９６または９９６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５または１０３７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド１０３６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、および前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３６または１０３６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２または９０４〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９０３またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、および前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０３または９０３〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１０または９１２〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９１１またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１１または９１１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９または９２１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９２０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９２０または９２０〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含む、請求項４２〜４４のいずれか１項に記載のキット。
【請求項４６】
前記一組のプローブが、
− 配列番号１１の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１２の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１４の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１５の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１７の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１８の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２０の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２１の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２３の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２４の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２６の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２７の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、からなる群から選択される、請求項４２〜４５のいずれか１項に記載のキット。
【請求項４７】
植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代において、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の前記突然変異株ＩＮＤアレルの接合状態を判断するためのキットであって、一組のプライマーまたはプローブを含み、前記プライマーの少なくとも２つまたは前記プローブの少なくとも１つが野生型ＩＮＤアレルを特異的に認識し、前記プライマーの少なくとも２つまたは前記プローブの少なくとも１つが前記突然変異株ＩＮＤアレルを特異的に認識し、
− 一組の少なくとも２つのプライマーまたはプローブであって、第１のプライマーまたはプローブが突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’フランキング領域を特異的に認識し、第２のプライマーまたはプローブが突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの３’フランキング領域を特異的に認識する、一組の少なくとも２つのプライマーまたはプローブと、
− 一組の少なくとも３つのプライマーまたはプローブであって、第１のプライマーまたはプローブが突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、第２のプライマーまたはプローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識し、第３のプライマーまたはプローブが野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する、一組の少なくとも３つのプライマーまたはプローブと、
− 一組の少なくとも３つのプライマーまたはプローブであって、第１のプライマーまたはプローブが突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、第２のプライマーまたはプローブが前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識し、第３のプライマーまたはプローブが野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する、一組の少なくとも３つのプライマーまたはプローブと、
− 一組の少なくとも２つのプローブであって、第１のプローブが前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識し、第２のプローブが野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する、一組の少なくとも２つのプローブと、からなる群から選択される、キット。
【請求項４８】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 野生型または前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、野生型または前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１７〜２００の連続したヌクレオチドが、変異領域またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではないか、あるいは、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１３〜１０００の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方、あるいはそれとの配列同一性が少なくとも８０％である配列だけから誘導されるものではない、請求項４７に記載のキット。
【請求項４９】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域の特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列からそれぞれ選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記３’に位置する１７の連続したヌクレオチドが、変異領域またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではないか、あるいは、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記少なくとも１３の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項４７に記載のキット。
【請求項５０】
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９または９３１〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９３０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９３０または９３０〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９にａが続く配列またはａに配列番号５のヌクレオチド９３１〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５または９９７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９９６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９６または９９６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５にａが続くヌクレオチド配列またはａに配列番号５のヌクレオチド９９７〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５または１０３７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド１０３６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３６または１０３６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号５のヌクレオチド１０３７〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２または９０４〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９０３またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０３または９０３〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号７のヌクレオチド９０４〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１０または９１２〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９１１またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、および野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１１または９１１〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１０にａが続くヌクレオチド配列またはａに配列番号７のヌクレオチド９１２〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９または９２１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９２０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９２０または９２０〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号７のヌクレオチド９２１〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含む、請求項４７〜４９のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５１】
前記一組の少なくとも３つの特異的プローブが、
− 配列番号１１の配列を含む１つのプローブ、配列番号１２の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１３の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１４の配列を含む１つのプローブ、配列番号１５の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１６の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１７の配列を含む１つのプローブ、配列番号１８の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１９の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２０の配列を含む１つのプローブ、配列番号２１の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２２の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２３の配列を含む１つのプローブ、配列番号２４の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２５の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２６の配列を含む１つのプローブ、配列番号２７の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２８の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、からなる群から選択される、請求項４７〜５０のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５２】
請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の少なくとも２つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを１つの植物で組み合わせる方法であって、
（ａ）請求項２４〜３２のいずれか１項に従って各々少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含む少なくとも２つの植物を同定するステップと、
（ｂ）前記少なくとも２つの植物を交雑させ、前記少なくとも１つの交雑種からＦ１ハイブリッド種子を採取するステップと、
（ｃ）任意に、請求項２４〜３２のいずれか１項に従って少なくとも２つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含むＦ１植物を同定するステップと、を含む、方法。
【請求項５３】
請求項３３〜４１のいずれか１項に従って選択された前記突然変異株ＩＮＤアレルの接合状態を判断することで、部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルにとってホモ接合またはヘテロ接合であるＦ１植物を同定するステップをさらに含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを１つの植物から別の植物に移行するための方法であって、
（ａ）請求項２４〜３２のいずれか１項に従って少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含む第１の植物を同定するか、あるいは、請求項５２に従って少なくとも２つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含む第１の植物を生成するステップと、
（ｂ）第１の植物を、前記少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含まない第２の植物と交雑させ、前記交雑種からＦ１種子を採取するステップと、
（ｃ）任意に、請求項２４〜３２のいずれか１項に従って少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含むＦ１植物を同定するステップと、
（ｄ）前記少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含むＦ１植物を、前記少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含まない第２の植物と、少なくとも１世代（ｘ）戻し交雑させ、前記交雑種からＢＣｘ種子を採取するステップと、
（ｅ）請求項２４〜３２のいずれか１項に従って前記少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含む各世代のＢＣｘ植物で同定するステップと、を含む、方法。
【請求項５５】
請求項３３〜４１のいずれか１項に従って部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルの接合状態を判断することで、前記部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルにとってホモ接合またはヘテロ接合であるＢＣｘ植物を同定するステップをさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の前記突然変異株ＩＮＤアレルを、請求項５２〜５５のいずれか１項に従って１つのアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物に組み合わせおよび／または移行することを含む、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の植物の生成方法。
【請求項５７】
完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを有する１つの植物でおよび／または完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含む１つの植物に、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の前記部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを組み合わせおよび／または移行することをさらに含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０１、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０５、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０１、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０３からなる群から選択される、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
（ａ）第１の部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルをホモ接合状態で含む第１の植物と、第２の部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルをホモ接合状態で含む第２の植物を、請求項３３〜４１のいずれか１項に従って同定するステップと、
（ｂ）第１および第２の植物を交雑させ、交雑種からＦ１ハイブリッド種子を採取するステップと、を含む、請求項１〜１８のいずれか１項に記載のハイブリッドアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）種子または植物を生成するための方法。
【請求項６０】
第１および第２の部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが同一である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記第１の植物が第１の完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルをホモ接合状態でさらに含み、前記第２の植物が第２の完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルをホモ接合状態でさらに含む、請求項５９または６０に記載の方法。
【請求項６２】
第１および第２の完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが同一である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７０で寄託されたｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６アレルを含む種子、ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７１で寄託されたｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９アレルを含む種子、ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７２で寄託されたｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３アレルを含む種子、ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７５で寄託されたｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４アレルを含む種子、ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７３で寄託されたｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８アレルを含む種子、ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７４で寄託されたｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９アレルを含む種子、これらの誘導体からなる群から選択される部分ノックアウトｉｎｄアレルを含むアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）種子。
【請求項６４】
請求項６３に記載の種子から得られる、アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項６５】
請求項６３に記載の種子から生育させたアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物の繁殖および／または育種によって得られる、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８またはｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９アレルを自らのゲノムに含むアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項６６】
ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８またはｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９アレルを含む種子であって、前記アレルを含む基準種子が、それぞれ受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７０、ＮＣＩＭＢ ４１５７２、ＮＣＩＭＢ ４１５７２、ＮＣＩＭＢ ４１５７４、ＮＣＩＭＢ ４１５７５、ＮＣＩＭＢ ４１５７３でＮＣＩＭＢに寄託されている、種子。
【請求項６７】
請求項６６に記載の種子から産生される、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９アレルを含む、植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項６８】
自らのゲノムの１つの遺伝子座に２つの突然変異株ＩＮＤアレルを含むことを特徴とする、２つの遺伝子座に少なくとも２つのＩＮＤ遺伝子を含むアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項６９】
前記２つの突然変異株ＩＮＤアレルがホモ接合である、請求項６８に記載の植物。
【請求項７０】
ＩＮＤ遺伝子が、ＩＮＤ−Ａ１またはＩＮＤ−Ｃ１遺伝子である、請求項６８に記載の植物。
【請求項７１】
ＩＮＤ遺伝子が、
（ａ）配列番号１、配列番号３の４６位のヌクレオチドから６３３位のヌクレオチドまで、配列番号３、配列番号５または配列番号７との配列同一性が少なくとも９０％である核酸分子と、
（ｂ）配列番号２、配列番号４の１６位のアミノ酸から２１位のアミノ酸までまたは配列番号４に対する配列同一性が少なくとも９０％であるアミノ酸配列をコードする核酸分子からなる群から選択される核酸分子と、を含む、請求項６８〜７０のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７２】
前記突然変異株ＩＮＤアレルが、部分ノックアウトＩＮＤアレルである、請求項６８〜７１のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７３】
前記突然変異株ＩＮＤアレルが、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４からなる群から選択される、請求項６８〜７２のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７４】
突然変異株ＩＮＤアレルを含まない対応する植物によって産生される機能的ＩＮＤタンパク質の量と比較して、有意に低減された量の機能的ＩＮＤタンパク質を産生する、請求項６８〜７３のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７５】
突然変異株ＩＮＤアレルを含まない対応する植物の種子収量に比して、植物の種子収量が高まり、好ましくは有意に高まる、請求項６８〜７４のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７６】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）作物種、好ましくはセイヨウアブラナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ）、カラシナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｊｕｎｃｅａ）、アビシニアカラシ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｃａｒｉｎａｔａ）、カブ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａ）またはキャベツ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｏｌｅｒａｃｅａ）由来の植物である、請求項６８〜７５のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７７】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）油糧種子種、好ましくはセイヨウアブラナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ）、カラシナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｊｕｎｃｅａ）またはカブ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａ）由来の植物である、請求項６８〜７６のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７８】
２つの突然変異ホモ接合ＩＮＤアレルをそのゲノムに導入することを含む、少なくとも２つのＩＮＤ遺伝子を含むアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物の収量を増すための方法。
【請求項７９】
請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株ＩＮＤアレルを使用して、アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物の種子収量を増す、使用法。
【請求項８０】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物の裂莢耐性を増す、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株ＩＮＤアレルの使用法。
【請求項１】
自らのゲノムに少なくとも２つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含むことを特徴とする、少なくとも２つのＩＮＤ遺伝子を含むアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項２】
前記ＩＮＤ遺伝子が、ＩＮＤ−Ａ１またはＩＮＤ−Ｃ１遺伝子である、請求項１に記載の植物。
【請求項３】
前記ＩＮＤ遺伝子が、
（ａ）配列番号１、配列番号３の４６位のヌクレオチドから６３３位のヌクレオチドまで、配列番号３、配列番号５または配列番号７との配列同一性が少なくとも９０％である核酸分子と、
（ｂ）配列番号２、配列番号４の１６位のアミノ酸から２１位のアミノ酸までまたは配列番号４に対する配列同一性が少なくとも９０％であるアミノ酸配列をコードする核酸分子と、からなる群から選択される核酸分子を含む、請求項１または２に記載の植物。
【請求項４】
前記部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、前記ＩＮＤ−Ｃ１遺伝子の突然変異株ＩＮＤアレルである、請求項２または３に記載の植物。
【請求項５】
前記部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９からなる群から選択される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の植物。
【請求項６】
少なくとも１つの完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを自らのゲノムにさらに含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７】
前記完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、前記ＩＮＤ−Ｃ１遺伝子の突然変異株ＩＮＤアレルである、請求項６に記載の植物。
【請求項８】
前記完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０１、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０５、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０１、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０３からなる群から選択される、請求項６または７に記載の植物。
【請求項９】
前記部分および／または完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルにとってホモ接合である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１０】
突然変異株ＩＮＤアレルを含まない対応する植物によって産生される機能的ＩＮＤタンパク質の量と比較して有意に低減された量の機能的ＩＮＤタンパク質を産生する、請求項１〜９のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１１】
前記植物の前記脱粒が、突然変異株ＩＮＤアレルを含まない対応する植物の脱粒と比較して有意に低減または遅延される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１２】
莢の農学的に妥当な脱穀性を維持する、請求項１１に記載の植物。
【請求項１３】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）作物種、好ましくはセイヨウアブラナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ）、カラシナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｊｕｎｃｅａ）、アビシニアカラシ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｃａｒｉｎａｔａ）、カブ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａ）またはキャベツ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｏｌｅｒａｃｅａ）由来の植物である、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１４】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）油糧種子種、好ましくはセイヨウアブラナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ）、カラシナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｊｕｎｃｅａ）またはカブ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａ）由来の植物である、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１５】
ＩＮＤ遺伝子が、
（ａ）配列番号１、配列番号３の４６位のヌクレオチドから６３３位のヌクレオチドまで、配列番号３、配列番号５または配列番号７との配列同一性が少なくとも９０％である核酸分子と、
（ｂ）配列番号２、配列番号４の１６位のアミノ酸から２１位のアミノ酸までまたは配列番号４に対する配列同一性が少なくとも９０％であるアミノ酸配列をコードする核酸分子と、からなる群から選択される核酸分子を含む、自らのゲノムにＩＮＤ遺伝子の少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株アレルを含む植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項１６】
前記部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９からなる群から選択される、請求項１５に記載の植物。
【請求項１７】
前記突然変異株ＩＮＤアレルが、アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）種の植物由来である、請求項１５または１６に記載の植物。
【請求項１８】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）種由来の植物である、請求項１５〜１７のいずれか１項に記載の植物。
【請求項１９】
請求項１〜１８のいずれか１項に記載の植物から入手可能な種子莢。
【請求項２０】
ＩＮＤ遺伝子が、
（ａ）配列番号１、配列番号３の４６位のヌクレオチドから６３３位のヌクレオチドまで、配列番号３、配列番号５または配列番号７との配列同一性が少なくとも９０％である核酸分子と、
（ｂ）配列番号２、配列番号４の１６位のアミノ酸から２１位のアミノ酸までまたは配列番号４に対する配列同一性が少なくとも９０％であるアミノ酸配列をコードする核酸分子と、からなる群から選択される核酸分子を含む、ＩＮＤ遺伝子の部分ノックアウト突然変異株アレル。
【請求項２１】
ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９からなる群から選択される、請求項２０に記載の突然変異株アレル。
【請求項２２】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）種の植物、好ましくはアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）作物種またはアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）油糧種子種由来である、請求項２０〜２１のいずれか１項に記載の突然変異株アレル。
【請求項２３】
請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株アレルによってコードされる突然変異株ＩＮＤタンパク質。
【請求項２４】
生体試料において、前記生体試料に存在する核酸における突然変異株ＩＮＤ特異的領域の存在を判断することを含む、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株ＩＮＤアレルを同定するための方法。
【請求項２５】
一組の少なくとも２つのプライマーを用いて前記生体試料でポリメラーゼ連鎖反応アッセイを実施することをさらに含み、前記組が、
− 一組のプライマーであって、前記プライマーの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’フランキング領域を特異的に認識する、一組のプライマーと、
− 一組のプライマーであって、前記プライマーの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する、一組のプライマーと、
− 一組のプライマーであって、前記プライマーの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域をそれぞれ特異的に認識する、一組のプライマーと、
からなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるものであり、前記１７〜２００の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記３’に位置する１７の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
少なくとも１つの特異的プローブを含む一組の特異的プローブを用いて生体試料でハイブリダイゼーションアッセイを実施することをさらに含み、前記組が、
− 一組の特異的プローブであって、前記プローブの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’フランキング領域を特異的に認識し、前記プローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’フランキング領域を特異的に認識する、一組の特異的プローブと、
− 一組の特異的プローブであって、前記プローブの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する、一組の特異的プローブと、
− 一組の特異的プローブであって、前記プローブの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する、一組の特異的プローブと、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する特異的プローブと、
からなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるものであり、前記１３〜１０００の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方、あるいはそれとの配列同一性が少なくとも８０％である配列だけから誘導されるものではない、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記少なくとも１３の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９または９３１〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９３０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９３０または９３０〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５または９９７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９９６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９６または９９６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５または１０３７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド１０３６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３６または１０３６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２または９０４〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９０３またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０３または９０３〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１０または９１２〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９１１またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１１または９１１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９または９２１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９２０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９２０または９２０〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含む、請求項２５〜３０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】
前記一組のプローブが、
− 配列番号１１の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１２の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１４の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１５の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１７の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１８の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２０の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２１の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２３の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２４の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２６の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２７の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、からなる群から選択される、請求項２８〜３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代において請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株ＩＮＤアレルの接合状態を判断するための方法であって、前記植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代のゲノムＤＮＡにおける突然変異株および／または対応する野生型ＩＮＤ特異的領域の存在を判断することを含む、方法。
【請求項３４】
一組の少なくとも２つまたは少なくとも３つのプライマーを用いて前記植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代のゲノムＤＮＡで、ポリメラーゼ連鎖反応アッセイを実施することを含む方法であって、前記プライマーの少なくとも２つが野生型ＩＮＤアレルを特異的に認識し、前記少なくとも２つのプライマーが、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプライマーと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する第２のプライマーと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプライマーと、からなる群から選択され、
前記プライマーの少なくとも２つが、前記突然変異株ＩＮＤアレルを特異的に認識し、前記少なくとも２つのプライマーが、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプライマーと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する第３のプライマーと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプライマーと、前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域をそれぞれ特異的に認識する第３のプライマーと、からなる群から選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１７〜２００の連続したヌクレオチドが、変異領域またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域にある配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記３’に位置する１７の連続したヌクレオチドが、変異部位あるいは変異領域またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
一組の少なくとも２つの特異的プローブを用いて前記植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代のゲノムＤＮＡでハイブリダイゼーションアッセイを実施することをさらに含み、前記特異的プローブの少なくとも１つが野生型ＩＮＤアレルを特異的に認識し、前記少なくとも１つのプローブが、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの３’および５’フランキング領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプローブと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する第２のプローブと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプローブと、
− 野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識するプローブと、からなる群から選択され、
前記特異的プローブの少なくとも１つが、前記突然変異株ＩＮＤアレルを特異的に認識し、前記少なくとも１つのプローブが、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域をそれぞれ特異的に認識する第２のプローブと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する第３のプローブと、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する第１のプローブと、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する第３のプローブと、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識するプローブと、からなる群から選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域の配列それぞれ、あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列それぞれ、あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１３〜１０００の連続したヌクレオチドが、変異部位あるいは変異領域またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記少なくとも１３の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９または９３１〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が配列番号５のヌクレオチド９３０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９３０または９３０〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９にａが続くヌクレオチド配列またはａに配列番号５のヌクレオチド９３１〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５または９９７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９９６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９６または９９６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５にａが続くヌクレオチド配列またはａに配列番号５のヌクレオチド９９７〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５または１０３７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド１０３６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３６または１０３６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号５のヌクレオチド１０３７〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２または９０４〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９０３またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０３または９０３〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号７のヌクレオチド９０４〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１０または９１２〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９１１またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１１または９１１〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が配列番号７のヌクレオチド１〜９１０にａが続くヌクレオチド配列またはａに配列番号７のヌクレオチド９１２〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９または９２１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が配列番号７のヌクレオチド９２０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９２０または９２０〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号７のヌクレオチド９２１〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含む、請求項３４〜３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
少なくとも３つの特異的プローブの前記組が、
− 配列番号１１の配列を含む１つのプローブ、配列番号１２の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１３の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１４の配列を含む１つのプローブ、配列番号１５の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１６の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１７の配列を含む１つのプローブ、配列番号１８の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１９の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２０の配列を含む１つのプローブ、配列番号２１の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２２の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２３の配列を含む１つのプローブ、配列番号２４の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２５の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２６の配列を含む１つのプローブ、配列番号２７の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２８の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、からなる群から選択される、請求項３７〜４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
生体試料において、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株ＩＮＤアレルを同定するための、一組のプライマーまたはプローブを含むキットであって、前記組が、
− 一組のプライマーまたはプローブであって、前記プライマーまたはプローブの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーまたはプローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’フランキング領域を特異的に認識する、一組のプライマーまたはプローブと、
− 一組のプライマーまたはプローブであって、前記プライマーまたはプローブの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーまたはプローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する、一組のプライマーまたはプローブと、
− 一組のプライマーまたはプローブであって、前記プライマーの一方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、前記プライマーまたはプローブの他方が前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域をそれぞれ特異的に認識する、一組のプライマーまたはプローブと、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識するプローブと、からなる群から選択される、キット。
【請求項４３】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１７〜２００の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではなく、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１３〜１０００の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方、あるいはそれとの配列同一性が少なくとも８０％である配列だけから誘導されるものではない、請求項４２に記載のキット。
【請求項４４】
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記３’に位置する１７の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではなく、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記少なくとも１３の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項４２に記載のキット。
【請求項４５】
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９または９３１〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９３０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、および前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９３０または９３０〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５または９９７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９９６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、および前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９６または９９６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５または１０３７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド１０３６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、および前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３６または１０３６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２または９０４〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９０３またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、および前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０３または９０３〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１０または９１２〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９１１またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１１または９１１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９または９２１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９２０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９２０または９２０〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含む、請求項４２〜４４のいずれか１項に記載のキット。
【請求項４６】
前記一組のプローブが、
− 配列番号１１の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１２の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１４の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１５の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１７の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１８の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２０の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２１の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２３の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２４の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２６の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２７の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、からなる群から選択される、請求項４２〜４５のいずれか１項に記載のキット。
【請求項４７】
植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代において、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の前記突然変異株ＩＮＤアレルの接合状態を判断するためのキットであって、一組のプライマーまたはプローブを含み、前記プライマーの少なくとも２つまたは前記プローブの少なくとも１つが野生型ＩＮＤアレルを特異的に認識し、前記プライマーの少なくとも２つまたは前記プローブの少なくとも１つが前記突然変異株ＩＮＤアレルを特異的に認識し、
− 一組の少なくとも２つのプライマーまたはプローブであって、第１のプライマーまたはプローブが突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’フランキング領域を特異的に認識し、第２のプライマーまたはプローブが突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの３’フランキング領域を特異的に認識する、一組の少なくとも２つのプライマーまたはプローブと、
− 一組の少なくとも３つのプライマーまたはプローブであって、第１のプライマーまたはプローブが突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、第２のプライマーまたはプローブが、前記突然変異株ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識し、第３のプライマーまたはプローブが野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する、一組の少なくとも３つのプライマーまたはプローブと、
− 一組の少なくとも３つのプライマーまたはプローブであって、第１のプライマーまたはプローブが突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識し、第２のプライマーまたはプローブが前記突然変異株ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識し、第３のプライマーまたはプローブが野生型ＩＮＤアレルの３’または５’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する、一組の少なくとも３つのプライマーまたはプローブと、
− 一組の少なくとも２つのプローブであって、第１のプローブが前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識し、第２のプローブが野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する、一組の少なくとも２つのプローブと、からなる群から選択される、キット。
【請求項４８】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プライマーが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなるか、
− 野生型または前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、野生型または前記突然変異株ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７〜２００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１７〜２００の連続したヌクレオチドが、変異領域またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではないか、あるいは、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列あるいは、それとの配列同一性が少なくとも８０％である配列からなるか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１３〜１０００の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列からなり、前記１３〜１０００の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方、あるいはそれとの配列同一性が少なくとも８０％である配列だけから誘導されるものではない、請求項４７に記載のキット。
【請求項４９】
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域の特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プライマーが、その３’最末端に、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列からそれぞれ選択される１７の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記３’に位置する１７の連続したヌクレオチドが、変異領域またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではないか、あるいは、
− 突然変異株および野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの変異配列あるいはそれらの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含むか、
− 突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域を特異的に認識する前記プローブが、突然変異株または野生型ＩＮＤアレルの５’または３’フランキング領域と変異領域との間の連結領域の配列あるいはそれらそれぞれの相補体から選択される少なくとも１３の連続したヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、前記少なくとも１３の連続したヌクレオチドが、変異配列またはフランキング配列のいずれか一方だけから誘導されるものではない、請求項４７に記載のキット。
【請求項５０】
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９または９３１〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９３０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９３０または９３０〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９２９にａが続く配列またはａに配列番号５のヌクレオチド９３１〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５または９９７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド９９６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９６または９９６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜９９５にａが続くヌクレオチド配列またはａに配列番号５のヌクレオチド９９７〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５または１０３７〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号５のヌクレオチド１０３６またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３６または１０３６〜１６２２あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号５のヌクレオチド１〜１０３５にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号５のヌクレオチド１０３７〜１６２２が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２または９０４〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９０３またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０３または９０３〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９０２にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号７のヌクレオチド９０４〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１０または９１２〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９１１またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ａまたはその相補体を有し、および野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１１または９１１〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１０にａが続くヌクレオチド配列またはａに配列番号７のヌクレオチド９１２〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含むか、
− 前記５’または３’フランキング領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９または９２１〜１５９３あるいはそれらそれぞれの相補体のヌクレオチド配列を含み、野生型ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列番号７のヌクレオチド９２０またはその相補体のヌクレオチド配列を有し、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記変異領域が、配列ｔまたはその相補体を有し、野生型ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９２０または９２０〜１５９３のヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含み、前記突然変異株ＩＮＤアレルの前記連結領域が、配列番号７のヌクレオチド１〜９１９にｔが続くヌクレオチド配列またはｔに配列番号７のヌクレオチド９２１〜１５９３が続くヌクレオチド配列あるいはそれらそれぞれの相補体を含む、請求項４７〜４９のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５１】
前記一組の少なくとも３つの特異的プローブが、
− 配列番号１１の配列を含む１つのプローブ、配列番号１２の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１３の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１４の配列を含む１つのプローブ、配列番号１５の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１６の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号１７の配列を含む１つのプローブ、配列番号１８の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号１９の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２０の配列を含む１つのプローブ、配列番号２１の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２２の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２３の配列を含む１つのプローブ、配列番号２４の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２５の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、
− 配列番号２６の配列を含む１つのプローブ、配列番号２７の配列を含む１つのプローブおよび／または配列番号２８の配列を含む１つのプローブを含む一組のプローブと、からなる群から選択される、請求項４７〜５０のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５２】
請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の少なくとも２つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを１つの植物で組み合わせる方法であって、
（ａ）請求項２４〜３２のいずれか１項に従って各々少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含む少なくとも２つの植物を同定するステップと、
（ｂ）前記少なくとも２つの植物を交雑させ、前記少なくとも１つの交雑種からＦ１ハイブリッド種子を採取するステップと、
（ｃ）任意に、請求項２４〜３２のいずれか１項に従って少なくとも２つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含むＦ１植物を同定するステップと、を含む、方法。
【請求項５３】
請求項３３〜４１のいずれか１項に従って選択された前記突然変異株ＩＮＤアレルの接合状態を判断することで、部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルにとってホモ接合またはヘテロ接合であるＦ１植物を同定するステップをさらに含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを１つの植物から別の植物に移行するための方法であって、
（ａ）請求項２４〜３２のいずれか１項に従って少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含む第１の植物を同定するか、あるいは、請求項５２に従って少なくとも２つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含む第１の植物を生成するステップと、
（ｂ）第１の植物を、前記少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含まない第２の植物と交雑させ、前記交雑種からＦ１種子を採取するステップと、
（ｃ）任意に、請求項２４〜３２のいずれか１項に従って少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含むＦ１植物を同定するステップと、
（ｄ）前記少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含むＦ１植物を、前記少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含まない第２の植物と、少なくとも１世代（ｘ）戻し交雑させ、前記交雑種からＢＣｘ種子を採取するステップと、
（ｅ）請求項２４〜３２のいずれか１項に従って前記少なくとも１つの部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含む各世代のＢＣｘ植物で同定するステップと、を含む、方法。
【請求項５５】
請求項３３〜４１のいずれか１項に従って部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルの接合状態を判断することで、前記部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルにとってホモ接合またはヘテロ接合であるＢＣｘ植物を同定するステップをさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の前記突然変異株ＩＮＤアレルを、請求項５２〜５５のいずれか１項に従って１つのアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物に組み合わせおよび／または移行することを含む、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の植物の生成方法。
【請求項５７】
完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを有する１つの植物でおよび／または完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを含む１つの植物に、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の前記部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルを組み合わせおよび／または移行することをさらに含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０１、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０５、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０１、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０３からなる群から選択される、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
（ａ）第１の部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルをホモ接合状態で含む第１の植物と、第２の部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルをホモ接合状態で含む第２の植物を、請求項３３〜４１のいずれか１項に従って同定するステップと、
（ｂ）第１および第２の植物を交雑させ、交雑種からＦ１ハイブリッド種子を採取するステップと、を含む、請求項１〜１８のいずれか１項に記載のハイブリッドアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）種子または植物を生成するための方法。
【請求項６０】
第１および第２の部分ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが同一である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記第１の植物が第１の完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルをホモ接合状態でさらに含み、前記第２の植物が第２の完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルをホモ接合状態でさらに含む、請求項５９または６０に記載の方法。
【請求項６２】
第１および第２の完全ノックアウト突然変異株ＩＮＤアレルが同一である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７０で寄託されたｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６アレルを含む種子、ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７１で寄託されたｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９アレルを含む種子、ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７２で寄託されたｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３アレルを含む種子、ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７５で寄託されたｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４アレルを含む種子、ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７３で寄託されたｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８アレルを含む種子、ＮＣＩＭＢに受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７４で寄託されたｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９アレルを含む種子、これらの誘導体からなる群から選択される部分ノックアウトｉｎｄアレルを含むアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）種子。
【請求項６４】
請求項６３に記載の種子から得られる、アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項６５】
請求項６３に記載の種子から生育させたアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物の繁殖および／または育種によって得られる、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８またはｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９アレルを自らのゲノムに含むアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項６６】
ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８またはｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９アレルを含む種子であって、前記アレルを含む基準種子が、それぞれ受託番号ＮＣＩＭＢ ４１５７０、ＮＣＩＭＢ ４１５７２、ＮＣＩＭＢ ４１５７２、ＮＣＩＭＢ ４１５７４、ＮＣＩＭＢ ４１５７５、ＮＣＩＭＢ ４１５７３でＮＣＩＭＢに寄託されている、種子。
【請求項６７】
請求項６６に記載の種子から産生される、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９アレルを含む、植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項６８】
自らのゲノムの１つの遺伝子座に２つの突然変異株ＩＮＤアレルを含むことを特徴とする、２つの遺伝子座に少なくとも２つのＩＮＤ遺伝子を含むアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物あるいは、その細胞、一部分、種子または後代。
【請求項６９】
前記２つの突然変異株ＩＮＤアレルがホモ接合である、請求項６８に記載の植物。
【請求項７０】
ＩＮＤ遺伝子が、ＩＮＤ−Ａ１またはＩＮＤ−Ｃ１遺伝子である、請求項６８に記載の植物。
【請求項７１】
ＩＮＤ遺伝子が、
（ａ）配列番号１、配列番号３の４６位のヌクレオチドから６３３位のヌクレオチドまで、配列番号３、配列番号５または配列番号７との配列同一性が少なくとも９０％である核酸分子と、
（ｂ）配列番号２、配列番号４の１６位のアミノ酸から２１位のアミノ酸までまたは配列番号４に対する配列同一性が少なくとも９０％であるアミノ酸配列をコードする核酸分子からなる群から選択される核酸分子と、を含む、請求項６８〜７０のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７２】
前記突然変異株ＩＮＤアレルが、部分ノックアウトＩＮＤアレルである、請求項６８〜７１のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７３】
前記突然変異株ＩＮＤアレルが、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０６、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ａ１−ＥＭＳ１３、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０８、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０９、ｉｎｄ−ｃ１−ＥＭＳ０４からなる群から選択される、請求項６８〜７２のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７４】
突然変異株ＩＮＤアレルを含まない対応する植物によって産生される機能的ＩＮＤタンパク質の量と比較して、有意に低減された量の機能的ＩＮＤタンパク質を産生する、請求項６８〜７３のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７５】
突然変異株ＩＮＤアレルを含まない対応する植物の種子収量に比して、植物の種子収量が高まり、好ましくは有意に高まる、請求項６８〜７４のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７６】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）作物種、好ましくはセイヨウアブラナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ）、カラシナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｊｕｎｃｅａ）、アビシニアカラシ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｃａｒｉｎａｔａ）、カブ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａ）またはキャベツ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｏｌｅｒａｃｅａ）由来の植物である、請求項６８〜７５のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７７】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）油糧種子種、好ましくはセイヨウアブラナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ）、カラシナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｊｕｎｃｅａ）またはカブ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａ）由来の植物である、請求項６８〜７６のいずれか１項に記載の植物。
【請求項７８】
２つの突然変異ホモ接合ＩＮＤアレルをそのゲノムに導入することを含む、少なくとも２つのＩＮＤ遺伝子を含むアブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物の収量を増すための方法。
【請求項７９】
請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株ＩＮＤアレルを使用して、アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物の種子収量を増す、使用法。
【請求項８０】
アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）植物の裂莢耐性を増す、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の突然変異株ＩＮＤアレルの使用法。
【公表番号】特表２０１１−５２７８９１（Ｐ２０１１−５２７８９１Ａ）
【公表日】平成２３年１１月１０日（２０１１．１１．１０）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５１７７８５（Ｐ２０１１−５１７７８５）
【出願日】平成２１年７月９日（２００９．７．９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００９／００５００４
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／００６７３２
【国際公開日】平成２２年１月２１日（２０１０．１．２１）
【出願人】（５０１０１８２９８）バイエル・バイオサイエンス・エヌ・ヴェー (12)
【氏名又は名称原語表記】Ｂａｙｅｒ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ Ｎ．Ｖ．
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２３年１１月１０日（２０１１．１１．１０）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年７月９日（２００９．７．９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００９／００５００４
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／００６７３２
【国際公開日】平成２２年１月２１日（２０１０．１．２１）
【出願人】（５０１０１８２９８）バイエル・バイオサイエンス・エヌ・ヴェー (12)
【氏名又は名称原語表記】Ｂａｙｅｒ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ Ｎ．Ｖ．
【Ｆターム（参考）】
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