【課題】 アスペルギルス・フミガトゥスのＮＭＴを結晶化し、その結晶をＸ線結晶解析して三次元構造を得ることにより、アスペルギルス・フミガトゥスのＮＭＴ阻害薬をデザインするために有用な技術を提供すること。
【解決手段】 本発明によれば、アスペルギルス・フミガトゥス由来のＮ−ミリストイルトランスフェレース（N-myristoyltransferase）の少なくとも一部のアミノ酸配列、又は、前記アミノ酸配列において１若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換、挿入若しくは付加されたアミノ酸配列からなるポリペプチドを含む結晶及びその三次元構造が得られ、その三次元構造データからアスペルギルス・フミガトゥス由来のＮ−ミリストイルトランスフェレースに対する阻害薬を設計する方法が提供される。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
アスペルギルス・フミガトゥス由来のＮ−ミリストイルトランスフェレース（N-myristoyltransferase）の少なくとも一部のアミノ酸配列、又は、前記アミノ酸配列において１若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換、挿入若しくは付加されたアミノ酸配列からなるポリペプチドを含む結晶。
【請求項２】
空間群がＰ２_１２_１２_１であり、単位格子定数がａ＝５．３４８〜５．６３２ｎｍ、ｂ＝７．５９７〜７．７５０ｎｍ、及びｃ＝１１．０５１〜１１．３８０ｎｍである請求項１に記載の結晶。
【請求項３】
前記ポリペプチドと脂肪酸ＣｏＡ誘導体との複合体の結晶である請求項１又は２に記載の結晶。
【請求項４】
空間群がＰ２_１２_１２_１であり、単位格子定数がａ＝５．４９１ｎｍ、ｂ＝７．７２３ｎｍ、及びｃ＝１１．３７２ｎｍである請求項３に記載の結晶。
【請求項５】
蒸気拡散法により得られる請求項１〜４のいずれか１項に記載の結晶。
【請求項６】
前記蒸気拡散法がシッティング・ドロップ蒸気拡散法、ハンギング・ドロップ蒸気拡散法、又はサンドイッチ・ドロップ蒸気拡散法である請求項５に記載の結晶。
【請求項７】
前記蒸気拡散法がシッティング・ドロップ蒸気拡散法である請求項５に記載の結晶。
【請求項８】
硫酸アンモニウムを沈殿剤として結晶化させて得られる請求項１〜７のいずれか１項に記載の結晶。
【請求項９】
前記ポリペプチドと脂肪酸ＣｏＡ誘導体とＮ−ミリストイルトランスフェレース阻害化合物との複合体の結晶である請求項１又は２に記載の結晶。
【請求項１０】
前記Ｎ−ミリストイルトランスフェレース阻害化合物が下記化合物（１）である請求項９に記載の結晶。
【化１】

【請求項１１】
空間群がＰ２_１２_１２_１であり、単位格子定数がａ＝５．４７９ｎｍ、ｂ＝７．７０７ｎｍ、及びｃ＝１１．３２４ｎｍである請求項９又は１０に記載の結晶。
【請求項１２】
前記Ｎ−ミリストイルトランスフェレースの少なくとも一部のアミノ酸配列が、配列番号１に示すアミノ酸配列のＮ末端側から８０〜１１０残基が欠失したアミノ酸配列である請求項１〜１１のいずれか１項に記載の結晶。
【請求項１３】
前記Ｎ−ミリストイルトランスフェレースの少なくとも一部のアミノ酸配列が、配列番号３に示すアミノ酸配列である請求項１〜１２のいずれか１項に記載の結晶。
【請求項１４】
前記脂肪酸ＣｏＡ誘導体が、Ｓ−（２−オキソ）ペンタデシルＣｏＡである請求項２〜１３のいずれか１項に記載の結晶。
【請求項１５】
アスペルギルス・フミガトゥス由来のＮ−ミリストイルトランスフェレースに対する阻害薬をコンピュータを用いて設計する方法であって、
（ａ）三次元構造モデル作成手段により、前記Ｎ―ミリストイルトランスフェレースの少なくとも一部のアミノ酸配列、又は、前記アミノ酸配列において１若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換、挿入若しくは付加されたアミノ酸配列からなるポリペプチドを含む結晶のＸ線解析データから、前記ポリペプチドの三次元構造モデルを作成する工程と、
（ｂ）三次元構造構築手段により、前記阻害薬の候補化合物の三次元構造を作成する工程と、
（ｃ）前記ポリペプチドと前記阻害薬候補化合物との仮想の複合体の三次元構造を作成する工程であって、ドッキング手段により、前記ポリペプチドの三次元構造モデル中のＴｙｒ１１５、Ｌｅｕ４４８、Ｔｙｒ２１９、及びＴｙｒ３４９のアミノ酸残基で囲まれた空間に、前記阻害薬候補化合物の三次元構造を配座させて、前記ポリペプチドと前記阻害薬候補化合物との仮想の複合体の三次元構造を作成する工程と、
（ｄ）前記仮想の複合体の三次元構造において、分子間の相互作用解析手段により、前記複合体を構成する前記ポリペプチドと前記候補化合物の相互作用の強さを算出する工程と、
（ｅ）スクリーニング手段により、前記相互作用の強さが所定の数値範囲にある阻害薬候補化合物をスクリーニングする工程と、
を含む阻害薬設計方法。
【請求項１６】
アスペルギルス・フミガトゥス由来のＮ−ミリストイルトランスフェレースに対する阻害薬をコンピュータを用いて設計する方法であって、
（ａ）三次元構造モデル作成手段により、前記Ｎ―ミリストイルトランスフェレースの少なくとも一部のアミノ酸配列、又は、前記アミノ酸配列において１若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換、挿入若しくは付加されたアミノ酸配列からなるポリペプチドとＮ−ミリストイルトランスフェレース阻害化合物とを含む複合体の結晶のＸ線解析データから、前記複合体の三次元構造モデルを作成する工程と、
（ｂ）三次元構造構築手段により、前記阻害薬の候補化合物の三次元構造を作成する工程と、
（ｃ）前記複合体の三次元構造モデルにおいて、前記Ｎ−ミリストイルトランスフェレース阻害化合物の三次元構造を前記阻害薬候補化合物の三次元構造により置換して仮想の複合体の三次元構造を作成する工程であって、ドッキング手段により、前記ポリペプチドの三次元構造モデル中のＴｙｒ１１５、Ｌｅｕ４４８、Ｔｙｒ２１９、及びＴｙｒ３４９のアミノ酸残基で囲まれた空間に配座する前記Ｎ−ミリストイルトランスフェレース阻害化合物を前記阻害薬候補化合物で置換して仮想の複合体の三次元構造を作成する工程と、
（ｄ）前記仮想の複合体の三次元構造において、分子間の相互作用解析手段により、前記複合体を構成する前記ポリペプチドと前記候補化合物の相互作用の強さを算出する工程と、
（ｅ）スクリーニング手段により、前記相互作用の強さが所定の数値範囲にある阻害薬候補化合物をスクリーニングする工程と、
を含む阻害薬設計方法。
【請求項１７】
アスペルギルス・フミガトゥス由来のＮ−ミリストイルトランスフェレースに対する阻害薬をコンピュータを用いて設計する方法であって、
（ａ）三次元構造モデル作成手段により、前記Ｎ―ミリストイルトランスフェレースの少なくとも一部のアミノ酸配列、又は、前記アミノ酸配列において１若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換、挿入若しくは付加されたアミノ酸配列からなるポリペプチドと、ミリストイルＣｏＡ又は脂肪酸ＣｏＡ誘導体と、Ｎ−ミリストイルトランスフェレース阻害化合物との複合体の結晶のＸ線解析データから、前記複合体の三次元構造モデルを作成する工程と、
（ｂ）三次元構造構築手段により、前記阻害薬の候補化合物の三次元構造を作成する工程と、
（ｃ）前記複合体の三次元構造モデルにおいて、前記Ｎ−ミリストイルトランスフェレース阻害化合物の三次元構造を前記阻害薬候補化合物の三次元構造により置換して仮想の複合体の三次元構造を作成する工程であって、ドッキング手段により、前記ポリペプチドの三次元構造モデル中のＴｙｒ１１５、Ｌｅｕ４４８、Ｔｙｒ２１９、及びＴｙｒ３４９のアミノ酸残基で囲まれた空間に配座する前記Ｎ−ミリストイルトランスフェレース阻害化合物を前記阻害薬候補化合物で置換して仮想の複合体の三次元構造を作成する工程と、
（ｄ）前記仮想の複合体の三次元構造において、分子間の相互作用解析手段により、前記複合体を構成する前記ポリペプチドと前記候補化合物の相互作用の強さを算出する工程と、
（ｅ）スクリーニング手段により、前記相互作用の強さが所定の数値範囲にある阻害薬候補化合物をスクリーニングする工程と、
を含む阻害薬設計方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【公開番号】特開２００６−２８０２６４（Ｐ２００６−２８０２６４Ａ）
【公開日】平成１８年１０月１９日（２００６．１０．１９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００５−１０４０４０（Ｐ２００５−１０４０４０）
【出願日】平成１７年３月３１日（２００５．３．３１）
【出願人】（０００００２８３１）第一製薬株式会社 (129)
【Ｆターム（参考）】