置換されたテトラサイクリン化合物を用いて、遺伝子または遺伝子産物の発現を調節する方法
本発明は、テトラサイクリンオペレーター系に作動可能に連結された核酸の発現の調節のための置換されたテトラサイクリン化合物の使用に、少なくとも一部は関する。本発明は、細胞中で遺伝子発現を調節するために原核生物のTetリプレッサー/オペレーター/インデューサー系の構成要素を利用する調節系において用いられる化合物に関する。本発明の方法で特徴づけられるような特定の置換されたテトラサイクリン化合物の使用は、例えば、テトラサイクリンおよびドキシサイクリンについての結果に比較した場合、用量応答結果の改善をもたらす。従って、本発明の特定の方法によって、細胞中での遺伝子発現の調節において、Tetリプレッサー/インデューサー系の制御を強化することが可能になる。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)細胞中での転写を調節する第二のポリペプチドに作動可能に連結された置換されたテトラサイクリン化合物の存在下または非存在下で該TREに結合する第一のポリペプチドを含む融合タンパク質とを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で該標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における該置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該置換されたテトラサイクリン化合物は、式(I):
【化50】
(式中、
pは、単結合または二重結合であり、
Xは、CHC(R13Y’Y)、CR6’R6、C=CR6’R6、S、NR6、またはOであり、かつR5’はpが単結合であるとき水素であり、
XはCR6’’であり、かつR5’はpが二重結合であるとき存在せず、
R2、R2’、R4’、およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R3およびR12は各々水素またはプロドラッグ部分であり、
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり、
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり、
R6およびR6’は各々独立して水素、メチレン、非存在、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり、
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり、
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり、
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり、
R11は水素、ヒドロキシルまたはアルコキシルであり、
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R13は水素、ヒドロキシ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アリール、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
EはCR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fであり、
Y’およびYは各々独立して水素、ハロゲン、ヒドロキシル、シアノ、スルフヒドリル、アミノ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルである)
の化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーである、方法。
【請求項2】
前記標的ヌクレオチド配列がタンパク質をコードする、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記第一のポリペプチドが、前記置換されたテトラサイクリン化合物の存在下で前記TREに結合する、請求項1または2に記載の方法。
【請求項4】
前記第一のポリペプチドが、前記置換されたテトラサイクリン化合物の非存在下で前記TREに結合するが、存在下では結合しない、請求項1または2に記載の方法。
【請求項5】
前記融合タンパク質の前記第一のポリペプチドが、変異されたTetリプレッサーである、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
【請求項6】
前記変異されたTetリプレッサーがBクラスのリプレッサーである、請求項5に記載の方法。
【請求項7】
前記変異されたTetリプレッサーが、アミノ酸位置71、位置95、位置101および位置102からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸位置でアミノ酸置換を有するTn10由来のTetリプレッサーである、請求項6に記載の方法。
【請求項8】
前記変異されたTetリプレッサーが、アミノ酸位置71、位置95、位置101および位置102からなる群より選択される少なくとも2つのアミノ酸位置でアミノ酸置換を有するTn10由来Tetリプレッサーである、請求項6に記載の方法。
【請求項9】
前記融合タンパク質の前記第二のポリペプチドが、単純ヘルペスのビリオンタンパク質16の転写活性化ドメインを含む、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
【請求項10】
前記融合タンパク質をコードする前記核酸分子が、前記細胞の染色体にランダムに組み込まれる、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
【請求項11】
前記融合タンパク質をコードする前記核酸分子が、前記細胞の染色体内の予め決定された位置に組み込まれる、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
【請求項12】
前記融合タンパク質をコードする前記核酸分子が、エキソビボで細胞に導入され、被験体に該細胞を投与する工程をさらに包含する、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
【請求項13】
前記tetオペレーター連結核酸が、少なくとも1つのtetオペレーター配列に作動可能に連結されている細胞の内因性の核酸である、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
【請求項14】
前記tetオペレーター連結核酸分子が、前記細胞中に導入されている外因性の核酸分子である、請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法。
【請求項15】
前記細胞がさらに、第二の標的核酸分子を含む、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
【請求項16】
前記テトラサイクリン化合物が、抗生物質活性を有さない、請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。
【請求項17】
R2、R2’、R3およびR12が各々水素であり、R4がNR4R4’であり、R4およびR4’が各々アルキルであり、かつR11がヒドロキシルである、請求項1に記載の方法。
【請求項18】
pが単結合であり、XがCR6R6’であり、R6がアルキルであり、R6’が水素であり、かつR5がヒドロキシルである、請求項17に記載の方法。
【請求項19】
R7およびR8が各々水素である、請求項28に記載の方法。
【請求項20】
R10がヒドロキシルである、請求項19に記載の方法。
【請求項21】
R9がアミノアルキル、アルケニル、アルコキシカルボニルまたは複素環部分である、請求項20に記載の方法。
【請求項22】
前記アルコキシカルボニルが、メトキシカルボニルである、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
前記複素環部分が、モルホリンである、請求項21に記載の方法。
【請求項24】
前記アミノアルキルが、アミノメチルである、請求項21に記載の方法。
【請求項25】
前記アルケニルが、アミノカルボニルアルキルである、請求項21に記載の方法。
【請求項26】
R9が水素である、請求項19に記載の方法。
【請求項27】
R10がアルコキシである、請求項26に記載の方法。
【請求項28】
前記アルコキシがブトキシである、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
pが単結合であり、XがCR6R6’であり、R5、R6およびR6’が各々水素である、請求項17に記載の方法。
【請求項30】
R8が水素である、請求項29に記載の方法。
【請求項31】
R7がアミノである、請求項30に記載の方法。
【請求項32】
前記アミノが、ジアルキルアミノである、請求項31に記載の方法。
【請求項33】
前記ジアルキルアミノがジメチルアミノである、請求項37に記載の方法。
【請求項34】
R10がヒドロキシルである、請求項31に記載の方法。
【請求項35】
R9がハロゲン、アルキル、アミノアルキル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、アルケニル、アルキニル、アリールまたは複素環部分である、請求項34に記載の方法。
【請求項36】
前記ハロゲンがフッ素である、請求項35に記載の方法。
【請求項37】
前記アルコキシカルボニルが、メトキシカルボニルである、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
前記アルキルカルボニルがアシルである、請求項36に記載の方法。
【請求項39】
前記複素環部分が、モルホリンである、請求項36に記載の方法。
【請求項40】
前記アリールがヘテロアリールである、請求項39に記載の方法。
【請求項41】
前記ヘテロアリールがフラニルである、請求項40に記載の方法。
【請求項42】
前記フラニルがアルキル置換フラニルである、請求項41に記載の方法。
【請求項43】
前記アルキルがプロピルである、請求項35に記載の方法。
【請求項44】
前記アミノアルキルがアミノメチルである、請求項43に記載の方法。
【請求項45】
前記アミノメチルがアルキルアミノメチルまたはアリールアミノメチルである、請求項44に記載の方法。
【請求項46】
前記アルケニルが、アルコキシカルボニルアルケニルまたはアミノアルケニルである、請求項35に記載の方法。
【請求項47】
前記アミノアルケニルがアルキルアミノアルケニルである、請求項46に記載の方法。
【請求項48】
前記アルコキシカルボニルアルケニルがエトキシカルボニルアルケニルである、請求項46に記載の方法。
【請求項49】
R9が水素であり、かつR10がアルコキシである、請求項31に記載の方法。
【請求項50】
前記アルコキシがブトキシである、請求項49に記載の方法。
【請求項51】
R10がヒドロキシルである、請求項30に記載の方法。
【請求項52】
R7がハロゲンである、請求項51に記載の方法。
【請求項53】
前記ハロゲンがヨウ素である、請求項52に記載の方法。
【請求項54】
R9がアルキルである、請求項52に記載の方法。
【請求項55】
R7がアリールである、請求項51に記載の方法。
【請求項56】
前記アリールがヘテロアリールである、請求項55に記載の方法。
【請求項57】
前記ヘテロアリールがピリジニルである、請求項56に記載の方法。
【請求項58】
R9がアルキルである、請求項55に記載の方法。
【請求項59】
前記アルキルがメチルである、請求項58に記載の方法。
【請求項60】
R7がアルケニルである、請求項51に記載の方法。
【請求項61】
前記アルケニルが1つ以上のハロゲンで置換される、請求項60に記載の方法。
【請求項62】
前記ハロゲンがフッ素である、請求項61に記載の方法。
【請求項63】
R9がアミノまたはニトロである、請求項60に記載の方法。
【請求項64】
R7がアルキルである、請求項51に記載の方法。
【請求項65】
前記アルキルがエチルである、請求項64に記載の方法。
【請求項66】
R9がアミノアルキルである、請求項64に記載の方法。
【請求項67】
前記アミノアルキルがアルキルアミノアルキルである、請求項66に記載の方法。
【請求項68】
R9が水素であり、かつR10がヒドロキシルである請求項30に記載の方法。
【請求項69】
R7がアミノ、アリール、アルキル、アルケニル、アミノアルキル、シアノ、複素環部分またはオキシミルである、請求項68に記載の方法。
【請求項70】
前記アミノが、アルキルアミノまたはアルキルカルボニルアミノである、請求項69に記載の方法。
【請求項71】
前記アミノがジアルキルアミノである、請求項70に記載の方法。
【請求項72】
前記ジアルキルアミノがジエチルアミノである、請求項71に記載の方法。
【請求項73】
前記アリールがフェニルまたはヘテロアリールである、請求項69に記載の方法。
【請求項74】
前記ヘテロアリールが、ピリジニル、フラニル、イソオキサゾリルまたはピラゾリルである、請求項73に記載の方法。
【請求項75】
前記ピリジニルが、1つ以上のハロゲンで置換される、請求項74に記載の方法。
【請求項76】
前記ハロゲンが塩素またはフッ素である、請求項75に記載の方法。
【請求項77】
前記イソオキサゾリルがアルキル置換イソオキサゾリルである、請求項74に記載の方法。
【請求項78】
前記アルキルが、メチル、イソブチル、イソプロピル、イソプロペニル、またはアルコキシ置換アルキルである、請求項69に記載の方法。
【請求項79】
前記複素環部分がモルホリンである、請求項69に記載の方法。
【請求項80】
前記アルケニルが、1つ以上のハロゲン、シアノ、アルコキシカルボニルまたはアルキルカルボニルで置換される、請求項69に記載の方法。
【請求項81】
前記ハロゲンがフッ素である、請求項80に記載の方法。
【請求項82】
前記アルコキシカルボニルがメトキシカルボニルである、請求項80に記載の方法。
【請求項83】
前記アルキルカルボニルがアシルである、請求項80に記載の方法。
【請求項84】
前記アミノアルキルがアミノメチルである、請求項69に記載の方法。
【請求項85】
前記アミノメチルが複素環部分で置換される、請求項84に記載の方法。
【請求項86】
前記複素環部分がピペリジンである、請求項85に記載の方法。
【請求項87】
R10がヒドロキシルである、請求項29に記載の方法。
【請求項88】
R7が水素であり、かつR8がハロゲンまたはアリールである、請求項87に記載の方法。
【請求項89】
前記ハロゲンが塩素または臭素である、請求項88に記載の方法。
【請求項90】
前記アリールがフェニルまたはピリジニルである、請求項88に記載の方法。
【請求項91】
前記ピリジニルがハロゲンで置換される、請求項90に記載の方法。
【請求項92】
前記ハロゲンがフッ素である、請求項91に記載の方法。
【請求項93】
R9が水素またはアミノである、請求項88に記載の方法。
【請求項94】
前記アミノがアルキルカルボニルで置換される、請求項93に記載の方法。
【請求項95】
前記アルキルカルボニルがアシルである、請求項94に記載の方法。
【請求項96】
R7がアミノであり、R8がハロゲンであり、かつR9が水素である、請求項87に記載の方法。
【請求項97】
前記ハロゲンが塩素である、請求項96に記載の方法。
【請求項98】
R7が水素であり、かつR10がヒドロキシルである、請求項29に記載の方法。
【請求項99】
R9が複素環部分またはアミノアルキルである、請求項98に記載の方法。
【請求項100】
前記複素環部分がピペリジンまたはモルホリンである、請求項99に記載の方法。
【請求項101】
前記アミノアルキルがアミノメチルである、請求項99に記載の方法。
【請求項102】
前記アミノメチルがトリフルオロアルキルで置換される、請求項101に記載の方法。
【請求項103】
R7およびR9が水素であり、かつR10がアルコキシである、請求項30に記載の方法。
【請求項104】
前記アルコキシがプロポキシまたはブトキシである、請求項103に記載の方法。
【請求項105】
前記アルコキシが、ヒドロキシルで置換される、請求項103に記載の方法。
【請求項106】
pが二重結合であり、XがCR6’’であり、かつR6’’が水素である、請求項17に記載の方法。
【請求項107】
R8およびR9が水素であり、かつR10がヒドロキシルである、請求項106に記載の方法。
【請求項108】
R7がハロゲンである、請求項107に記載の方法。
【請求項109】
前記ハロゲンが塩素である、請求項108に記載の方法。
【請求項110】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に対して作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)細胞中での転写を調節する第二のポリペプチドに作動可能に連結された置換されたテトラサイクリン化合物の有無において該TREに結合する第一のポリペプチドを含む融合タンパク質とを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で該標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該置換されたテトラサイクリン化合物は、式(II):
【化51】
(式中、
R2、R2’、R4’、およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R3およびR12、およびR14は各々水素またはプロドラッグ部分であり、
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり、
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり、
R6aは水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり、
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり、
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり、
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり、
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
EはCR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fである)
の化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーである、方法。
【請求項111】
R2、R2’、R3、R5、R8、R9、R11、R12およびR14が各々水素であり、R4がNR4R4’であり、R4、R4’、R6aが各々アルキルであり、かつR10がヒドロキシルである、請求項110に記載の方法。
【請求項112】
各々のR7が水素である、請求項111に記載の方法。
【請求項113】
R7がハロゲンである、請求項111に記載の方法。
【請求項114】
前記ハロゲンが塩素である、請求項113に記載の方法。
【請求項115】
前記置換されたテトラサイクリン化合物が、以下:
【化52】
【化53】
およびそれらの薬学的に受容可能な塩、
からなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項116】
前記化合物が、以下:
【化54】
【化55】
【化56】
【化57】
【化58】
およびそれらの薬学的に受容可能な塩、
からなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項117】
前記化合物が、以下:
【化59】
およびそれらの薬学的に受容可能な塩、
からなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項118】
前記アルキルが、アルキルチオ、アルキルスルホニルまたはアルキルスルフィニルで置換される、請求項54に記載の方法。
【請求項119】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に対して作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)置換されたテトラサイクリン化合物の存在下で該TREに結合するが、非存在下では結合しない、変異されたTetリプレッサーとを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で該標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該変異されたTetリプレッサーは、式(I):
【化60】
の置換されたテトラサイクリン化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーの存在下で、該変異されたTetリプレッサーが該TREに選択的に結合するように選択され、
式中、
pは、単結合または二重結合であり、
XはCHC(R13Y’Y)、CR6’R6、C=CR6’R6、S、NR6、またはOであり、かつR5’はpが単結合であるとき水素であり、
XはCR6’’であり、かつR5’はpが二重結合であるとき存在せず、
R2、R2’、R4’およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R3およびR12は各々水素またはプロドラッグ部分であり、
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり、
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり、
R6およびR6’は各々独立して水素、メチレン、非存在、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり、
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり、
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり、
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり、
R11は水素、ヒドロキシルまたはアルコキシルであり、
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R13は水素、ヒドロキシ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アリール、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
EはCR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fであり、
Y’およびYは各々独立して、水素、ハロゲン、ヒドロキシル、シアノ、スルフヒドリル、アミノ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルである、方法。
【請求項120】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に対して作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)置換されたテトラサイクリン化合物の存在下で該TREに結合するが、非存在下では結合しない、変異されたTetリプレッサーとを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で該標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該変異されたTetリプレッサーは、該変異されたTetリプレッサーが式(II):
【化61】
の置換されたテトラサイクリン化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーの存在下でTREに選択的に結合するように選択され、
ここで、
R2、R2’、R4’およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり;
R3、R12およびR14は各々水素またはプロドラッグ部分であり;
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり;
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり;
R6aは水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり;
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり;
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり;
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり;
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり;
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
Eは、CR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fである、方法。
【請求項121】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に対して作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)置換されたテトラサイクリン化合物の非存在下で該TREに結合するが、ただし存在下では結合しない変異されたTetリプレッサーとを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における該置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該変異されたTetリプレッサーは、該変異されたTetリプレッサーが式(I):
【化62】
の置換されたテトラサイクリン化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーの非存在下でのみTREに選択的に結合するように選択され、
式中、
pは単結合または二重結合であり、
XはCHC(R13Y’Y)、CR6’R6、C=CR6’R6、S、NR6、またはOであり、かつR5’はpが単結合であるとき水素であり、
XはCR6’’であり、かつR5’はpが二重結合であるとき存在せず、
R2、R2’、R4’およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R3およびR12は各々水素またはプロドラッグ部分であり、
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり、
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり、
R6およびR6’は各々独立して水素、メチレン、非存在、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり、
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり、
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり、
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり、
R11は水素、ヒドロキシルまたはアルコキシルであり、
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R13は水素、ヒドロキシ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アリール、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
Eは、CR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fであり、
Y’およびYは各々独立して水素、ハロゲン、ヒドロキシル、シアノ、スルフヒドリル、アミノ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルである、方法。
【請求項122】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に対して作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)置換されたテトラサイクリン化合物の非存在下で該TREに結合するが、存在下では結合しない変異されたTetリプレッサーとを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における該置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該変異されたTetリプレッサーは、該変異されたTetリプレッサーが式(II):
【化63】
の置換されたテトラサイクリン化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーの非存在下でのみTREに選択的に結合するように選択され、
ここで、
R2、R2’、R4’およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R3、R12およびR14は各々水素またはプロドラッグ部分であり、
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり、
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり、
R6aは水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり、
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり、
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり、
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり、
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
Eは、CR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fである、方法。
【請求項123】
前記置換されたテトラサイクリン化合物が、表2の化合物である、請求項119〜122のいずれか1つに記載の方法。
【請求項124】
前記置換されたテトラサイクリン化合物が、少なくとも約13μg/mLの濃度で70を超えるKluxを示す、請求項1〜123のいずれか1項に記載の方法。
【請求項125】
前記テトラサイクリン化合物が、少なくとも約13μg/mLの濃度で約51と約70との間のKluxを示す、請求項124に記載の方法。
【請求項1】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)細胞中での転写を調節する第二のポリペプチドに作動可能に連結された置換されたテトラサイクリン化合物の存在下または非存在下で該TREに結合する第一のポリペプチドを含む融合タンパク質とを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で該標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における該置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該置換されたテトラサイクリン化合物は、式(I):
【化50】
(式中、
pは、単結合または二重結合であり、
Xは、CHC(R13Y’Y)、CR6’R6、C=CR6’R6、S、NR6、またはOであり、かつR5’はpが単結合であるとき水素であり、
XはCR6’’であり、かつR5’はpが二重結合であるとき存在せず、
R2、R2’、R4’、およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R3およびR12は各々水素またはプロドラッグ部分であり、
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり、
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり、
R6およびR6’は各々独立して水素、メチレン、非存在、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり、
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり、
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり、
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり、
R11は水素、ヒドロキシルまたはアルコキシルであり、
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R13は水素、ヒドロキシ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アリール、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
EはCR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fであり、
Y’およびYは各々独立して水素、ハロゲン、ヒドロキシル、シアノ、スルフヒドリル、アミノ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルである)
の化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーである、方法。
【請求項2】
前記標的ヌクレオチド配列がタンパク質をコードする、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記第一のポリペプチドが、前記置換されたテトラサイクリン化合物の存在下で前記TREに結合する、請求項1または2に記載の方法。
【請求項4】
前記第一のポリペプチドが、前記置換されたテトラサイクリン化合物の非存在下で前記TREに結合するが、存在下では結合しない、請求項1または2に記載の方法。
【請求項5】
前記融合タンパク質の前記第一のポリペプチドが、変異されたTetリプレッサーである、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
【請求項6】
前記変異されたTetリプレッサーがBクラスのリプレッサーである、請求項5に記載の方法。
【請求項7】
前記変異されたTetリプレッサーが、アミノ酸位置71、位置95、位置101および位置102からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸位置でアミノ酸置換を有するTn10由来のTetリプレッサーである、請求項6に記載の方法。
【請求項8】
前記変異されたTetリプレッサーが、アミノ酸位置71、位置95、位置101および位置102からなる群より選択される少なくとも2つのアミノ酸位置でアミノ酸置換を有するTn10由来Tetリプレッサーである、請求項6に記載の方法。
【請求項9】
前記融合タンパク質の前記第二のポリペプチドが、単純ヘルペスのビリオンタンパク質16の転写活性化ドメインを含む、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
【請求項10】
前記融合タンパク質をコードする前記核酸分子が、前記細胞の染色体にランダムに組み込まれる、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
【請求項11】
前記融合タンパク質をコードする前記核酸分子が、前記細胞の染色体内の予め決定された位置に組み込まれる、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
【請求項12】
前記融合タンパク質をコードする前記核酸分子が、エキソビボで細胞に導入され、被験体に該細胞を投与する工程をさらに包含する、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
【請求項13】
前記tetオペレーター連結核酸が、少なくとも1つのtetオペレーター配列に作動可能に連結されている細胞の内因性の核酸である、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
【請求項14】
前記tetオペレーター連結核酸分子が、前記細胞中に導入されている外因性の核酸分子である、請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法。
【請求項15】
前記細胞がさらに、第二の標的核酸分子を含む、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
【請求項16】
前記テトラサイクリン化合物が、抗生物質活性を有さない、請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。
【請求項17】
R2、R2’、R3およびR12が各々水素であり、R4がNR4R4’であり、R4およびR4’が各々アルキルであり、かつR11がヒドロキシルである、請求項1に記載の方法。
【請求項18】
pが単結合であり、XがCR6R6’であり、R6がアルキルであり、R6’が水素であり、かつR5がヒドロキシルである、請求項17に記載の方法。
【請求項19】
R7およびR8が各々水素である、請求項28に記載の方法。
【請求項20】
R10がヒドロキシルである、請求項19に記載の方法。
【請求項21】
R9がアミノアルキル、アルケニル、アルコキシカルボニルまたは複素環部分である、請求項20に記載の方法。
【請求項22】
前記アルコキシカルボニルが、メトキシカルボニルである、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
前記複素環部分が、モルホリンである、請求項21に記載の方法。
【請求項24】
前記アミノアルキルが、アミノメチルである、請求項21に記載の方法。
【請求項25】
前記アルケニルが、アミノカルボニルアルキルである、請求項21に記載の方法。
【請求項26】
R9が水素である、請求項19に記載の方法。
【請求項27】
R10がアルコキシである、請求項26に記載の方法。
【請求項28】
前記アルコキシがブトキシである、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
pが単結合であり、XがCR6R6’であり、R5、R6およびR6’が各々水素である、請求項17に記載の方法。
【請求項30】
R8が水素である、請求項29に記載の方法。
【請求項31】
R7がアミノである、請求項30に記載の方法。
【請求項32】
前記アミノが、ジアルキルアミノである、請求項31に記載の方法。
【請求項33】
前記ジアルキルアミノがジメチルアミノである、請求項37に記載の方法。
【請求項34】
R10がヒドロキシルである、請求項31に記載の方法。
【請求項35】
R9がハロゲン、アルキル、アミノアルキル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、アルケニル、アルキニル、アリールまたは複素環部分である、請求項34に記載の方法。
【請求項36】
前記ハロゲンがフッ素である、請求項35に記載の方法。
【請求項37】
前記アルコキシカルボニルが、メトキシカルボニルである、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
前記アルキルカルボニルがアシルである、請求項36に記載の方法。
【請求項39】
前記複素環部分が、モルホリンである、請求項36に記載の方法。
【請求項40】
前記アリールがヘテロアリールである、請求項39に記載の方法。
【請求項41】
前記ヘテロアリールがフラニルである、請求項40に記載の方法。
【請求項42】
前記フラニルがアルキル置換フラニルである、請求項41に記載の方法。
【請求項43】
前記アルキルがプロピルである、請求項35に記載の方法。
【請求項44】
前記アミノアルキルがアミノメチルである、請求項43に記載の方法。
【請求項45】
前記アミノメチルがアルキルアミノメチルまたはアリールアミノメチルである、請求項44に記載の方法。
【請求項46】
前記アルケニルが、アルコキシカルボニルアルケニルまたはアミノアルケニルである、請求項35に記載の方法。
【請求項47】
前記アミノアルケニルがアルキルアミノアルケニルである、請求項46に記載の方法。
【請求項48】
前記アルコキシカルボニルアルケニルがエトキシカルボニルアルケニルである、請求項46に記載の方法。
【請求項49】
R9が水素であり、かつR10がアルコキシである、請求項31に記載の方法。
【請求項50】
前記アルコキシがブトキシである、請求項49に記載の方法。
【請求項51】
R10がヒドロキシルである、請求項30に記載の方法。
【請求項52】
R7がハロゲンである、請求項51に記載の方法。
【請求項53】
前記ハロゲンがヨウ素である、請求項52に記載の方法。
【請求項54】
R9がアルキルである、請求項52に記載の方法。
【請求項55】
R7がアリールである、請求項51に記載の方法。
【請求項56】
前記アリールがヘテロアリールである、請求項55に記載の方法。
【請求項57】
前記ヘテロアリールがピリジニルである、請求項56に記載の方法。
【請求項58】
R9がアルキルである、請求項55に記載の方法。
【請求項59】
前記アルキルがメチルである、請求項58に記載の方法。
【請求項60】
R7がアルケニルである、請求項51に記載の方法。
【請求項61】
前記アルケニルが1つ以上のハロゲンで置換される、請求項60に記載の方法。
【請求項62】
前記ハロゲンがフッ素である、請求項61に記載の方法。
【請求項63】
R9がアミノまたはニトロである、請求項60に記載の方法。
【請求項64】
R7がアルキルである、請求項51に記載の方法。
【請求項65】
前記アルキルがエチルである、請求項64に記載の方法。
【請求項66】
R9がアミノアルキルである、請求項64に記載の方法。
【請求項67】
前記アミノアルキルがアルキルアミノアルキルである、請求項66に記載の方法。
【請求項68】
R9が水素であり、かつR10がヒドロキシルである請求項30に記載の方法。
【請求項69】
R7がアミノ、アリール、アルキル、アルケニル、アミノアルキル、シアノ、複素環部分またはオキシミルである、請求項68に記載の方法。
【請求項70】
前記アミノが、アルキルアミノまたはアルキルカルボニルアミノである、請求項69に記載の方法。
【請求項71】
前記アミノがジアルキルアミノである、請求項70に記載の方法。
【請求項72】
前記ジアルキルアミノがジエチルアミノである、請求項71に記載の方法。
【請求項73】
前記アリールがフェニルまたはヘテロアリールである、請求項69に記載の方法。
【請求項74】
前記ヘテロアリールが、ピリジニル、フラニル、イソオキサゾリルまたはピラゾリルである、請求項73に記載の方法。
【請求項75】
前記ピリジニルが、1つ以上のハロゲンで置換される、請求項74に記載の方法。
【請求項76】
前記ハロゲンが塩素またはフッ素である、請求項75に記載の方法。
【請求項77】
前記イソオキサゾリルがアルキル置換イソオキサゾリルである、請求項74に記載の方法。
【請求項78】
前記アルキルが、メチル、イソブチル、イソプロピル、イソプロペニル、またはアルコキシ置換アルキルである、請求項69に記載の方法。
【請求項79】
前記複素環部分がモルホリンである、請求項69に記載の方法。
【請求項80】
前記アルケニルが、1つ以上のハロゲン、シアノ、アルコキシカルボニルまたはアルキルカルボニルで置換される、請求項69に記載の方法。
【請求項81】
前記ハロゲンがフッ素である、請求項80に記載の方法。
【請求項82】
前記アルコキシカルボニルがメトキシカルボニルである、請求項80に記載の方法。
【請求項83】
前記アルキルカルボニルがアシルである、請求項80に記載の方法。
【請求項84】
前記アミノアルキルがアミノメチルである、請求項69に記載の方法。
【請求項85】
前記アミノメチルが複素環部分で置換される、請求項84に記載の方法。
【請求項86】
前記複素環部分がピペリジンである、請求項85に記載の方法。
【請求項87】
R10がヒドロキシルである、請求項29に記載の方法。
【請求項88】
R7が水素であり、かつR8がハロゲンまたはアリールである、請求項87に記載の方法。
【請求項89】
前記ハロゲンが塩素または臭素である、請求項88に記載の方法。
【請求項90】
前記アリールがフェニルまたはピリジニルである、請求項88に記載の方法。
【請求項91】
前記ピリジニルがハロゲンで置換される、請求項90に記載の方法。
【請求項92】
前記ハロゲンがフッ素である、請求項91に記載の方法。
【請求項93】
R9が水素またはアミノである、請求項88に記載の方法。
【請求項94】
前記アミノがアルキルカルボニルで置換される、請求項93に記載の方法。
【請求項95】
前記アルキルカルボニルがアシルである、請求項94に記載の方法。
【請求項96】
R7がアミノであり、R8がハロゲンであり、かつR9が水素である、請求項87に記載の方法。
【請求項97】
前記ハロゲンが塩素である、請求項96に記載の方法。
【請求項98】
R7が水素であり、かつR10がヒドロキシルである、請求項29に記載の方法。
【請求項99】
R9が複素環部分またはアミノアルキルである、請求項98に記載の方法。
【請求項100】
前記複素環部分がピペリジンまたはモルホリンである、請求項99に記載の方法。
【請求項101】
前記アミノアルキルがアミノメチルである、請求項99に記載の方法。
【請求項102】
前記アミノメチルがトリフルオロアルキルで置換される、請求項101に記載の方法。
【請求項103】
R7およびR9が水素であり、かつR10がアルコキシである、請求項30に記載の方法。
【請求項104】
前記アルコキシがプロポキシまたはブトキシである、請求項103に記載の方法。
【請求項105】
前記アルコキシが、ヒドロキシルで置換される、請求項103に記載の方法。
【請求項106】
pが二重結合であり、XがCR6’’であり、かつR6’’が水素である、請求項17に記載の方法。
【請求項107】
R8およびR9が水素であり、かつR10がヒドロキシルである、請求項106に記載の方法。
【請求項108】
R7がハロゲンである、請求項107に記載の方法。
【請求項109】
前記ハロゲンが塩素である、請求項108に記載の方法。
【請求項110】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に対して作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)細胞中での転写を調節する第二のポリペプチドに作動可能に連結された置換されたテトラサイクリン化合物の有無において該TREに結合する第一のポリペプチドを含む融合タンパク質とを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で該標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該置換されたテトラサイクリン化合物は、式(II):
【化51】
(式中、
R2、R2’、R4’、およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R3およびR12、およびR14は各々水素またはプロドラッグ部分であり、
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり、
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり、
R6aは水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり、
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり、
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり、
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり、
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
EはCR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fである)
の化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーである、方法。
【請求項111】
R2、R2’、R3、R5、R8、R9、R11、R12およびR14が各々水素であり、R4がNR4R4’であり、R4、R4’、R6aが各々アルキルであり、かつR10がヒドロキシルである、請求項110に記載の方法。
【請求項112】
各々のR7が水素である、請求項111に記載の方法。
【請求項113】
R7がハロゲンである、請求項111に記載の方法。
【請求項114】
前記ハロゲンが塩素である、請求項113に記載の方法。
【請求項115】
前記置換されたテトラサイクリン化合物が、以下:
【化52】
【化53】
およびそれらの薬学的に受容可能な塩、
からなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項116】
前記化合物が、以下:
【化54】
【化55】
【化56】
【化57】
【化58】
およびそれらの薬学的に受容可能な塩、
からなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項117】
前記化合物が、以下:
【化59】
およびそれらの薬学的に受容可能な塩、
からなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項118】
前記アルキルが、アルキルチオ、アルキルスルホニルまたはアルキルスルフィニルで置換される、請求項54に記載の方法。
【請求項119】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に対して作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)置換されたテトラサイクリン化合物の存在下で該TREに結合するが、非存在下では結合しない、変異されたTetリプレッサーとを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で該標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該変異されたTetリプレッサーは、式(I):
【化60】
の置換されたテトラサイクリン化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーの存在下で、該変異されたTetリプレッサーが該TREに選択的に結合するように選択され、
式中、
pは、単結合または二重結合であり、
XはCHC(R13Y’Y)、CR6’R6、C=CR6’R6、S、NR6、またはOであり、かつR5’はpが単結合であるとき水素であり、
XはCR6’’であり、かつR5’はpが二重結合であるとき存在せず、
R2、R2’、R4’およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R3およびR12は各々水素またはプロドラッグ部分であり、
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり、
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり、
R6およびR6’は各々独立して水素、メチレン、非存在、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり、
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり、
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり、
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり、
R11は水素、ヒドロキシルまたはアルコキシルであり、
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R13は水素、ヒドロキシ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アリール、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
EはCR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fであり、
Y’およびYは各々独立して、水素、ハロゲン、ヒドロキシル、シアノ、スルフヒドリル、アミノ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルである、方法。
【請求項120】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に対して作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)置換されたテトラサイクリン化合物の存在下で該TREに結合するが、非存在下では結合しない、変異されたTetリプレッサーとを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で該標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該変異されたTetリプレッサーは、該変異されたTetリプレッサーが式(II):
【化61】
の置換されたテトラサイクリン化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーの存在下でTREに選択的に結合するように選択され、
ここで、
R2、R2’、R4’およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり;
R3、R12およびR14は各々水素またはプロドラッグ部分であり;
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり;
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり;
R6aは水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり;
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり;
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり;
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり;
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり;
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
Eは、CR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fである、方法。
【請求項121】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に対して作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)置換されたテトラサイクリン化合物の非存在下で該TREに結合するが、ただし存在下では結合しない変異されたTetリプレッサーとを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における該置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該変異されたTetリプレッサーは、該変異されたTetリプレッサーが式(I):
【化62】
の置換されたテトラサイクリン化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーの非存在下でのみTREに選択的に結合するように選択され、
式中、
pは単結合または二重結合であり、
XはCHC(R13Y’Y)、CR6’R6、C=CR6’R6、S、NR6、またはOであり、かつR5’はpが単結合であるとき水素であり、
XはCR6’’であり、かつR5’はpが二重結合であるとき存在せず、
R2、R2’、R4’およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R3およびR12は各々水素またはプロドラッグ部分であり、
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり、
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり、
R6およびR6’は各々独立して水素、メチレン、非存在、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり、
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり、
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、オキシミル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり、
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり、
R11は水素、ヒドロキシルまたはアルコキシルであり、
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R13は水素、ヒドロキシ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アリール、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
Eは、CR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fであり、
Y’およびYは各々独立して水素、ハロゲン、ヒドロキシル、シアノ、スルフヒドリル、アミノ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルである、方法。
【請求項122】
(i)テトラサイクリン応答性プロモーターエレメント(TRE)に対して作動可能に連結された標的ヌクレオチド配列と、(ii)置換されたテトラサイクリン化合物の非存在下で該TREに結合するが、存在下では結合しない変異されたTetリプレッサーとを含む細胞におけるtetオペレーター連結ヌクレオチド配列の発現を調節するための方法であって、該細胞中で標的ヌクレオチド配列の発現が調節されるように、該細胞における該置換されたテトラサイクリン化合物の濃度を調節する工程を包含し、ここで該変異されたTetリプレッサーは、該変異されたTetリプレッサーが式(II):
【化63】
の置換されたテトラサイクリン化合物、ならびにその薬学的に受容可能な塩、エステルおよびエナンチオマーの非存在下でのみTREに選択的に結合するように選択され、
ここで、
R2、R2’、R4’およびR4’’は各々独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
R3、R12およびR14は各々水素またはプロドラッグ部分であり、
R4はNR4’R4’’、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシル、ハロゲン、または水素であり、
R5はヒドロキシル、水素、チオール、アルカノイル、アロイル、アルカロイル、アリール、複素環式芳香族、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アルキルカルボニルオキシ、またはアリールカルボニルオキシであり、
R6aは水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、またはアリールアルキルであり、
R7は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR7c)0−1C(=W’)WR7aであり、
R8は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR8c)0−1C(=E’)ER8aであり、
R9は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環、チオニトロソ、または−(CH2)0−3(NR9c)0−1C(=Z’)ZR9aであり、
R10は水素、ヒドロキシル、ハロゲン、チオール、ニトロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールアルキル、アミノ、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アシル、アミノアルキル、複素環またはチオニトロソであり、
R7a、R7b、R7c、R7d、R7e、R7f、R8a、R8b、R8c、R8d、R8e、R8f、R9a、R9b、R9c、R9d、R9eおよびR9fは各々独立して水素、アシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルアミノ、アリールアルキル、アリール、複素環、複素環式芳香族またはプロドラッグ部分であり、
WはCR7dR7e、S、NR7bまたはOであり、
W’はO、NR7f、またはSであり、
Eは、CR8dR8e、S、NR8bまたはOであり、
E’はO、NR8f、またはSであり、
ZはCR9dR9e、S、NR9bまたはOであり、
Z’はO、S、またはNR9fである、方法。
【請求項123】
前記置換されたテトラサイクリン化合物が、表2の化合物である、請求項119〜122のいずれか1つに記載の方法。
【請求項124】
前記置換されたテトラサイクリン化合物が、少なくとも約13μg/mLの濃度で70を超えるKluxを示す、請求項1〜123のいずれか1項に記載の方法。
【請求項125】
前記テトラサイクリン化合物が、少なくとも約13μg/mLの濃度で約51と約70との間のKluxを示す、請求項124に記載の方法。
【図1A】
【図1B】
【図1C】
【図1D】
【図1E】
【図1F】
【図1G】
【図1H】
【図2】
【図3A】
【図3B】
【図3C】
【図3D】
【図3E】
【図3F】
【図3G】
【図3H】
【図3I】
【図4】
【図1B】
【図1C】
【図1D】
【図1E】
【図1F】
【図1G】
【図1H】
【図2】
【図3A】
【図3B】
【図3C】
【図3D】
【図3E】
【図3F】
【図3G】
【図3H】
【図3I】
【図4】
【公表番号】特表2009−543544(P2009−543544A)
【公表日】平成21年12月10日(2009.12.10)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2009−511045(P2009−511045)
【出願日】平成19年5月15日(2007.5.15)
【国際出願番号】PCT/US2007/011700
【国際公開番号】WO2007/133798
【国際公開日】平成19年11月22日(2007.11.22)
【出願人】(500127209)パラテック ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド (50)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成21年12月10日(2009.12.10)
【国際特許分類】
【出願日】平成19年5月15日(2007.5.15)
【国際出願番号】PCT/US2007/011700
【国際公開番号】WO2007/133798
【国際公開日】平成19年11月22日(2007.11.22)
【出願人】(500127209)パラテック ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド (50)
【Fターム(参考)】
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