本発明に従って、ナトリウム依存性リン酸輸送体イソフォームＮａＰｉ−３ｂタンパク質（ＳＬＣ３４Ａ２）の一部を癌原遺伝子チロシンタンパク質キナーゼＲＯＳ前駆体（ＲＯＳ）キナーゼと組み合わせる融合タンパク質をもたらす、ヒト非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）中の新規遺伝子転座（４ｐ１５，６ｑ２２）がここに同定された。ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合タンパク質は、ＮＳＣＬＣ腫瘍の亜群の増殖及び生存を誘導すると予想される。従って、本発明は、一つには、開示されている変異体ＲＯＳキナーゼポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド及びベクター、これらを検出するためのプローブ、単離された変異体ポリペプチド、組換えポリペプチド並びに融合及び切断されたポリペプチドを検出するための試薬を提供する。開示されている新たな融合タンパク質の同定によって、生物学的試料中のこれらの変異体ＲＯＳキナーゼポリペプチドの存在を決定するための新たな方法、前記タンパク質を阻害する化合物をスクリーニングする方法及び変異体ポリヌクレオチド又はポリペプチドによって特徴付けられる癌の進行を阻害する方法が可能となり、これらも本発明によって提供される。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号１又は配列番号３のアミノ酸配列を含むＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号２又は配列番号４のヌクレオチド配列を含む、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｃ）ＳＬＣ３４Ａ２のＮ末端アミノ酸配列（配列番号５の残基１から１２６）及びＲＯＳのキナーゼドメイン（配列番号７の残基１９４５から２２２２）を含むＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｄ）ＳＬＣ３４Ａ２のＮ末端ヌクレオチド配列（配列番号６の残基１から３７８）及びＲＯＳのキナーゼドメインヌクレオチド配列（配列番号８の残基６０３２から６８６５）を含むヌクレオチド配列；
（ｅ）ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチドの融合連結部（配列番号２の残基３７６から３８１又は配列番号４の残基３７６から３８１）を包含する少なくとも６つの連続するヌクレオチドを含むヌクレオチド配列；
（ｆ）ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチドの融合連結部（配列番号１の残基１２６から１２７又は配列番号３の残基１２６から１２７）を包含する少なくとも６つの連続するアミノ酸を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；並びに
（ｇ）（ａ）から（ｆ）のヌクレオチド配列の何れかに対して相補的なヌクレオチド配列；
からなる群から選択される配列と少なくとも９５％同一のヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
（ｂ）の前記ヌクレオチド配列がＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−７８７７中に含有されるｃＤＮＡクローンのコーディングヌクレオチド配列を含む、請求項１の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３】
厳格なハイブリッド形成条件下で、請求項１のポリヌクレオチドとハイブリッド形成する単離されたポリヌクレオチドであり、ハイブリッド形成する前記単離されたポリヌクレオチドが、厳格なハイブリッド形成条件下で、Ａ残基のみ又はＴ残基のみからなるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドとハイブリッド形成しない、前記単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】
検出可能な標識をさらに含む、請求項３の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５】
請求項１の単離された核酸分子をベクター中に挿入することを含む、組換えベクターを作製する方法。
【請求項６】
請求項５の方法によって作製された組換えベクター。
【請求項７】
請求項６の組換えベクターを宿主細胞中に導入することを含む、組換え宿主細胞を作製する方法。
【請求項８】
請求項７の方法によって作製された組換え宿主細胞。
【請求項９】
組換えＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドを作製する方法であり、前記融合ポリペプチドの発現に適した条件下で、請求項８の組換え宿主細胞を培養すること、及び前記ポリペプチドを回収することを含む、前記方法。
【請求項１０】
（ａ）配列番号１又は配列番号３のアミノ酸配列を含むＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするアミノ酸配列；
（ｂ）ＳＬＣ３４Ａ２のＮ末端アミノ酸配列（配列番号５の残基１から１２６）及びＲＯＳのキナーゼドメイン（配列番号７の残基１９４５から２２２２）を含むＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドをコードするアミノ酸配列；並びに
（ｃ）ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチドの融合連結部（配列番号１の残基１２６から１２７又は配列番号３の残基１２６から１２７）を包含する少なくとも６つの連続するアミノ酸を含むポリペプチドをコードするアミノ酸配列；
からなる群から選択される配列と少なくとも９５％同一のアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項１１】
（ａ）の前記アミノ酸配列がＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−７８７７中に含有されるｃＤＮＡによってコードされるＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチド配列を含む、請求項１０の単離されたポリペプチド。
【請求項１２】
請求項６の組換えベクター又は請求項８の組換え宿主細胞を用いて作製された組換えＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチド又は切断されたＲＯＳキナーゼポリペプチド。
【請求項１３】
請求項１０のＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドを特異的に結合又は検出するが、野生型ＳＬＣ３４Ａ２又は野生型ＲＯＳの何れも結合せず、又は検出しない単離された試薬。
【請求項１４】
抗体又は重同位体標識された（ＡＱＵＡ）ペプチドである、請求項１２の単離された試薬。
【請求項１５】
ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドの融合連結部のアミノ酸配列を含む、請求項１５の重同位体標識された（ＡＱＵＡ）ペプチド。
【請求項１６】
癌中の変異体ＲＯＳポリヌクレオチド及び／又はポリペプチドの存在を検出するための方法であり、
（ａ）癌を有し、又は癌を有すると疑われる患者から生物学的試料を取得する工程；及び
（ｂ）請求項１のポリヌクレオチドを検出する少なくとも１つの試薬及び／又は請求項１３の少なくとも１つの試薬を使用して、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチド及び／又はポリペプチドが前記生物学的試料中に存在するかどうかを決定する工程、
を含む前記方法。
【請求項１７】
前記癌が肺癌である、請求項１６の方法。
【請求項１８】
前記肺癌が非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である、請求項１７の方法。
【請求項１９】
変異体ＲＯＳポリヌクレオチド又はポリペプチドの存在が、少なくとも１つのＲＯＳキナーゼ阻害治療薬を含む組成物に対して応答する可能性がある癌を特定する、請求項１７の方法。
【請求項２０】
フローサイトメトリー（ＦＣ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）又は免疫蛍光（ＩＦ）アッセイ形式で実行される、請求項１７の方法。
【請求項２１】
蛍光インサイチュハイブリッド形成（ＦＩＳＨ）又はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）アッセイ形式で実行される、請求項１７の方法。
【請求項２２】
前記ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドの活性が検出される、請求項１７の方法。
【請求項２３】
化合物が、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチド及び／又はポリペプチドによって特徴付けられる癌の進行を阻害するかどうかを決定するための方法であり、前記化合物が前記癌の中で前記ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドの発現及び／又は活性を阻害するかどうかを決定する工程を含む、前記方法。
【請求項２４】
前記ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドの発現及び／又は活性の阻害が、請求項１のポリヌクレオチドを検出する少なくとも１つの試薬及び／又は請求項１３の少なくとも１つの試薬を用いて決定される、請求項２３の方法。
【請求項２５】
ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドを発現する癌の進行を阻害する方法であり、前記癌中の前記ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチドの発現及び／又は活性を阻害する工程を含む、前記方法。
【請求項２６】
前記癌が肺癌である、請求項２５の方法。
【請求項２７】
前記肺癌が非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である、請求項２６の方法。
【請求項２８】
生物学的試料中のＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチド及び／又はポリペプチドを検出するためのキットであり、少なくとも１つの請求項１のポリヌクレオチド及び／又は少なくとも１つの請求項１３の試薬並びに１つ以上の第二の試薬を含む前記キット。

【図１】

【図２Ａ】

【図２Ｂ】

【図３】

【図４Ａ】

【図４Ｂ】

【図４Ｂ−１】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【公表番号】特表２００９−５２３４４６（Ｐ２００９−５２３４４６Ａ）
【公表日】平成２１年６月２５日（２００９．６．２５）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５５１３９６（Ｐ２００８−５５１３９６）
【出願日】平成１９年１月１９日（２００７．１．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／００１３６０
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０８４６３１
【国際公開日】平成１９年７月２６日（２００７．７．２６）
【出願人】（５０６０３４３４１）セル・シグナリング・テクノロジー・インコーポレイテツド (1)
【Ｆターム（参考）】